Папа Климент VII разглядел в хрупком юноше сурового правителя Флоренции. Сделав окончательный выбор в пользу одного из племянников, Климент VII обратился за поддержкой к императору Карлу V, в декабре 1529 г. армия которого заставила флорентийцев капитулировать. В октябре 1530 г. Алессандро Медичи стал главой государства, получив через два года титул герцога. Второму племяннику Климент VII поручил управлять архиепископством в Авиньоне. В 1529 г. Ипполито вручили кардинальскую шапочку и назначили легатом в Венгрию.
Прежде чем вручить племяннику кардинальскую шапочку, Климент VII связывал будущее 18-летнего юноши с удачным браком. В качестве невесты папа избрал Изабеллу, дочь Веспасиане Колонна, графа Фонди и герцога Траетто. Однако юноша решительно отверг предполагаемый союз. Вернувшись из Венгрии, он сопровождает папу римского во время его путешествия на свадьбу Екатерины Медичи и французского короля Генриха II.
Учтивому и исполнительному Ипполито папа доверял самые сложные дипломатические миссии. В 1530 г. кардиналу Ипполито поручается встретить императора Карла V и провести в его обществе около четырех недель. Во время пребывания кардинала в свите императора произошел несчастный случай, едва не закончившийся гибелью Ипполито. Во время охоты лошадь императора, испугавшись убитого дикого вепря, бросилась на лошадь кардинала Ипполито, сбросив и едва не затоптав обоих наездников. Следующее поручение было связано с турками. Во время поездки в качестве легата в Германию кардинал нанял отряд венгерских всадников в 8 тыс. человек, чтобы помочь в случае необходимости немецкому городу Линц, находившемуся под угрозой нападения турок. В память об этой поездке Тициан написал портрет кардинала, одетого в венгерский костюм.
Являясь яркой и незаурядной личностью, как и большинство мужчин из рода Медичи, кардинал Ипполито прославился своим знаменитым дворцом на Кампо Марцио. Здесь располагался блестящий двор кардинала, состоявший из представителей трехсот национальностей. Ипполито был страстным коллекционером. Предметом его гордости была удивительная коллекция животных и птиц, собранных со всего света. Благодаря усилиям кардинала в Италии появился клуб, члены которого занимались изучением трудов Витрувия.
Роскошь, окружавшая кардинала, интеллект, дипломатичность сделали ему славное имя во всей Италии. Неудивительно, что именно кардинал Ипполито был избран в качестве ключевой фигуры, способной донести петицию до Карла V, в которой флорентийцы просили императора сместить злобного тирана Алессандро Медичи. Однако миссию, возложенную на него и еще семерых флорентийцев, кардинал Ипполито не смог выполнить. Ожидая корабль в Тунис в Итре, кардинал неожиданно почувствовал себя плохо и спустя некоторое время скончался. Официально считается, что кардинал умер от малярии. Что же касается неофициальной версии, которая возникла сразу же, как только кардиналу стало плохо, то она опять связана с отравлением. Теперь в роли злодея-убийцы предстал Алессандро Медичи, который, как никто другой, был заинтересован в срыве дипломатической миссии.
Смерть кардинала произошла недалеко от тех мест, где жила возлюбленная Ипполито, вторая жена Веспасиано Колонна Фонди — Джулия Гонзага, которая и стала причиной отказа молодого Ипполито от брака с Изабеллой Колонной, ее падчерицей. Когда у кардинала появились первые признаки отравления, его друзья предприняли все, чтобы сохранить ему жизнь. В Рим был послан гонец за противоядием olio da caravita, которое могло сохранить жизнь кардиналу. Однако противоядие по неизвестной причине не было привезено к постели умирающего.
10 августа 1535 г. кардинал Ипполито умер. Современники описывают печаль, поразившую Джулию Гонзага, которая провела возле постели умирающего последние часы его земной жизни. Друзья установили имя предполагаемого убийцы кардинала — Джованни Андреа, бежавшего под защиту Алессандро Медичи. Спустя несколько лет Джованни Андреа приедет в свой родной город Борго Сан Сеполькро. Опознанный толпой как убийца кардинала Ипполито, он будет жестоко забит камнями.
