Во время мятежа зимой 1992 г. глава «Самципо-Ушишвроз-бис» Бахия руководил в осажденном повстанцами Доме Правительства пытками и казнями пленных оппозиционеров, которых убивали в бункере под резиденцией Звиада. Когда восставшие и бойцы оппозиционной группировки «Мхедриони» захватили резиденцию, в ней были обнаружены еще живые пленники, подвергавшиеся пыткам людьми Бахия.
После поражения в Тбилиси силы, верные президенту Гамсахурдиа, отошли в леса Западной Грузии и несколько лет продолжали партизанскую борьбу. Только после гибели в Мингрельских горах самого Звиада Гамсахурдиа в новогоднюю ночь 1994 г. и разгрома крупных отрядов «звиадистов» это движение было подавлено. Бахия в эти годы был командиром крупного отряда «звиадистов», прославившись в Западной Грузии захватами в заложники чиновников нового режима Госсовета. В 1995 г. он погиб в одном из боев с войсками Госсрвета. На этом история спецслужб режима «звиадистов» в Грузии закончилась и началась эпоха Шеварднадзе.
Госсовет в 1992 г. передал власть бывшему председателю КГБ, а затем и партийному лидеру Грузии советских времен, а затем и министру иностранных дел СССР Эдуарду Шеварднадзе. Понемногу «белый лис», как звали в Грузии Шеварднадзе, устранил от власти лидеров Госсовета, а некоторых посадил за решетку, например руководителя восстания в Тбилиси 1992 г. Тенгиза Китовани. Затем были разгромлены остатки «звиадистов», расформирован вооруженный союз «Мхедриони», приведший Шеварднадзе к власти, а лидер «мхедрионцев» Джаба Иоселиани также оказался в тюрьме. С середины 90-х в Грузии установился режим личной власти Шеварднадзе.
С 1993 г. в Тбилиси действует следующая система спецслужб. Разведкой заведует Информационная служба, основанная в 1993 г. Батиашвили. Позднее она переименована в Департамент разведки, и сейчас им руководит Автандил Иоселиани. Функции контрразведки и тайной полиции исполняет Служба безопасности (СБ), позднее переименованная в Министерство государственной безопасности (МГБ), в его обязанности входит антитеррористическая деятельность, пограничная охрана, борьба с оргпреступностью и спецоперации. Самыми известными министрами госбезопасности при Шеварднадзе были Георгадзе, Квирая, Гахокидзе, Кутателадзе, и почти все они покинули свой пост в результате громких скандалов. Третьей спецслужбой стала Служба государственной охраны, сосредоточившаяся на охране государственных деятелей и спецобъектов. Госохрану основал и возглавлял генерал Кутателадзе, после перехода его на должность министра госбезопасности на этот пост поставлен Гаголадзе.
Непростые времена и политическая обстановка в Грузии 90-х годов требовали создания сильных групп спецназначения. Ими стали антитеррористическая группа «Омега», а в армии — диверсионная команда «Белый легион» и антитеррористический «Коджорский батальон».
При Шеварднадзе спецслужбы прошли школу активных действий против оппозиции. Были уничтожены все видные лидеры «звиадистов». Так, в ходе операций МТБ с привлечением группы «Омега» и армейского спецназа в 1993–1998 гг. убиты Эсебуа, Бахия, Шония, Элиава, Гвалиани. Причем некоторых из них, как, например, Элиаву, ликвидировали уже после сдачи в плен в обмен на амнистию. Министр госбезопасности при Шеварднадзе Игорь Георгадзе, сын лидера грузинской компартии, лично руководил массовыми казнями «звиадистов» в Зугдиди, Поти, Сенаки и по всей Западной Грузии (Мингрелии). Он же в 1994 г. курировал операцию по окружению и уничтожению в мингрельском лесу Гамсахурдиа и его охраны, окруженный Гамсахурдиа покончил с собой. По распространившимся в Грузии и за ее пределами слухам, в этой операции Георгадзе и его спецназовцам помогали инструкторы из российского ГРУ. Операции в Мингрелии и Кахетии против «звиадистов» выдвинули и других руководителей МГБ. Сменивший Георгадзе в 1995 г. Квирая был известен личным участием в Хоби в расстреле сотрудниками МГБ раненых «звиадистов». В Тбилиси митинги сторонников Гамсахурдиа разгонялись и даже расстреливались спецназом, во время таких акций в 1993 и 1995 г. количество убитых со стороны митингующих «звиадистов» достигало десятков человек. В 1994 г. появились первые сведения о внешней деятельности грузинских спецслужб, в частности в странах СНГ В 1994 г. грузинская разведка арестовала в Киеве и вывезла в Грузию лидера звиадистского партизанского движения Лоти Кобалия, бывшего при Гамсахурдиа министром обороны.
