Кроме того, были вскрыты факты коррупции в прокуратуре Санкт-Петербурга. В соответствии с контрактом, подписанным управляющим делами генеральной прокуратуры Назиром Хапсироковым с турецкой фирмой Ata Insaat Saanyi Ticaret, Ltd., на ремонт здания прокуратуры Санкт-Петербурга было выделено 5.855.435 долларов. Три миллиона из указанной суммы турецкая фирма не получала вообще. Стоимость ремонтных работ была завышена вдвое. У дочери прокурора города откуда-то появилась квартира.
Собчак пытался защищаться. 20 мая 1996 г. санкт-петербургский филиал партии "Наш дом - Россия" обратился к президенту, генпрокурору и премьер-министру с открытым письмом в защиту Собчака, выражая "решительный протест против травли и клеветы, развернутой Генеральной прокуратурой". "Под предлогом "борьбы с коррупцией", - говорилось в письме, - генпрокуратура использует свою работу в политических целях, дискредитируя власть. Следственная группа Л. Г. Прошкина дает интервью и в нарушение всех процессуальных норм публикует бездоказательные материалы в коммунистической прессе: "Советская Россия", "Правда", "Народная правда", которые используются в качестве агитационных листовок в предвыборной борьбе. Обращая внимание на это обстоятельство, петербургская организация "Наш дом - Россия" требует принятия решительных мер для прекращения использования правоохранительных органов в политических целях".
И это тоже было абсолютной правдой, как и факты коррупции, собранные в томах уголовного дела. Среди подписавших письмо был председатель совета cанкт-петербурской организации "Наш дом - Россия" Владимир Путин.
Политически Собчак эту битву проиграл: 2 июня 1996 г. мэром города был избран заместитель Собчака Владимир Яковлев. После поражения Собчака на выборах "квартирное дело" не заглохло. В декабре 1996 г. следственную группу возглавил новый следователь Генпрокуратуры Николай Михеев. Летом 1997 г. по делу были арестованы начальник планово-экономического отдела Главснаб санкт-петербургской мэрии Валентина Любина, бывший помощник мэра Собчака по жилищным вопросам Лариса Харченко и начальник аппарата мэра Виктор Кручинин. К осени, опираясь на показания арестованных и другие собранные материалы, следствие было уже готово выдвинуть обвинения против самого Собчака и членов его ближайшего окружения. Планировались аресты целой группы лиц, в том числе и бывшего мэра города.
Путин в то время был уже в Москве на недосягаемой для санкт-петербургских следователей высоте, но прикрывал Собчака, понимая, что косвенно защищает этим себя, так как следствие докопалось до махинаций Путина. В записке следствия "О некоторых аспектах работы оперативно-следственной бригады МВД в Санкт-Петербурге" о Путине говорилось:
"Получены данные, содержащие признаки преступления - использования служебного положения в корыстных целях - в отношении Путина, одного из высокопоставленных чиновников администрации президента, члена команды Чубайса. Занимаемое в настоящее время Путиным служебное положение сильно осложняет деятельность оперативно-следственной группы и позволяет А. Собчаку чувствовать себя в относительной безопасности".
Путин, занимавший в тот момент должность начальника Главного контрольного управления администрации президента, блокировал "квартирное дело" как мог. Прокурором Санкт-Петербурга был возбужден ряд уголовных дел в отношении офицеров городской милиции, вовлеченных в расследование дела Собчака. Несколько сотрудников милиции, в том числе руководящих, были арестованы. К Путину в Москву зачастила жена Собчака Людмила Нарусова. Разговаривали они всегда наедине, поэтому подробности их бесед неизвестны. Именно Нарусова сообщила Путину, что на Коллегии Генпрокуратуры России после долгих дебатов было принято решение об аресте Собчака. А арест Собчака ставил под угрозу все его окружение, прежде всего Путина.
3 октября 1997 г. теперь уже бывший мэр Собчак был вызван на допрос в прокуратуру. Ожидалось, что ему будет предъявлено обвинение с последующим арестом. Допустить этого не могли ни демократы, символом которых был Собчак, ни Путин, к которому после ареста Собчака потянулись бы нити расследования. По просьбе Путина спецотряд быстрого реагирования Регионального управления по борьбе с преступностью (РУБОП) вывез допрашиваемого Собчака прямо из прокуратуры в больницу, где начальник Военно-медицинской академии Юрий Шевченко, человек близкий к семье Собчака, хороший знакомый Путина, немедленно поставил диагноз, вызвавший тогда серьезные сомнения: обширный инфаркт.
