Государственное хранилище ценностей (ГОХРАН) было передано из МВД в МГБ. В связи с этим 21 апреля 1949 г. был создан спецотдел МГБ СССР.
В 1949 году служба наружного наблюдения и установки, т. е. оперативные функции были выделены из 5 управления МГБ СССР и приказом МГБ СССР № 00293 от 10 сентября 1949 г. было создано самостоятельное 7 управление МГБ СССР (оперативное). В соответствии с этим решением приказом МГБ СССР № 00386 от 6 декабря 1949 г. была утверждена новая структура 5 управления МГБ СССР. Отдел "О" был упразднен, а его функции были переданы в 5 управление. Теперь основной задачей 5 управления стала борьба с враждебными и антисоветскими элементами, работа против клерикалов и розыск авторов и распространителей антисоветских листовок и анонимных документов, т. е. функции секретно-политического управления.
В 1949 году произошли изменения и в Комитете информации при СМ СССР. Военная разведка была возвращена в Министерство вооруженных сил, а сам КИ стал теперь числиться при Министерстве иностранных дел СССР. Функции КИ при МИДе СССР продолжали сокращаться. Внешняя контрразведка и чекистская работа в советских колониях за рубежом были переданы в МГБ СССР, где для этих целей приказом МГБ СССР № 00333 от 17 октября 1949 г. было создано Первое управление.
Совместным приказом МВД и МГБ СССР № 00968/00334 от 17 октября 1949 г. из МВД в МГБ были переданы пограничные войска и милиция, а также Военно-строительное управление (ВСУ). Соответственно, в МГБ СССР теперь числились Главное управление погранвойск, Главное управление милиции и Военно-строительное управление.
На основании решения ЦК ВКП(б) от 19 сентября 1949 г. вся шифровально-дешифровальная работа из МГБ передавалась в ЦК ВКП(б) и, соответственно, 6 управление МГБ было ликвидировано. Это было оформлено приказом МГБ СССР № 00369 от 15 ноября 1949 г., а в ЦК ВКП(б) было создано Главное управление спецслужбы (ГУСС) ЦК ВКП(б) — КПСС.
Для обеспечения собственной шифровальной связи и дешифровки в МГБ СССР приказом № 0035 от 11 января 1950 г. был создан шифровальный отдел, согласно приказа МГБ СССР № 00443 от 18 августа 1950 г. он стал именоваться Отдел "С".
На основании постановлений Политбюро ЦК ВКП(б) № П 77/309 и П 77/310 от 9 сентября 1950 г. в МГБ СССР на базе отдела "ДР" (специальная служба) были созданы на правах управлений подчиненные непосредственно министру:
— Бюро № 1 (приказом МГБ СССР № 00532 от 28 сентября 1950 г.) для проведения диверсий и террора за границей;
— Бюро № 2 (приказом МГБ СССР № 00533 от 28 сентября 1950 г.) для проведения террора (похищений и убийств) в СССР.
В соответствии с постановлением СМ СССР № 3077-1286сс от 14 июля 1950 г. о передаче спецпоселений из МВД в МГБ (объявлено совместным приказом МВД и МГБ СССР № 00464/00392 от 21 июля 1950 г.) в МГБ СССР (приказ МГБ СССР № 00552 от 16 ноября 1950 г.) было организовано 9 управление МГБ СССР по надзору за ссыльными, высланными и спецпоселенцами. По объявленному приказом МГБ СССР № 0033 от 15 января 1951 г. штату, 9 управление состояло из пяти отделов:
— 1 отдел — работа по режиму, надзору, агентурному наблюдению и изучению поведения, связей, настроения ссыльных, высланных и спецпереселенцев в целях исключения побегов и своевременного предупреждения вражеских проявлений (Казахстан, Киргизия, Таджикистан, Туркмения, Узбекистан, центральная и северная полоса СССР);
— 2 отдел — то же (Урал, Сибирь и Дальний Восток);
— 3 отдел — подготовка мест расселения, перемещение контингентов, учет и информация;
— 4 отдел — руководство розыскными отрядами;
— 5 отдел — работа по рассмотрению жалоб, заявлений, следственных дел и дача по ним заключений.
13 ноября 1950 г. приказом МГБ СССР были объявлены штаты новой структурной единицы в Центральном аппарате МГБ — Управления военного снабжения (УВС МГБ СССР).
В соответствии с тем, что милиция была передана МГБ и туда же были переданы в течение 1950 года и все учеты и картотеки уголовных преступников, работа отдела "А" (учетно-архивного) приказом МГБ СССР № 00565 от 28 ноября 1950 г. была перестроена: в отделе создавались секторы вместо отделений и было принято новое положение об Отделе "А".
