К выборам 2000 г. Руцкой подрастерял значительную часть своей популярности в области - поссорился и с коммунистами, и с местной бизнес-директорской элитой, но все-таки оставался практически безусловным фаворитом.
Однако 21 октября 2000 г., всего за 13 с половиной часов до выборов, Курский областной суд снял его кандидатуру с регистрации, удовлетворив иск двух других кандидатов, обвинивших действующего губернатора в использовании служебного положения, предоставлении недостоверных данных о личном имуществе и нарушении правил предвыборной агитации.
Это был первый (и пока последний) в истории посткоммунистической России прецедент отстранения от выборов действующего главы региона - во всех прежних случаях избиркомы и суды отстраняли, наоборот, опасных конкурентов местной исполнительной власти.
В данном случае, однако, местная "партия начальства" фактически предала своего губернатора и перестроилась под более высокого начальника - полномочного представителя президента в Центральном федеральном округе генерал-лейтенанта ФСБ Георгия Полтавченко. Одним из двух кандидатов - инициаторов иска против Руцкого - был генерал-майор ФСБ Виктор Суржикова - главный федеральный инспектор в Курской области, непосредственный подчиненный и протеже Г. Полтавченко.
Именно в угоду наместнику округа и принял неожиданное решение областной суд. Москва в лице руководителя администрации президента Александра Волошина и председателя Центризбиркома Александра Вешнякова изображала нейтралитет, но спецоперация "Руцкой", несомненно, была согласована с заместителем руководителя администрации президента по кадровой политике генерал-лейтенантом ФСБ Виктором Ивановым.
22 октября 2000 г. состоялся первый тур.
Явка в первом туре немногим превысила необходимый уровень в 50% (51,79%). Однако еще за час до окончания выборов явка едва перевалила за 45%, а по улицам Курска суматошно бегали сотрудники избирательных комиссий с выносными урнами, уговаривая избирателей голосовать чуть ли не на автобусных остановках. Накануне бойцы ОМОНа были посланы оцепить местные точки теле и радиовещания, поскольку были опасения, что действующий губернатор попытается выступить по областному телевидению или радио с призывом к бойкоту выборов и сорвет явку. "Чей ОМОН - того и выборы". Фактически это был военно-полицейский переворот в масштабах региона, организованный и успешно проведенный одним из кандидатов - куратором области от федерального центра при поддержке наместника округа.
Но успех переворота оказался неполным: уже по итогам первого тура лидировал не Суржиков, а 1-й секретарь Курского обкома КПРФ, депутат Государственной думы Александр Михайлов, получивший 39,52% голосов (Суржиков - только 21,58%; "против всех кандидатов" - 12,26%).
23 октября 2000 г. произошел редкий для России случай: депутат Курчатовской городской Думы (г. Курчатов в Курской области) Вячеслав Молокоедов сделал себе харакири в знак протеста против отстранения А. Руцкого от участия в выборах. "Я отдаю жизнь, чтобы не страдала демократия и чтобы во главе области стоял человек неотразимый", - написал он в предсмертной записке. Врачи, правда, спасли депутата, не справившегося со сложной технологией японского ритуального самоубийства.
2 ноября 2000 г. Верховный суд РФ оставил без изменения решение Курского областного суда, послужившее основанием для отстранения А. Руцкого от губернаторских выборов. А 5 ноября 2000 г. во втором туре новым главой администрации области был избран коммунист А. Михайлов (55,54%), оставив чекистов Суржикова и Полтавченко (и В. Иванова иже с ними) с носом. На выборы пришли менее 50% избирателей, но во втором туре губернаторских выборов в большинстве регионов обязательный уровень явки не предусмотрен.
Операция "Руцкой" вызывает закономерный вопрос: "за что?". Курский губернатор отнюдь не был самым нелояльным к новой власти региональным руководителем. Осенью 1999 г. он бросил свое должностное положение на чашу весов пропутинского блока "Единство" ("Медведь"). В декабре 1999 г. входил в инициативную группу (во главе с Олегом Кутафиным) по выдвижению В. Путина кандидатом в президенты. В феврале 2000 г. вошел в политсовет движения "Единство" (в руководство партии "Единство" в мае 2000 г., правда, не избрался). Региональное отделение партии "Единство", кстати, до последнего момента официально поддерживало кандидатуру Руцкого и было неприятно удивлено решением суда (после чего успело высказаться в поддержку чекистского кандидата). В марте 2000 г. Руцкой, откровенно используя служебное положение, агитировал за Путина, и даже предлагал отменить выборность губернаторов, предоставив Путину право назначать их (в надежде, очевидно, что и сам будет назначен).