Используя армянские диаспоры в странах Европы, Америки и Азии, ГУНБ сумело выстроить свои первые зарубежные резидентуры и наладить работу за пределами Армении и бывшего СССР. В 1995 г. в Чехии местные спецслужбы арестовали за контакты с наркомафией четырех сотрудников разведки армянского ГУНБ. В Ливане ГУНБ замечено в связях с разыскиваемыми Интерполом лидерами местных террористов армянской диаспоры из организации АСАЛА.
В конце 90-х Тер-Петросян и его правящая партия АОД вступили в открытый конфликт с националистами, группирующимися вокруг «дашнаков», и карабахскими радикалами, требующими немедленного присоединения непризнанной республики к Армении. Как теперь установлено, в годы правления АОД и Тер-Петросяна в тюрьме Нубарашен действовал пыточный центр. Здесь «скончался при допросе» оппозиционер Егиазарян, связанный с «дашнаками». Через подвалы Нубарашена прошли и многие арестованные участники уличных антипрезидентских беспорядков 1997 г., подавленных ГУНБ и его антитеррористической спецкомандой.
В 1998 г. состоялся государственный переворот. Группа заговорщиков из числа силовых министров, поддержанная радикальной оппозицией, предъявила Тер-Петросяну ультиматум и заставила его досрочно сложить полномочия. В этом тихом государственном перевороте принял деятельное участие и тогдашний глава ГУНБ Саркисян, он был в числе силовых министров, заставивших президента сдать власть без боя. Новым президентом стал бывший лидер карабахских армян Кочарян, главное действующее лицо заговора, в тот момент он являлся премьер-министром страны. Из тюрем были сразу выпущены многие оппозиционеры и «дашнаки», а в ГУНБ прошли чистки, Саркисян избавлялся от сторонников экс-президента и АОД. Кампания вылилась в новые политические преследования, теперь в роли жертв выступали известные соратники опального президента. Так, главком внутренних войск генерал Маркарян после покушения па него обвинил в организации переворота ГУНБ во главе с Саркисяном. О подготовке покушения заявил и уволенный с должности глава Службы охраны президента при Тер-Петросяне генерал Казарян, известный своей дружбой с российским коллегой Коржаковым. После сообщения о готовящемся на него покушении Казарян в 1998 г. предпочел эмигрировать. Скрылся и личный друг Тер-Петросяна и глава МВД при нем Сирадегян, его обвинили в приказе на ликвидацию нескольких оппозиционеров в середине 90-х и объявили в международный розыск. В 1999 г. Вано Сирадегян вернулся в Армению из Объединенных Арабских Эмиратов и был арестован, по тому же делу взяты под стражу и несколько офицеров ГУНБ.
Начальник ГУНБ Саркисян недолго занимал свой пост при новом президенте Кочаряне. В 1999 г. террористы из группы Унаияна ворвались в армянский парламент и открыли стрельбу. Пострадало более десятка депутатов, а также спикер парламента Демирчян (бывший первый секретарь компартии Армянской ССР) и премьер-министр страны Вазген Саркисян. После гибели своего однофамильца-премьера и других жертв стрельбы в парламенте Саркисян и был удален с должности главы ГУНБ с формулировкой «за халатность», что не помешало ему вскоре стать главой аппарата президента Кочаряна.
Первые независимые азербайджанские спецслужбы образовались на базе республиканского КГБ. Новая структура получила название МБ (Министерство безопасности), ее возглавил соратник Аяза Муталибова и последний глава республиканского КГБ Гусейнов, за которым прочно закрепилась слава главного усмирителя Бакинского восстания НФА 1990 г. Параллельно была создана и новая служба Военной разведки. Главным спецназом Азербайджана стал бывший милицейский республиканский ОМОН (Отряд милиции особого назначения), переименованный с 1992 г. в ОПОН (Отряд полиции особого назначения).
При Муталибове в Азербайджане продолжились тайные акции МБ и Военной разведки против Карабаха и поддерживавшей его борьбу Армении, несмотря на одновременное членство обеих республик в СНГ. Но главным направлением удара стали националистическая оппозиция НФА и радикалы партии «Мусават», а позднее исламисты групп «Товба» и «Джейшуллалах». Главный штаб НФА был взят штурмом спецназом. ОПОН был использован для пресечения рабочих забастовок на фабриках Баку и Гянджи.
