Ислам впервые появился на островах Индонезии, видимо, в XIII в., а уже на рубеже XIV–XV вв., как упоминалось, бежавший из Маджапахита яванский принц Парамешвара, воспользовавшись ослаблением власти на Яве, сумел создать в Малайе сильный султанат – первое крупное исламское государство в островном мире Юго-Восточной Азии. Исламизированные малайцы, равно как и мусульманские торговцы из числа индийцев-гуджаратцев, арабов и персов, в XV в. стали активно заселять Суматру, укрепляться на Калимантане и Яве и, главное, нести с собой ислам как новую и дававшую в руки правителей мощные рычаги власти религиозную систему. Надо сказать, что многочисленные вассалы Маджапахита сразу же ухватились за эту возможность усилить их власть – возможность, столь убедительно продемонстрированную в начале XV в. Искандер-шахом малайским. Все большее количество правителей княжеств превращались в султанов мусульманских государств, пока в 1520 г. коалиция султанатов не уничтожила Маджапахит. В стране возникло множество самостоятельных мелких государств, в основном султанатов. Их междоусобные войны в XVI в. создали своего рода политический вакуум в Индонезии, что в немалой степени облегчило португальцам задачу укрепления на островах архипелага.
В конце XVI в. на развалинах Маджапахита укрепилось ненадолго государство Бантам в западной части Явы. Этому, в частности, способствовал рост значения Зондского пролива в торговых операциях после того, как Малаккский пролив полностью попал под контроль португальцев. Бантам был крупнейшим торговым портом, в котором проживало множество иностранных купцов, в том числе большая колония китайских мигрантов, игравших ведущую роль в торгово-ростовщических операциях. Следует заметить, что резко возраставший спрос на пряности – гвоздику, корицу, мускатный орех, перец и т.п. – на рубеже XVI–XVII вв. заметно сказался и на привычной форме сельскохозяйственных занятий населения. Крестьяне все чаще, причем нередко под нажимом, переходили к выращиванию новых культур, что сильно меняло весь их образ жизни, ставило их в зависимость от рынка, где господствовали колонизаторы. Работа на рынок вела к ломке традиционно устоявшихся связей, а порой и к превращению крестьян-общинников в батраков на плантациях. Усилилась роль рабства. Португальцы, а затем и голландцы порой захватывали сильных здоровых мужчин на одних островах, как правило, наиболее отсталых по уровню развития, и привозили их в качестве рабов на другие, где эти рабы использовались для работы на плантациях. Разумеется, это вызывало протесты и даже восстания. Но восстания топились в крови, а колониальная эксплуатация местного населения лишь усиливалась. Богатели торговцы, ростовщики, скупщики, а еще больше связанные со всеми ими и стоявшие за их спиной колонизаторы.
Что касается колониальных держав, то господство португальцев в Индонезии, как и в Малайе, длилось недолго. В начале XVII в. на Яве уже достаточно прочно обосновались голландцы и англичане. Их соперничество завершилось в пользу голландской Ост-Индской компании, которая вела жесткую политику усиления эксплуатации индонезийцев через систему принудительных работ, контрибуций от зависимых вассалов и откупов (откупщиками чаще всего были китайские торговцы и ростовщики). Голландцы в середине XVII в. укрепились на Яве, заставив считаться с собой пришедшее на смену Бантаму государство Матарам (Матарам поздний). Лавируя между Бантамом и Матарамом, голландцы в конечном счете подчинили себе оба султаната и в XVIII в. продолжали активное освоение островов Индонезии, внедряя выгодную для себя систему монокультур.
На рубеже XVIII–XIX вв. голландская Ост-Индская компания была ликвидирована, но все ее владения перешли к Голландии как колониальному государству. Начался новый этап колониального господства, в ходе которого Нидерландам пришлось выдержать энергичный натиск со стороны Англии, все еще претендовавшей на Индонезию. Лондонское соглашение 1824 г. закрепило Индонезию за Нидерландами, которые к этому времени были уже полным хозяином архипелага. Привлекая на свою сторону правящую верхушку местных султанатов и жестоко подавляя то и дело вспыхивавшие восстания, голландцы энергично вводили на разных островах архипелага систему принудительного разведения нужных им культур (кофе, табак, индиго и др.). Приблизительно пятая часть земель, занятая этими культурами, которые выращивались и сдавались крестьянами по низким закупочным ценам, давала земледельцам право пользоваться остальной землей для собственных нужд и для выплаты ренты-налога в казну их султанов. В целом жестокие методы эксплуатации привели население Индонезии в состояние нищеты, голода и отсталости. Стоит в этой связи заметить, что Голландская Индия была практически лишена и тех пусть небольших, но все же существенных для развития страны промышленных нововведений, которые реализовывались в других колониальных странах, в частности в Британской Индии.
