В тылу приднестровцев молдавские спецслужбы создали тайные террористические группы из местных молдаван. Отряды террористов «Бужор», «Бурундуки», «Скорпион» нелегально действовали в 1992–1993 гг. в Приднестровье. Особенно активной была группировка «Бужор», возглавляемая агентами МНБ Илашку и Урыту, прошедшими спецподготовку в разведке румынской армии. После серии громких убийств в Приднестровье, включая похищение и ликвидацию командира приднестровской гвардии Гусара, часть членов этой организации арестована приднестровцами. В их числе был осужден в Тирасполе и Илашку, Урыту успел уйти через Днестр в Молдову.
В 1993 г. после спада националистических настроений в Молдове и отказа от курса на воссоединение с Румынией режим Снегура занял более либеральную позицию к русским в республике и к Приднестровью. Из МНБ и спецназа были уволены многие националисты и наиболее скомпрометировавшие себя сотрудники. Вслед за уходом с поста премьер-министра националиста Мошану в отставку подали и другие «ястребы», включая главу МНБ Пулгару, главу МВД Косташа, командира карабинерского спецназа Кертаке и начальника отряда ОПОН Басараба. Они протестовали против переговоров с приднестровцами и участия Молдовы в СНГ. Во главе МНБ был поставлен более умеренный министр Ботнарь. А вскоре и самого Снегура сменил умеренный социалист Лучинский, а затем и сторонник союза с Россией коммунист Воронин. С Приднестровьем начались переговоры о конфедерации. Для МНБ времена тайных акций, создания диверсионных групп и карабинерских карательных походов отошли в прошлое.
Главным отличием спецслужб Молдовы является их направленность на пресечение сепаратизма и тесная связь со спецслужбами Румынии.
До включения в 1940 г. в состав СССР, а затем и в период германской оккупации роль спецслужбы в Литве исполняла Полиция безопасности. При немцах она помогала СД и гестапо в охоте на коммунистов и подпольщиков. Возглавлявший Полицию безопасности в годы войны Лелейкис ушёл с немцами. Уже в конце XX века власти США выдали его в Литву, в 1999 г. ему предъявили обвинение в массовых казнях литовских евреев.
После событий 1991 г. Литва, получив независимость, в СНГ не вошла, взяв курс на сближение с Евросоюзом и НАТО. С 1991 г. президент Ландсбергис учредил три спецслужбы: ДГБ (Департамент государственной безопасности, в Литве по традиции его называют просто ГБ) отвечает за внешнюю разведку и контрразведку, ДОК (Департамент охраны края) является органом госбезопасности, тайной полиции, госохраиы и охраны границ, ДРК (Департамент разведки и контрразведки) при Генштабе — служба военной разведки и контрразведки.
Главными группами спецназначения являются «Арас» («Орел») и антитеррористический отряд «Железные волки» при ДОК, созданный в 1991 г. по приказу первого директора Департамента охраны края Аудрюса Буткявичуса.
Жесткие действия ГБ и ДОК при Ландсбергисе против левых сил, русскоязычного и польского меньшинств вызвали тревогу на Западе и у литовской интеллигенции, справедливо опасающейся скатывания к полицейскому государству. Поэтому репрессии ДОК, ГБ и спецгруппы «Железные волки» против членов запрещенной в Литве в 1991 г. компартии, а также родственников эмигрировавших в Россию местных коммунистов не всеми были встречены с восторгом. Для розыска покинувших страну литовских функционеров компартии в ГБ даже был создан спецотдел тайных операций, его возглавлял гражданин
США литовского происхождения Эйве, прошедший подготовку в рядах американских «зеленых беретов». Одной из самых громких акций стало похищение группой ГБ на территорий соседней независимой Белоруссии лидеров эмигрантского крыла компартии Литвы Бурокявичуса и Ермолавичуса.
В Москве была предпринята попытка похищения командира отряда ОМОН советской милиции в Вильнюсе Макутыновича, которого у литовцев отбила московская милиция.
Сотрудники ДОК и ГБ засветились на контактах с боевиками Дудаева в Чечне, в 1994 г. в руки российской контрразведки попал литовский инструктор чеченцев Сосновскис, оказавшийся сотрудником Департамента охраны края впрочем Вильнюс официально отрекся от своего агента и назвал его добровольным наемником. Одновременно в России выявлены контакты чеченских криминальных группировок с литовской разведкой, со стороны ГБ совместные операции с чеченцами в наркобизнесе прикрывал кадровый разведчик Вайтенкус. В то же время других сотрудников разведки ГБ (Арбачаускаса, Пятрониса и др.) обвиняли в вербовке русских граждан Литвы, которых засылали затем в Россию.
