Господство колонизаторов, ведшее к насильственной ломке привычного образа жизни и к жестким методам эксплуатации труда, не могло не вызывать протеста. Уже в XVII в. это нашло свое выражение в ряде массовых политических движений, внешне принимавших форму династийной борьбы, но по сути бывших естественным сопротивлением традиционной структуры вмешательству со стороны колонизаторов (восстания на Яве под руководством Трунуджайи в 1674 – 1679 гг., Сурапати в 1683 – 1706 гг.). В середине XVIII в. голландцы попытались искусно направить недовольство яванского населения в антикитайское русло – против китайских эмигрантов, успешная экономическая деятельность которых раздражала яванцев и мешала Ост-Индской компании. Следствием расправы над хуацяо было, в частности, массовое выселение беднейшей их части в качестве кули на контролировавшиеся теми же голландцами колониальные плантации на Цейлоне и даже в далекой Южной Африке.
С XVIII в. голландская Ост-Индская компания начала слабеть и приходить в упадок. Расцветавшая контрабанда, равно как и коррупция среди служащих компании, приводили к увеличению экспорта, падению цен на пряности и соответственно доходов компании. Немалых денег стоила политическая борьба, приведшая в середине XVIII в. к гибели государства Матарам. Конец XVIII в. принес с собой еще и военно-политические осложнения, связанные с событиями в Европе (наполеоновские войны). В 1800 г. компания была ликвидирована, а вскоре вслед за этим Индонезия на несколько десятилетий оказалась под властью Англии, ведшей войну с Наполеоном и с союзной с ним Батавской (на территории Нидерландов) республикой.
Захват англичанами голландских колоний в Индонезии в 1811 г. привел к ряду реформ, ставивших своей целью создать благоприятные условия для проникновения в Индонезию частного капитала, в том числе английского. Однако упразднение монополий и налоговые реформы не привели к заметному изменению положения, во всяком случае с точки зрения промышленно-торгового освоения Индонезии частным европейским капиталом. Возврат Индонезии под власть Голландии в 1824 г. и последовавшее вслед за тем восстание Дипо Негоро под лозунгами исламского джихада (1825–1830) побудили голландскую колониальную администрацию пересмотреть принципы своего экономического господства. Отказавшись от чересчур жестких форм налогового и иного гнета, власти перешли к системе принудительных культур, смысл которой сводился к тому, что крестьяне были обязаны пятую часть своей земли (наиболее приспособленную для этого, т.е. лучшую) обрабатывать под выращивание закупавшихся колонизаторами культур, тогда как все остальные земли община могла традиционно использовать для своих нужд, прежде всего для производства необходимого ей продовольствия. Система оказалась достаточно эффективной для голландцев, обеспечив им устойчивый доход. Но для развития Явы она была, по сравнению с реформами англичан, шагом назад, ибо консервировала отсталые методы ведения хозяйства и препятствовала тем самым экономическому развитию страны.
Введение системы принудительных культур заметно усилило позиции голландских властей в Индонезии, что позволило им приступить к колонизации других крупных индонезийских островов, в первую очередь Суматры и Борнео. Именно эти захваты и привели в конечном счете к колонизации голландцами почти всей Индонезии. Наиболее трудным для них делом оказалась война с султанатом Аче в Суматре, которая длилась около 30 лет (1873 – 1904), сопровождалась мощным народным сопротивлением в форме массового партизанского движения, но все же завершилась гибелью султаната. Успешные военно-политические захваты укрепили позиции Голландии в Индонезии и позволили ей отказаться от системы принудительных культур. Серия законов в 70–80-х годах XIX в. создала условия для проникновения на острова частного капитала. Здесь, в первую очередь на Яве, стали возникать промышленные предприятия по обработке сельскохозяйственной продукции (кофе, чай, какао, каучук и др.), строиться железные дороги, создаваться банки, расширяться разведка недр. На промышленную основу были поставлены добыча олова, угля и особенно нефти, торговля которой заложила базу для процветания основанной в 1907 г. известной англо-голландской компании Ройял Датч-Шелл.
