В новом законе о выборах присутствует также попытка осложнить применение основного противоядия против "башкирской избирательной технологии" - голосования "против всех". Фактически теперь агитировать или побуждать иным способом к голосованию "против всех" разрешено только зарегистрированным кандидатам, поскольку у иных сторонников кандидата "против всех" по определению не может быть избирательного фонда.
Пока что не существует правового механизма наказания частных лиц, агитирующих за "против всех" помимо избирательного фонда, но уже можно наказать СМИ, озвучивающие эту точку зрения.
Помимо принятия собственно нового закона о выборах, в 2002-2004 гг. в два этапа (сентябрь 2002 г. и май-июнь 2004 г.) было существенно ограничено право на референдум, внесены поправки в закон о СМИ. Кроме того, была изменена ведомственная принадлежность автоматизированной системы ГАС "Выборы".
В сентябре 2002 г. администрация президента голосами "право-путинского" большинства провела через Думу ограничение права на референдум временными рамками: отныне запрещено устраивать референдум за год до и в течение трех месяцев после федеральных выборов - парламентских и президентских. За поправки к "Федеральному конституционному закону о референдуме Российской Федерации" проголосовали не только депутаты от СПС (кроме правозащитника Сергея Ковалева, голосовавшего "против"), но и от "Яблока" (кроме петербургского адвоката Сергея Попова, уклонившегося от участия в голосовании). Принятый Думой 20 сентября 2002 г. и одобренный Советом Федерации 25 сентября закон "О внесении изменения и дополнения в Федеральный конституционный закон о референдуме Российской Федерации" был подписан Путиным 27 сентября 2002 г.
В марте 2003 г. в рамках реформы спецслужб в ведение ФСБ была передана Государственная автоматизированная система ГАС "Выборы". До 11 марта 2003 г. система ГАС "Выборы" находилась в ведении Федерального агентства правительственной связи и информации (ФАПСИ), отныне упраздненной. В ФСБ справедливо рассудили, что проще контролировать один центральный компьютер, чем многочисленные избирательные комиссии на местах.
В июне 2003 г. были приняты президентские поправки к закону о СМИ, которые ввели ранее отсутствовавший механизм наказания СМИ за нарушения закона о выборах. Правда, уже в разгар думской избирательной кампании осенью 2003 г., вердиктом Конституционного суда, вынесенным по запросу ряда журналистов и депутатов, было предписано более мягкое толкование закона. КС признал неоправданными такую интерпретацию закона о СМИ, которая фактически запрещала на период избирательных кампаний информирование и политическую аналитику, не оплаченную из избирательных фондов участников выборов. Однако это решение КС всего лишь дало журналистам некоторую возможность бороться с наиболее наглыми перегибами (в смысле: жаловаться по инстанциям, ссылаясь в качестве довода на КС), а собственно право толковать, какую информацию и аналитику следует считать агитацией, а какую не следует считать, и после этого все равно осталось за избиркомами.
19 мая 2004 г. президент внес в Думу поправки к законодательству о проведении референдумов, которые были приняты Думой 11 июня сразу во втором и третьем чтениях (СФ одобрил поправки 23 июня, президент подписал закон о поправках 28 июня 2004 г.). Закон существенно затрудняет процесс инициирования референдума. В частности, вместо одной инициативной группы теперь необходимо создать в разных субъектах федерации как минимум 45 групп численностью не менее 100 человек каждая. Срок сбора двух миллионов подписей в поддержку инициативы сокращен с трех месяцев до двух.
В августе 2004 г. Центризбиркомом предложил новый пакет поправок в избирательное законодательство, имеющих своей целью увеличить зависимость процесса и итогов голосований от "министерства выборов". Наиболее радикальная реформа, предложенная ведомством Вешнякова, - это увеличение "пропорциональной составляющей" на выборах депутатов Госдумы вплоть до избрания всех депутатов по пропорциональной системе. Для расширения возможностей снимать кандидатов с выборов ЦИК предлагает уменьшить допустимый процент недостоверных и недействительных подписей, собираемых в поддержку кандидата, с 25% до 5%. 13 сентября 2004 г. президент Путин под предлогом борьбы с терроризмом поддержал идею выборов в Госдуму только по партийным спискам и объявил о предстоящей отмене прямых выборов глав субъектов Федерации. Губернаторы должны были теперь назначаться президентом с последующим утверждением в местных законодательных собраниях.
