Правление Аяза Муталибова оказалось недолгим: летом 1992 г. он был вынужден к отставке уличными выступлениями сторонников НФА и бунтом националистически настроенных офицеров, приведших в Баку свои части с карабахского фронта. На сторону протестующих перешел ОПОН. Муталибов сдал власть оппозиции и бежал в Россию, где укрывается по сей день. В Российской Федерации скрылись и многие верные ему сотрудники МБ и спецназа, включая министра безопасности Гусейнова, выдачи которого новый режим НФА во главе с президентом Эльчибеем требовал из-за того, что Гусейнов руководил разгромом восстания в Баку.
При националистическом режиме Абульфаза Эльчибея и партии НФА, взявших курс на дружбу с Турцией и исламским миром, МБ было сохранено. Министром безопасности был назначен Акперов, затем его сменил старый соратник Эльчибея и активист НФА Тахмазов. Военной разведкой руководил Газичев, организатор увода с фронта бунтующих частей на поддержку мятежа в Баку и ветеран НФА. За год правления Эльчибея (1992–1993 гг.) МБ при участии советников и инструкторов турецкой разведки МИТ продолжало диверсии против армян в Карабахе. С оппозицией разбирались столь же жестоко, как и при Муталибове. Были разгромлены и оппозиционный союз «Гардашлыг», и исламская партия «Товба». Редакция газеты «Гардашлыг» была ликвидирована при налете МБ и спецназа ОПОН при личном участии главы МБ Тахмазова и министра внутренних дел Гамидова. При них же в Азербайджане официально открылось представительство пантюркистской террористической организации «Серые волки», в которую Гамидов официально вступил. Налаживались связи с другими исламскими группами террора за рубежом, а также с сепаратистами Дудаева, которым через Баку переправлялись арабские добровольцы с Ближнего Востока и оружие.
Еще одним малоизученным аспектом деятельности МБ при Эльчибее стало подавление сепаратистского движения ираноязычных талышей на юге страны. В 1993 г. талышское движение в Мугани было разгромлено в результате спецоперации МБ и ОПОН, его лидер Гумбетов скрылся, но был найден и доставлен в Бакинский изолятор МБ. Такие же акции проведены па севере против лезгинского движения «Садвал». В Баку и Массалы силой подавлены уличные выступления сторонников Муталибова.
В 1993 г. поражения в Карабахе привели к очередному путчу в Баку. На этот раз войска с фронта привел мятежный полковник Сурет Гусейнов, свергший власть НФА и Эльчибея и назначивший себя премьер-министром. Приглашенный Гусейновым на роль спасителя отечества Гейдар Алиев вскоре оттеснил от власти своего помощника, упрятав его в тюрьму, а сам создал мощнейшую вертикаль власти, в которой спецслужбам отвозилась роль главного хранителя власти. Эльчибей после скитаний в Нахичевани и Турции скончался от рака в военном госпитале Анкары. Все его сторонники были в 1993 г. выметены Гусейновым из МБ, Военной разведки и ОПОН. Многие арестованы и оказались в Баиловской политической тюрьме Баку, в их числе были и экс-глава МБ Тахмазов, и бывший начальник военных разведчиков и министр обороны при НФА Газиев, и главный «серый волк» и глава МВД Гамидов.
Алиев обладал опытом работы в КГБ Азербайджана, придавал большое значение кадровому укреплению спецслужб своими людьми и противодействию любой оппозиции. После чистки рядов МБ возглавил новый министр Имранов. Помимо разведки и госбезопасности, в Азербайджане с 1994 г. по указу Алиева действует Особое управление — тайная полиция. Руководить новой спецслужбой президент поручил своему старому соратнику Рагимову.
К 1995 г. оппозиция была задавлена. Под репрессии попали и представители НФА, и члены «Мусават», и коммунисты, и сторонники Муталибова, и национальные движения на окраинах, и прозападные либералы, и люди опального Сурета Гусейнова, и исламисты из «Товба» и «Джейшуллалах». К этому времени карабахский конфликт перешел из военной стадии в режим тлеющего напряжения, и руки МБ и Особого управления были развязаны для внутренних чисток. О применении недозволенных мер допросов заявляли и арестованные лидеры НФА (Газиев, Рагимли), и лидер талышей Гумбетов, и оппозиционный журналист Тогисой, и связанный с оппозицией турок с австрийским гражданством Гюрель, и тайно захваченный МБ в Габалле из расположения военной радиолокационной базы Российской Федерации сотрудник российской разведки ГРУ.
