В 1995 г. верные Алиеву МБ и Особое управление предотвратили государственный переворот, эпицентр которого находился внутри спецслужб. Министр безопасности Имранов установил контакт с оппозиционерами и стал участником заговора против Алиева. Главной ударной силой мятежников были бойцы отряда спецназа ОПОН во главе с командиром Джавадовым. Уже после подавления путча бойцы ОПОН забаррикадировались на своей базе в Массалы и вели долгий бой против регулярной армии. В этом бою многие из них погибли, включая и самого Джавадова. Его брат и тоже активный участник заговора в МБ Равшан Джавадов был одним из немногих, сумевших скрыться, нелегально выехав в Иран. Еще один известный заговорщик из спецслужб, Зейнебов, скрылся в России, но был арестован российской ФСБ и передан МБ в Баку. Было арестовано несколько десятков офицеров МБ, а также его глава Имранов. Во главе реформированного МБ Алиев в 1995 г. поставил нового министра — Аббасова. Имранов же в застенках Баиловской тюрьмы встретился с недавно репрессированными при его же участии лидерами НФА и окружением Сурета Гусейнова. Бывшие враги объединились, и Имранов вместе с бывшим руководителем Военной разведки при Эльчибее Газиевым и другими народнофронтовцами бежали из тюрьмы, скрывшись за границей.
Некоторые участники переворота из числа офицеров МБ и ОПОН объединились в подпольные группы террора и совершили несколько акций против команды Алиева. В числе убитых ими оказался и начальник Особого управления Рагимов — его убили бывшие бойцы ОПОН в 1996 г. Многие из этих бывших сотрудников были арестованы после неудавшейся попытки сбить ракетой самолет Алиева, эту попытку должен был осуществить бывший опоновец Бахшалиев, участник событий 1995 года.
Алиев умеет и успешно борется со своими врагами. Сурет Гусейнов, осужденный в Баку за попытку государственного переворота, был выдан Россией. Экс-спикер азербайджанского парламента Гулиев, вынужденный скрываться за рубежом, подвергся целой пропагандистской кампании, в ходе которой активно использовался слух о внебрачном происхождении Гулиева от отца-армянина, что, по мнению организаторов акции, должно было дискредитировать оппозиционного политика в глазах населения.
Власть в Казахстане к 1991 г. прочно удерживал бывший глава республиканских коммунистов Нурсултан Назарбаев. Он и его ближайшее окружение из родного жуза (клана) никому не отдали эту власть до сегодняшнего дня. Использовались административные рычаги постоянного продления полномочий Назарбаева и создание сильной системы служб безопасности для выявления и искоренения любой потенциальной политической угрозы.
В 1992 г. на базе КГБ была создана отдельная служба НБ (Национальная безопасность), включавшая в себя отделы разведки, контрразведки, охраны конституционного строя, обеспечения госбезопасности, охраны государственных границ, оперативной деятельности. В том же году создан специальный орган госохраны — Служба охраны президента. Позднее, уже в Г997 г., внешняя разведка была выделена по европейскому образцу в отдельную службу. Новая служба разведки так и называлась — «Барлау» («разведка»); в отличие от ее предшественников, базировавшихся в Алма-Ате, офис «Барлау» расположился в новой казахской столице — Акмоле (вскоре переименованной в Астану).
Главными оппонентами Назарбаева в 90-е годы были радикальные казахские националисты с исламским уклоном, организации русского населения и казаков в северных регионах страны, рассорившиеся с президентом представители элиты. Спецслужбы проводили репрессии против уральских и семиреченских казаков в местах их компактного поселения, преследовали исламских радикалов, бывших соратников Назарбаева, рискнувших пойти наперекор. Массовые аресты казачьих лидеров прошли в Усть-Каменогорске в конце 90-х годов, где, по мнению экспертов, радикальная группа русских сепаратистов во главе с авантюристом Пугачевым была искусственно создана с помощью провокаторов и успешно разоблачена НБ. В Алма-Ате в 1993 г. прошЛи массовые аресты лидеров некоторых исламских организаций. Из числа бывших первых лиц страны, ставших оппозиционерами и «предателями», особенно выделяется бывший премьер-министр Кажегильдин. После перехода в стан оппозиции он подвергся гонениям со стороны спецслужб. Даже находясь в эмиграции, Кажегильдин несколько раз был арестован по запросам НБ в Интерпол на территории России и в Западной Европе, но всякий раз в выдаче его Казахстану было отказано в связи с опасениями за жизнь опального премьера. Кажегильдин стал далеко не первым в СНГ политиком столь высокого ранга, попавшим после утраты должности в поле зрения родных спецслужб.
