— Отдел "С" (перевод и обработка материалов по атомной проблеме. В 1946 г. функции этого отдела были переданы в 1 Главное управление МГБ);
— Отдел "Т" (борьба с "лицами высказывающими угрозы террористического характера в отношении партийных и советских руководителей");
— Следчасть по особо важным делам (на правах управления);
— Отдел "ДР" (служба проведения диверсий и актов индивидуального террора);
— Отдел "ДН" (служба дезинформации) (фактически этот отдел не был создан);
— Административно-хозяйственное и финансовое управление (АХФУ);
— Управление кадров;
— Инспекция при министре;
— Секретариат МГБ СССР;
— Юридическое бюро МГБ СССР.
Во второй половине 1946 года произошло еще несколько существенных реорганизаций некоторых структурных подразделений центрального аппарата МГБ СССР. По результатам проверки работы НКГБ — МГБ СССР, отраженных в акте приема-передачи дел от прежнего министра Меркулова новому — Абакумову, Политбюро ЦК ВКП(б) приняло решение П 53/39 от 20 августа 1946 г. о необходимости изменения структуры МГБ СССР. В результате были созданы:
— Отдел оперативной техники (ООТ) (изготовление опертехники и снабжение ею местных органов) (применение опертехники оставалось прерогативой отдела "Б");
— Тюремный отдел (руководство тюрьмами МГБ как в центре, так и на периферии) (организован приказом МГБ СССР № 00396 от 27 сентября 1946 г.).
— Особое совещание при министре (для вынесения внесудебных решений по следственным делам, ведущимся в МГБ). (Штат секретариата ОСО МГБ СССР был объявлен приказом МГБ СССР № 00496 от 2 ноября 1946 г.);
— Управление делами (было организовано на базе АХФУ);
— Хозяйственное управление (организовано на базе АХФУ;)
— Финансовый отдел (организован на базе АХФУ).
В конце 1946 года произошла реорганизация аппаратов охраны руководителей страны. Приказом МГБ СССР № 00558 от 25 декабря 1946 г. управления охраны № 1 и № 2 и Управление коменданта Московского Кремля были объединены в Главное управление охраны МГБ СССР.
В основном эта структура МГБ СССР сохранилась до марта 1953 года, до слияния МГБ с МВД, однако, в деталях она постоянно менялась. Происходило укрупнение или разукрупнение оперативных управлений, менялся их профиль работы, и, наконец, происходила организация новых структурных единиц, связанная с передачей части функций МВД в МГБ. Это объяснялось растущим влиянием Абакумова, его стремлением переподчинить себе часть аппарата МВД, с одной стороны, и желанием Сталина создать мощную централизованную службу госбезопасности, с другой.
Уже в январе 1947 года совместным приказом МВД и МГБ СССР № 0074/0029 от 21 января 1947 г. была оформлена передача внутренних войск из МВД в МГБ. Было образовано Главное управление внутренних войск МГБ. Штатная численность войск составляла 68582 человека.
Приказом МВД и МГБ СССР № 0075/0030 от 21 января 1947 г. транспортная милиция была передана из МВД в Транспортное управление МГБ СССР. Вскоре приказом МГБ СССР № 00322 от 19 июня 1947 г. было организовано Главное управление охраны МГБ СССР на железнодорожном и водном транспорте. Основой этой реорганизации послужило постановление СМ СССР № 2104-556СС от 17 июня 1947 г.
Однако Сталин, усиливая влияние МГБ в делах внутри страны, лишил МГБ одной из важнейших и традиционных областей приложения сил: внешней разведки. Было принято решение объединить все разведывательные ведомства и службы СССР (1 Главное управление МГБ СССР, Главное разведывательное управление МВС, разведывательныю и информационные структуры ЦК ВКП(б), МИД, Минвнешторга и т. д.) в единый аппарат.
Решением СМ СССР № 1789-470сс от 30 мая 1947 г. был создан Комитет информации (КИ) при СМ СССР во главе которого был В.М.Молотов.
В структуре МГБ СССР 1 Главное управление было упразднено в связи с передачей функций этого управления в КИ при СМ СССР.
Для обобщения контрразведывательной работы и составления справочников, учебников и информационных бюллетеней приказом МГБ СССР № 00426 от 22 августа 1947 г. было организовано Специальное бюро при министре.
