Невысокий, чуть более 170 см ростом, рано пополневший Комельков объективно не подходил для подобной службы. Но мечта оставалась и в конце концов сбылась. После распада СССР и создания новой службы охраны президента люди понадобились Коржакову. Последнему Комелькова рекомендовал, несмотря на увольнение из КГБ, его старый приятель по совместной учебе в Институте культуры и службе в 5-м управлении Геннадий Зотов, в прошлом сотрудник 4-го отдела 5-го управления, курировавшего религию в СССР и осуществлявшего разработку религиозных деятелей, ставший впоследствии начальником Службы собственной безопасности ФСБ, генерал-лейтенантом, представителем российской службы безопасности в Болгарии.
С Комельковым Коржаков беседовал лично. Он предложил ему прежде всего заниматься сбором информации обо всем, что происходит на телевидении. Прежде всего его интересовали люди и группировки, негативно относившиеся к президенту и СБП. Ожидалось также, что Комельков сможет влиять на редакционную политику в выгодном для Коржакова направлении. Наконец, Коржаков предупредил Комелькова, что утечки информации от него к бывшим его коллегам по 5-му управлению, работающим теперь во главе с Бобковым у Гусинского, быть не должно, и, наоборот, нужно по возможности, используя старые связи, пытаться собирать информацию обо всем том, что происходит в корпорации "Мост".
Комельков, являвшийся до увольнения из КГБ одним из руководителей подразделения, курировавшего Останкинский телецентр и в силу этого сохранивший в памяти много ценной информации о сотрудниках телевидения и возможность возобновить контакты с ними, как никто другой подходил Службе безопасности президента для работы среди "телевизионщиков". Учитывалось Коржаковым и то обстоятельство, что Комельков был "порченый", уволенный из КГБ, обиженный на коллег, и прежде всего на своего бывшего шефа Бобкова. Это давало Коржакову основания считать, что Комельков сможет и будет работать против своих бывших коллег по 5-му управлению, составляющих костяк службы Бобкова в "Мостбанке".
Кроме того, Комельков после увольнения из КГБ успел поработать в собственном бизнесе, приобретя контакты в среде московских бизнесменов и в криминальных кругах. Частыми гостями в его ресторане на Кутузовском проспекте были лидеры московских организованных преступных группировок (ОПГ), прежде всего "солнцевские" бандиты. Кутузовский проспект относился к числу правительственных трасс, наблюдение за которыми вело 9-е управление, а затем служба, возглавляемая Коржаковым. Так что информацию о ресторане Комелькова Коржаков имел полную, так же как и об отправке теплоходов на Олимпиаду в Испанию (и об офшорных счетах, на которые были положены деньги, заработанные в Испании на этом проекте). Иными словами, Коржаков знал о Комелькове достаточно для того, чтобы сделать его преданным человеком или чтобы легко уничтожить того, если потребуется.
Комельков приступил к работе. Много лет Комельков был знаком с Юрием Балевым, закончившим службу в КГБ в качестве начальника 2-го отдела Управления по защите конституционного строя, преемнике 5-го управления КГБ. Несмотря на смену названия, все оставалось по-старому. Отдел, который возглавлял Балев еще в бытность 5-го управления, занимался национальными проблемами СССР. При смене названия управления сохранился номер отдела, остались на прежних позициях его руководители и оперативный состав. Отдел являлся одним из ведущих в управлении по характеру решаемых задач, в особенности в годы перестройки. В стране повсеместно усиливались центробежные тенденции: многочисленные республики - от прибалтийских до кавказских и среднеазиатских - подумывали о собственной независимости и выходе из СССР, угрожая целостности Советского Союза. С этими многочисленными национальными движениями как раз и боролся отдел Балева.
После распада СССР перешедший в структуру Гусинского Бобков предложил бывшему своему подчиненному Балеву работать в новой структуре. Балев ушел к Бобкову и стал у Гусинского одним из ведущих аналитиков службы безопасности "Мостбанка". С Комельковым Балев продолжал поддерживать приятельские отношения, возможно, рассчитывая получать от него информацию о ведомстве Коржакова. Комельков рассчитывал, в свою очередь, получить от Балева информацию о ведомстве Бобкова и в какой-то момент открыто предложил Балеву шпионить на Коржакова. Балев Комелькову не просто отказал, но и заявил о разрыве с ним отношений. Через несколько дней Балев был жестоко избит неизвестными у своего дома.
