По мнению ФСБ во время сотрудничества с китайской стороной Даниловым были переданы Китаю секретные разработки России. Защита Данилова располагала заключениями экспертов о том, что с изобретений Данилова 8 лет назад был снят гриф секретности. Поэтому адвокаты были уверены в положительном исходе дела.
После полутора лет заключения Данилов по решению суда Центрального района Красноярска был освобожден из-под стражи под подписку о невыезде. За все это время обвиняющая сторона (ФСБ) так и не смогла представить веских доказательств виновности физика. Сам Данилов считал, что "ученый-физик никогда не может быть государственным изменником. За открытия, которые происходят в физике, ученым дают Нобелевские премии, хотя на основании этих открытий может быть создано оружие. Физик раскрывает тайны природы, а не государственные тайны".
После того как Данилова выпустили из СИЗО, он баллотировался в депутаты Государственной думы от Енисейского избирательного округа № 48. Однако выборы Данилов не выиграл, набрав всего 6,42%. В декабре 2003 г. Данилов был оправдан судом присяжных. Из 12 присяжных восемь человек сочли доказательства прокуратуры неубедительными, а ученого-физика невиновным по всем статьям. После судебного заседания Данилов заявил, что он был полностью уверен в том, что его оправдают, но этот арест отбросил назад российскую науку в плане международного сотрудничества. В частности, спутник, который был создан в результате совместных усилий Китая и Европейского космического агентства (ЕКА), мог бы быть создан при участии Китая и России, так как разработки российских ученых были лучше, чем у ЕКА.
В январе 2004 г. Красноярская прокуратура подала кассационную жалобу на оправдательный приговор, вынесенный судом присяжных. Обвинители просили Верховный суд отменить вердикт присяжных и направить дело на новое рассмотрение. В Москву прибыла делегация представителей красноярских спецслужб, "целая команда красноярского ФСБ". "Какое они сейчас имеют отношение к процессу - непонятно. Ведь их роль закончилась, когда материалы дела были переданы в прокуратуру", - возмущался один из сторонников Данилова.
В итоге 9 июня 2004 г. Коллегия Верховного суда РФ отменила оправдательный приговор Данилову и направила дело на новое рассмотрение. Адвокаты Данилова считали, что решение Коллегии было продиктовано свыше. В ноябре 2004 г. Данилов был приговорен судом за шпионаж в пользу Китая к 14 годам лишения свободы с отбыванием срока в колонии строго режима.
В 2001 г. арестован Виктор Калядин, генеральный директор ЗАО "Элерс-Электрон, Лтд". Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа. Передал секретные сведения сотрудникам ЦРУ. Приговорен к пяти годам лишения свободы.
В том же году арестован Валентин Моисеев, заместитель руководителя 1-го департамента стран Азии Министерства иностранных дел (МИД) России. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа. Передал секретные сведения сотруднику разведки Южной Кореи. Приговорен Мосгорсудом к 4,5 года лишения свободы.
В том же году арестован Александр Запорожский, бывший заместитель начальника 1-го отдела Управления контрразведки СВР. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа. Передавал представителям спецслужб США секретную информацию о деятельности российских разведорганов и их кадровом составе. Приговорен Московским окружным военным судом к 18 годам лишения свободы.
В том же году арестован Михаил Трепашкин, адвокат, полковник ФСБ, участник пресс-конференции Литвиненко в ноябре 1998 г. Осужден Московским окружным военным судом, до сих пор находится в заключении.
15 декабря 2002 г. директор ФСБ Патрушев сообщил об отказе продлить въездные визы 30 сотрудникам "Корпуса мира" (американской организации, беспрепятственно работавшей в России с 1992 г.) за "сбор информации о социально-политической и экономической обстановке в российских регионах, сотрудниках органов власти и управлений, ходе выборов". Патрушев рассказывал об отказе как о безусловном успехе органов ФСБ в деле борьбы против засылаемых в Россию иностранных шпионов.
