Недостаток агентуры, зарубежных кадров и просто квалифицированных сотрудников в литовских спецслужбах привел к тому, что в рядах этих структур оказалось множество непроверенных национальных кадров. Встречались и ярые националисты, и откровенные дилетанты, и мошенники, что также создавало проблемы и вело к различного рода скандалам. Так, в 1994 г. в ДГБ службой внутренней безопасности был арестован офицер Виткунас, который использовал секретные документы и оперативную информацию для шантажа литовских политиков в своих личных целях.
После ухода Ландсбергиса и радикалов бывшего «Саюдиса» в спецслужбах поменяли курс и кадровую политику, от ярых националистов начали избавляться под разными предлогами. Те приняли новую власть в штыки, а так как их позиции в ДОК, ДРК и ГБ были довольно сильны, то сразу после прихода к власти левых и Бразаускаса начались массовые акции неповиновения в ДОК и ДГБ. Отказалось принять новую власть и было расформировано каунасское отделение ГБ во главе с Байронисом.Более 100 сотрудников ДОК во главе с Масквитисом ушли с оружием в леса для партизанской борьбы против левой власти, позднее они покинули партизанскую базу в обмен на амнистию. Эта кампания закончилась уходом с руководящих постов ДГБ Юргялиса и ДОК Буткявичуса. Во главе ДГБ социалисты поставили Лауринкуса, ДОК возглавил Линкявичус. Для основателя Департамента охраны края и ветерана движения «Саюдис» Буткявичуса неприятности на этом не закончились. В 1997 г. его привлекли к суду за коррупцию в его ведомстве и участие в незаконной торговле оружием. На суде Буткявичус козырял своим героическим прошлым борца с империей, а затем заявил об имеющемся у него компромате на многих политиков Литвы, бывших осведомителями КГБ СССР. В числе предателей бывший глава ДОК называл даже Ландсбергиса, но подобные заявления ему не помогли, и он был осужден.
Эти же годы отмечены в Литве скандалом в связи с участием многих офицеров спецслужб в тайных группах правого террора, которые не только прикрывали и снабжали необходимой информацией террористов из групп «Пяркунас» («Гром»), СКАН, «Юодварнис» («Черный ворон»), ДСОК («Добровольная служба охраны края», создана ультраправыми отставниками из ДОК в 1994 г.), но и являлись непосредственными разработчиками и исполнителями терактов. Многие из них были изобличены как участники этих групп в 1995–1999 гг. В 1997 г. вильнюсское управление ДГБ арестовало целую группу бывших и действующих сотрудников ДОК, готовивших покушение на белорусского президента Лукашенко во время его визита в Литву. Еще один член ДОК и тайный член группы «Юодварнис» Абромавичус сам явился с повинной и дал показания на своих коллег, пытавшихся сделать из «Юодварнис» «эскадрон смерти». Бывшие товарищи не простили ему измены: вскоре он погиб от взрыва бомбы, прикрепленной к днищу его автомобиля. Расследование позволило арестовать многих тайных членов «Юодварнис» в спецслужбах, включая его организатора и начальника ДОК по Шяуляю Тарлекиса. В 2000 г. после долгого розыска полиция арестовала в Варене скрывшихся лидеров «Юодварнис» и бывших офицеров ДОК Кяпажинскаса и Навениса, их соратник Шмидтас ранил в перестрелке полицейского и скрылся. Аресты проведены даже среди зарубежной агентуры литовских спецслужб, сотрудник ДОК Незомавичус арестован в США при попытке закупки оружия для тайных групп и переправки его в Литву.
В те же годы под следствие попали и представители пограничного управления ДОК Якубенас, Чипас, Станкявичус. Их обвиняли в том, что они проинформировали спецслужбы Белоруссии о незаконном пересечении литовско-белорусской границы телевизионной группой компании ОРТ во главе с Павлом Шереметом. Шеремет был арестован белорусским КГБ и осужден за нелегальный переход границы, а литовские пограничники из ДОК попали под следствие за разглашение служебной тайны. Еще до скандала с группой Шеремета под следствие попал сотрудник ДОК Стайкис, застреливший на личной почве белорусского сотрудника МВД Фиряса.
В 1999 г. новый президент Литвы Вальдас Адамкус обнаружил слежку ДОК. Как выяснила президентская охрана, слежку за президентом и премьер-министром Вагнорюсом и сбор компромата на них вела тайная группа правых из ДОК и ДГБ. Действовали заговорщики по просьбе их кумира и спикера литовского Сейма Ландсбергиса и разделявшего правые взгляды главы МВД Литвы Жемялиса. Жемялис был немедленно уволен, Ландсбергиса спасла депутатская неприкосновенность. По приказу Адамкуса шеф литовской ГБ Лауринкус провел чистку в специальных службах. В 1999 г. из ДОК и ДГБ уволены более сотни сотрудников правых взглядов. Уволены и последние из тех немногих, кто в советское время служил в КГБ или ГРУ. Адамкус взялся за кадровое обновление и коррекцию имиджа спецслужб. В отличие от Ландсбергиса или Бразаускаса выходец из литовской эмиграции в США Адамкус не был обременен обязательствами перед «героями борьбы с советской империей».
