В Эстонии после обретения независимости в 1918 г. спецслужбы были представлены Военной разведкой (2-й отдел Генерального штаба) и службой «Кайтсе-Политсе» (Kaitse-Politse — Полиция безопасности), или сокращенно КАПО, она заведовала разведкой, контрразведкой и тайной полицией. КАПО не церемонилась с левой оппозицией, заработав репутацию жесткой спецслужбы, особенно после подавления мятежа левых в конце 20-х годов. Военная разведка до прихода советских войск в 1939 г. стала одним из главных союзников германского Абвера и финской разведки ОС, помогая союзникам в заброске агентуры и эмигрантских террористических групп в СССР. Возглавлявший Военную разведку Эстонии в 30-е годы генерал Маасииг несколько раз летал в Берлин для консультаций по поводу подрывной работы с шефом Абвера Каиарисом. В 1939 г. перед приходом Красной Армии немцы вывезли многих офицеров эстонских спецслужб в Германию, а в 1941 г. вернули их в Эстонию вместе со своими наступающими войсками. До конца войны КАПО и Военная разведка оказывали германским спецслужбам помощь в борьбе против СССР и западных союзников.
После обретения свободы в 1991 г. в Эстонии сразу была воссоздана «Кайтсе-Политсе» (КАПО). Она структурно подчинялась МВД и расположилась в Таллинне в здании эстонского КГБ на улице Пагари. Первым шефом КАПО стал Симм. Функции военной разведки и контрразведки с 1992 г. переданы Отделу военной разведки при штабе сил обороны «Кайт-сетлийт» и Генштабе. Эту службу возглавил Вяли.
На первом этапе эстонские спецслужбы шли и на аресты российских граждан, таких как лидер русского меньшинства в республике Рожок, и на заброску агентуры на Северо-Запад Российской Федерации, а также на поддержку чеченских сепаратистов на Кавказе. Военные разведчики и сотрудники КАПО арестовывались на российской территории ФСБ России за попытки создания тайных групп влияния. В 1998 г. в российском Пскове ФСБ арестован эстонский разведчик Сонн (псевдоним «Хендрик»), на допросе показавший, что операции против России курируют шеф Военной разведки Юхтеги, возглавляющий эту службу с 1993 г., и его первые заместители Каптен и Треймаа. В «Кайтсе-Политсе» подобным «российским отделом» заведовали Аллус, а затем Мяэкала. Эти же офицеры поддерживали связи с эстонскими ультраправыми группами (союз «Кодукайтсе») и использовали их активистов в работе против Российской Федерации и русских партий в Эстонии. Одним из главных направлений была вербовка добровольцев для отрядов Дудаева и поставка оружия чеченским сепаратистам. В 1995 г. среди сотрудников спецслужб проведены аресты. Нескольким арестованным сотрудникам КАПО и Отдела военной разведки при «Кайтсетлийт» предъявили обвинение в участии в продаже оружия в Чечню, воюющую Югославию хорватским «усташам» и даже ирландским террористам ИРА. Оружейный скандал стоил тогда поста министру обороны Эйнсельниу. Расследование курировал лично начальник КАПО Пихла. В отличие от предшественников у Пихлы была репутация неполитизированного профессионала, как и у сменившего его Лоодуса.
«Ложь — источник всех несчастий,
Ложь — начало всякой муки».
Ш. Руставели «Витязь в тигровой шкуре»
В конце 1991 г. у власти в Тбилиси были правые и националистические силы, сплотившиеся вокруг харизматического президента Гамсахурдиа и его блока «Круглый стол». Тогда же создана тайная полиция «Самципо-Ушишврозбис». Ее первым руководителем стал соратник президента по национальному движению и известный спортсмен-борец Хабулиаии, которого сменил Недава, а в дни начала антипрезидентского восстания в Тбилиси этот пост доверили Гоче Бахия. Через эту спецслужбу прошли все лидеры оппозиции и противники президента Гамсахурдиа: Чантурия, Сарйшвили, Хаиндрава, Липартиани, Шеигелая и др. На личного недруга президента и председателя Национал-демократической партии Георгия Чантурия агенты правительственных спецслужб совершили в начале 1992 г. покушение, тяжело ранив его. При вторичном покушении Чантурия был убит.