Была разгромлена организация «Мхедриони», перешедшая в оппозицию президенту, кое-кто из ее лидеров погиб при неясных обстоятельствах, другие вместе с руководителем «Мхедриони» Иоселиани арестованы МГБ и отправлены в Орчатальскую тюрьму, известную как острог для политзаключенных еще в царской России. Также преследовались и лидеры Национал-демократической партии и Национального конгресса, и представители ультракоммунистических групп. Лидеры армянской общины в Грузии «Джавакх» заявили в прессе, что МГБ Грузии получило задание от Шеварднадзе организовать их тайные ликвидации.
Такие же силовые акции предпринимались и в отношении населения Абхазии и Южной Осетии, в которых грузинское руководство в 90-е годы безуспешно пыталось подавить сепаратистские движения. В результате военных действий грузинская армия была выбита абхазскими ополченцами из Сухуми и осетинами из Цхинвали. МГБ и Департамент разведки вели при этом настоящий террор в тылу абхазов и осетин, особенно в абхазскую войну 1992–1993 гг. В 1994 г. российские спецслужбы в Сочи арестовали диверсионную группу из четырех грузин, готовивших теракты в Абхазии, все они оказались сотрудниками МГБ.
События в жизни МГБ 1993–1995 гг. связаны с Георгадзе. Именно он стоял за многими тайными акциями против «звиадистов», национал-оппозиции президенту, абхазских и осетинских сепаратистов. При нем МГБ и внешняя разведка Грузии начали свои операции в СНГ, куда Грузия вступила в 1993 г., и дальнем зарубежье. Георгадзе имел хорошие связи в российских спецслужбах и организовал направление в Грузию инструкторов ФСБ и ГРУ, а также налаживал отношения со спецслужбами Запада, пригласив их спецов для обучения президентской охраны и антитеррористических отрядов. Российская контрразведка в 90-е годы фиксировала контакты грузинской разведки и МГБ с чеченскими террористами, передачу им оружия. Так, большая партия оружия была передана чеченцам из отрядов Аслана Масхадова в Панкисском ущелье у российскогрузинской границы, в обмен чеченцы передали несколько заложников из числа грузинских граждан. В Тбилиси появлялись лидеры чеченских боевиков Радуев, Арсанов («Змей»), Удугов, объявленные Россией в международный розыск по линии Интерпола. Здесь же в грузинской столице официально и под крылом грузинского МГБ действовало представительство «Республики Чечня — Ичкерия» во главе с Алдановым. В Панкисском ущелье Грузии базировался отряд чеченских боевиков Гелаева, и представители МГБ встречались с лидерами бандитов, в частности такие встречи проходили в селе Дуиси.
1995 год стал переломным для молодых грузинских спецслужб. К букету обвинений в массовых убийствах и преследовании оппозиции, связях с грузинскими «ворами в законе» и чеченскими террористами, причастности к торговле наркотиками и оружием добавилось и соучастие в попытке государственного переворота с покушением на президента страны. В числе заговорщиков, ставивших своей целью свалить Шеварднадзе, оказался и министр госбезопасности Георгадзе. Осенью 1995 г. взрыв на пути кортежа президента вызвал жертвы и разрушения, сам Шеварднадзе был лишь слегка оцарапан осколками. Уже спустя месяц спецслужбы заявили, что взрыв организовали террористы группировки «Мхедриони» во главе с известным криминальным авторитетом Иоселиани и их союзники — заговорщики из МГБ во главе с руководителем этого ведомства Георгадзе. К концу 1995 г. «Мхедриони» была ликвидирована, а ее руководство арестовано. Массовые аресты прошли и в МГБ, включая специалистов антитеррористического и специального отделов, обвинявшихся в исполнении терактов. Арестован и заместитель министра госбезопасности Хачишвили, сам министр Георгадзе успел выехать в Россию. Он не раз затем открыто появлялся в Москве, давал обширные интервью, несмотря на то что своим бывшим ведомством был объявлен в международный розыск по обвинению в терроризме. Георгадзе призывал к борьбе с коррумпированным и авторитарным режимом Шеварднадзе, но своего участия в тбилисском теракте не признавал. Один из главных обвиняемых в теракте, соратник Георгадзе и офицер МГБ Папуашвили, «скончался от инфаркта» прямо во время допроса в изоляторе своего бывшего ведомства. По итогам того же следствия власти обвинили в пособничестве заговорщикам российские спецслужбы и прямо заявляли, что Георгадзе успел покинуть Грузию под носом у группы захвата на российском военном самолете с военной базы в Вазиани. Тремя годами позднее Георгадзе якобы оказался соучастником покушения на Шеварднадзе в Тбилиси, когда президентский кортеж был обстрелян из засады на набережной Куры и погибли два телохранителя. В организации этого теракта обвиняли также и звиадистское подполье, и чеченских террористов из группы Радуева «Волки». Грузии удалось добиться ареста в Российской Федерации и экстрадиции в Тбилиси лидера звиадистской эмиграции Абснадзе, бывшего при Гамсахурдиа министром финансов. Георгадзе до сих пор не найден, недавно его следы обнаружились в Австрии.
