Колебания уровня в Ладоге не всегда бывают связаны с изменением запаса воды. Нередко они происходят от перекоса поверхности озера, вызванного рядом причин. Наиболее часто это бывает от сильных ветров, которые сгоняют воду от одного берега озера и нагоняют его к противоположному, вызывая заметные подъемы и спады уровня. Особенно подвержены нагонам южные мелководные губы. Здесь даже слабые ветры могут поднять воду на 8 - 10 сантиметров. При сильных продолжительных ветрах нагон достигает 90 сантиметров. Правда, такие явления бывают исключительно редко, поскольку ладожские ветры не отличаются постоянством.
В памяти старожилов запечатлелся небывалый нагон, происшедший летом 1929 года. В ночь с 5 на 6 июля над озером разыгрался шторм, сопровождавшийся ураганным ветром. За несколько часов уровень воды у деревни Сторожно, близ устья Свири, поднялся до полутора метров. Огромные валы накатывались на берег, ломая деревья и сдвигая прибрежные камни «во много пудов весом». Еще долгое время вдоль берега на большом расстоянии от уреза воды лежали бревна, обломки деревьев и пучки водных растений, выброшенные волной во время шторма.
Сгоны воды обычно выражены слабее. Однако в истории Ладоги известен исключительный случай, описанный в старинной рукописи «Явление во граде Орешке», относящейся к 1594 году. Если верить ее автору, во время бури ветром согнало воду с отмели в истоке Невы, так что реку можно было перейти вброд, а излив из Ладоги на время почти прекратился.
В наши дни подобная буря не вызвала бы прежнего эффекта. Со времени прорытия Кошкинского фарватера в 1902 - 1908 годах исток Невы стал глубже. К тому же, чтобы вызвать резкое обмеление Невы во время сгона воды в южной части губы Петрокрепость, необходимо низкое положение уровня в Ладоге, такое, как в маловодном 1940 году, что бывает раз в 100 лет.
Помимо стонов и нагонов на Ладоге существует еще один вид колебания уровня, также не связанный с изменением объема воды в озере. Подъемы и спады воды могут быть вызваны причинами, действующими короткое время: сильным ветром, резким изменением давления, обильными осадками в каком-нибудь одном районе озера. Действие их аналогично толчку, от которого приходит в колебательное движение вода в сосуде.
На озере подобные колебания водной массы называют стоячей волной, или сейшей, - термин, введенный швейцарским ученым Форелем. Явление сейши хорошо наблюдать в тихую погоду, при зеркальной поверхности озера. По смоченной кайме на прибрежных камнях можно определить, что уровень воды поднимался, а затем падал. Такие колебания происходят через строго определенное время: от 10 минут до 5 часов 40 минут. Подъемы и спады уровня воды при сейшах невелики, всего несколько сантиметров. Со временем в результате трения о берег колебание водной массы затихает, и поверхность озера принимает горизонтальное положение.
Оказалось, что даже в состоянии полного покоя поверхность Ладоги не бывает идеально гладкой. Весной талые речные воды, имеющие меньшую плотность, первое время не смешиваются с озерными, а скапливаются в районе впадения, образуя своеобразную припухлость на поверхности озера. Вот почему горизонт зоды вблизи устьев Вуоксы, Свири и Волхова на 30 - 50 сантиметров выше, чем в других районах озера. У истока Невы наблюдается, напротив, наклон поверхности, вызванный оттоком из озера. В этом районе Ладоги уровень на 50 - 60 сантиметров ниже, чем в то же время на восточном берегу озера или даже вблизи поселка Назия.
Ладожская вода по составу растворенных в ней солей почти не отличается от природной воды любого водоема или реки. Особенность ее заключается в том, что они содержатся в ней в ничтожно малых количествах - 56 миллиграммов в литре, почти в 2 раза меньше, чем в Байкале, в 3 раза меньше, чем в Чудском озере, и почти в 10 раз меньше, чем в Севане. Подобное содержание растворенных солей в 18 раз меньше количества, ощущаемого на вкус. Не зря Ладога стоит в ряду наиболее пресных озер мира.
Низкая минерализация ладожской воды объясняется многими причинами. Прежде всего сказывается расположение озера в сильно увлажненной зоне. Дождевые и талые воды не одну тысячу лет промывали почвы и грунты в его бассейне, что заметно обеднило химический состав речных вод. Особенно бедны солями северные притоки, бассейны которых сложены преимущественно кристаллическими, трудно размываемыми породами или изобилуют озерами, играющими роль естественных отстойников. Южные притоки, особенно Волхов и Сясь, встречающие на своем пути легко размываемые породы, приносят больше солей. Поступление минеральных веществ происходит в течение года - больше весной, меньше в зимний период. Часть их уносится Невой, но больше остается в озере.