Побочным результатом победы Кремля над "Медиа-Мостом" стало прекращение выхода газеты "Сегодня". Кроме того, сменилось на лояльное к Кремлю руководство журнала "Итоги" (коллектив старых "Итогов" во главе с Сергеем Пархоменко к концу года создал "Еженедельный журнал").
В июне - июле 2001 г. "Газпром-медиа" получил в счет долгов также контрольный пакет акций радиостанции "Эхо Москвы". Однако менять руководство "Эха" во главе с Алексеем Венедиктовым Газпром не стал, а Венедиктову как будто удалось отстоять независимую редакционную политику.
В 2002 г. руководство НТВ частично сменилось: Кох был отправлен в отставку, а Йордан, оставаясь гендиректором НТВ, стал также и гендиректором "Газпром-медиа".
А. Кох так объяснял журналистке Евгении Альбац, почему именно Б. Йордан: "Йордан - идеальный выбор: правнук белого офицера, бежавшего от большевиков вскоре после революции, православный, американский паспорт в кармане и к тому же не еврей, антисемит - только такого человека чекисты и могли принять в качестве начальника НТВ".>14
"Гауляйтер Кох" (как его называли на митингах в защиту НТВ) был неточен: белым офицером был не прадед, а дед Бориса Йордана, полковник Борис Йордан-старший.>15 А еще полковник Борис Йордан-старший и его сын лейтенант Алексей Йордан, отец Б. Йордана-младшего, были офицерами гитлеровского Вермахта, воевавшими против югославских партизан под командованием группенфюрера СС Нойхгаузена.>16 Сын за отца и деда, конечно, не отвечает, но всетаки и яблоко от яблони не падает далеко.
Изгнанное с НТВ ядро "команды Е. Киселева" в июне 2001 г. нашло убежище на ранее аполитичном канале ТВ-6, принадлежавшем Московской независимой вещательной корпорации (МНВК), которая все еще оставалась под контролем Бориса Березовского.
Между тем еще до этого Путин начал операцию по отъему у Березовского ТВ-6. В качестве рычага для выталкивания Березовского из медиа-бизнеса продолжал использоваться "заложник" - Н. Глушков, арестованный по делу "Аэрофлота". (Н. Глушкову, несмотря на то что в тюрьме он получил тяжелое заболевание крови и инвалидность первой группы, неоднократно продлевали срок содержания в СИЗО; частично оправдан и освобожден он был только в марте 2004 г.)
2 и 13 марта 2001 г. тогдашний секретарь Совбеза (а впоследствии министр обороны и первый вице-премьер) Сергей Иванов дважды встречался в правительственной резиденции на Косыгина, 34 с представителем Б. Березовского Бадри Патаркацишвили - предметом переговоров было освобождение Н. Глушкова.
По утверждению Бадри Патаркацишвили, действовавший "по поручению Путина" С. Иванов поставил условием освобождения Н. Глушкова отказ Б. Березовского от политической деятельности и продажу всего его медиа-бизнеса ("все, включая газеты. И "КоммерсантЪ" в том числе… Договоренность состояла в том, что до 25 марта нам скажут, с кем переговорить и договориться").
Ведение дальнейших переговоров о судьбе ТВ-6, "Независимой газеты" и "Коммерсанта" С. Иванов поручил руководителю "Лукойла" Вагиту Алекперову ("Мы с Алекперовым должны были договориться о продаже всех своих СМИ. Но Алекперову, видимо, очень хотелось угодить власти - с одной стороны, а с другой - не платить деньги. Переговоры ничем не закончились. У меня поджимало время, потому что мне нужно было часть акций ТВ-6 продать иностранному инвестору, с которым уже были договоренности…Я усиленно стал искать Иванова, сказал, что время не терпит, что уже назначено собрание акционеров. Мне сказали: мы не можем решить эти вопросы, нам нужно время, пожалуйста перенесите собрание акционеров".
"…Я думаю, что Иванов не играл. Он просто хотел выполнить поручение Путина - встретиться со мной и договориться. А с другой стороны, максимально хотел от этого абстрагироваться и не иметь к этому отношения. Поэтому, видимо, он и не смог до конца все это довести. Не было желания. Иванов сделал один шаг: встретился со мной. Потом второй: дал поручение Алекперову. А потом абстрагировался".>17
В апреле 2001 г. нефтяной концерн "Лукойл" через свой дочерний фонд "Лукойл-Гарант" (миноритарный акционер ТВ-6) инициировал судебный процесс о ликвидации ТВ-6 под предлогом ущемления в нем прав миноритарных акционеров.