В течение мая 1943 г. приказами НКГБ СССР были утверждены штаты основных структурных подразделений центрального аппарата НКГБ СССР:
— 1 управление (разведка);
— 2 управление (контрразведка) (создано на базе 2 и 3 управлений, ЭКУ и 3 с/о НКВД СССР);
— 3 управление (транспортное);
— 4 управление (организация террора и диверсий на занятых немцами территориях);
— 5 управление (шифровально-дешифровальное и спецсвязь);
— 6 управление (охрана руководителей партии и правительства) (создано на базе 1 отдела НКВД СССР);
— отдел "А" (учетно-архивный) (создан из переданных в НКГБ СССР части отделений и личного состава 1 с/о НКВД СССР);
— отдел "Б" (оперативно-технический);
— отдел "В" (военная цензура и перлюстрация корреспонденции);
— следственная часть по особо важным делам;
— секретариат НКГБ СССР;
— отдел кадров НКГБ СССР;
— административно-хозяйственное финансовое управление (АХФУ).
Таким образом созданный в 1943 году НКГБ СССР включал в себя семь управлений (вместе с АХФУ), четыре самостоятельных отдела "А", "Б", "В" и ОК, следственную часть и секретариат.
До 1946 года эта структура претерпела небольшие изменения.
15 ноября 1945 г. "для оперативно-чекистского обслуживания" объектов спецназначения (занятых созданием атомной бомбы) был организован в составе НКГБ СССР отдел "К".
Совместным приказом НКГБ и НКВД СССР № 0014/0032 от 10 января 1946 года отдел "С" (разведка и обработка материалов по атомной проблеме) был передан из НКВД СССР в НКГБ СССР.
Приказом НКГБ СССР № 00107 от 22 марта 1946 г. в соответствии с постановлением Верховного Совета СССР от 15 марта 1946 г. НКГБ СССР был переименован в Министерство государственной безопасности СССР (МГБ СССР). Соответственно, были переименованы и местные управления и отделы НКГБ в управления и отделы МГБ.
Существенная реорганизация произошла в 6 управлении МГБ СССР. Приказом МГБ СССР № 00134 от 15 апреля 1946 г. на его основе было создано Управление охраны № 2 МГБ СССР, а 1-й отдел 6 управления, занимавшийся охраной Сталина, был преобразован в Управление охраны № 1. Штаты управления охраны № 1 были объявлены приказом МГБ СССР № 00152 от 24 апреля 1946 г. Таким образом организация охраны Сталина (Управление охраны № 1) была отделена от охраны остальных членов Политбюро и Правительства (Управление охраны № 2).
Кардинальное расширение и изменение структуры МГБ СССР произошло 4 мая 1946 г., когда вместо В.Н.Меркулова министром госбезопасности СССР был назначен В.С.Абакумов, а возглавляемый им ГУКР "Смерш" МВС СССР влился в МГБ СССР. Решение об этом было принято Политбюро ЦК ВКП(б) П 51/IV от 4 мая 1946 г. Согласно этому решению в МГБ СССР включалась военная контрразведка в качестве самостоятельного 3 Главного управления МГБ СССР. 1 и 2 управления МГБ СССР были также преобразованы в Главные управления. Кроме того, возникли новые управления и самостоятельные отделы. В результате этих изменений структура МГБ СССР приобрела следующий вид:
— 1 Главное управление (разведка);
— 2 Главное управление (контрразведка);
— 3 Главное управление (военная контрразведка);
— 4 управление (розыскное) (осуществляло руководство розыском "агентуры иностранных разведок, заброшенной в СССР, и прочих вражеских элементов") (ранее существовавшее 4 управление по организации террора и диверсий в тылу противника в годы войны было упразднено приказом МГБ СССР № 00447 от 9 октября 1946 г.);
— 5 управление (оперативное);
— 6 управление (шифровально-дешифровальное);
— Транспортное управление (чекистское обслуживание транспорта);
— Управление охраны № 1 (охрана И.В.Сталина);
— Управление охраны № 2 (охрана остальных руководителей партии и правительства);
— Управление коменданта Московского Кремля;
— Отдел "А" (учетно-архивный);
— Отдел "Б" (оперативной техники);
— Отдел "В" (перлюстрация корреспонденции);
— Отдел "Д" (экспертизы и подделки документов) (выделен из отдела "Б");
— Отдел "К" (чекистское наблюдение на объектах атомной промышленности);
— Отдел "О" (оперативная работа по духовенству всех конфессий) (выделен из 2 управления);
— Отдел "Р" (радио-контрразведка);
