Период между первой и второй мировыми войнами был временем активной борьбы страны за независимость. Собственно, сама голландская колониальная администрация в XX в. уже вполне отчетливо сознавала, как и британская администрация в Индии, что годы ее сочтены и что лучшим выходом для нее было бы постепенное движение в сторону признания справедливости требований индонезийцев. Уже на рубеже XIX – XX вв. изменению политики способствовал новый так называемый этический курс колониальной политики. Идейно обоснованный в статье Девентера «Долг чести», суть которой сводилась к тому, что столь многое взявшие в Индонезии голландцы должны теперь выплатить этой стране своего рода долг чести, выражающийся в заботе о просвещении и развитии народа, о подготовке его к самоуправлению, этот новый курс сыграл определенную роль. Пусть с неохотой, но голландцы оказались вынужденными следовать ему. В Индонезии стали открываться школы, колледжи, университеты, издаваться газеты, журналы и книги, в том числе на малайском языке, становившемся общим для всех индонезийцев. В 1916 и 1917 гг. съезд Союза ислама, наиболее массовой в то время организации в Индонезии, провозгласив себя Национальным конгрессом, предъявил колониальной администрации требование освобождения от ее опеки. Голландцы в 1918 г. создали Народный совет, который состоял из назначавшихся и избиравшихся членов, европейцев и индонезийцев, и имел право вотировать бюджет страны. В 1927 г. доля индонезийцев в этом совете была увеличена.
Вынужденные уступки со стороны колониальных властей сопровождались усилением освободительной борьбы. Наряду с организациями исламского характера и параллельными, хотя и менее влиятельными, религиозно-ориентированными индуистскими организациями, на рубеже 20 – 30-х годов появились партии национально-демократического направления, в первую очередь Национальная партия во главе с Сукарно. Подвергавшаяся преследованиям и время от времени вынужденная реорганизовываться и менять название, эта партия в середине –30-х годов выдвинула ряд требований национально-демократического характера, явственно противостоявших колониально-капиталистической структуре: создание общества без классов и без капитализма; независимость с учетом национальных интересов и с уважением интересов других народов; защита интересов рабочих и земледельцев и т.п. Поиски собственного пути побудили Сукарно взять кое-что из идей марксистского социализма и сочетать эти идеи с традиционными для восточного общества представлениями о всеобщем равенстве и справедливости. Объективно идеи Сукарно и программа его партии отражали сопротивление традиционной индонезийской структуры, столетиями трансформировавшейся колонизаторами, но во многом еще сохранившей свои основы, капитализму колониального типа, символу чужеземного угнетения.
Вторая мировая война положила конец голландской колониальной администрации в Индонезии, место которой заняли японцы. В 1945 г., когда исход войны был уже очевиден, в стране был создан Комитет по изучению вопроса о независимости, на пленарном заседании которого в июне с большой программной речью выступил Сукарно. Он призвал все патриотические силы объединиться в борьбе за свободу и независимость Индонезии. Капитуляция Японии послужила сигналом для провозглашения независимости Индонезии <17 августа 1945 г.). Но еще на протяжении ряда лет шла борьба индонезийцев за независимость с вторгшимися в страну и представлявшими интересы голландских колонизаторов англо-индийскими войсками (формальным предлогом для их вторжения была необходимость разоружения находившихся в Индонезии японских армий). В ходе этой борьбы на передний план в политической жизни страны выходили все новые деятели, в том числе опиравшиеся на многочисленные мусульманские организации различного толка. Обычно они весьма консервативно мыслили и соответственно действовали. И хотя формально во главе Индонезии в конечном счете оказался избранный ее президентом радикально настроенный Сукарно, фактически ведущую роль в руководстве играли более умеренные лидеры, опиравшиеся на национально-религиозные традиции.