Матарамские Шайлендры сошли с исторической арены в XI в., уступив место государству, созданному одним из приближенных последнего правителя, его зятем Эрлангти (Эрланга). Эрлангти восстановил на Яве приоритет шиваизма, но не преследовал буддистов. Напротив, стремился создать некий синтез обеих религий. Его государство подчинило себе почти всю Яву и являло собой строго централизованную организацию с хорошо налаженной чиновной администрацией, развитыми ремеслом и торговлей. Государство заботилось о поддержании в порядке ирригационной сети и упорядочило налогообложение. Размер ренты-налога составлял примерно десятую долю урожая.
После Эрлангти созданное им государство распалось, но вскоре один из его наследников сумел усилиться в княжестве Кедири, которое стало едва ли не сильнейшим на Яве в XII в. В начале XIII в. правитель Кедири пал жертвой заговора, а в последовавшей за тем династической борьбе победителем вышел Кертанагара, который в XIII в. достиг немалых успехом в деле объединения яванских земель и противостояния нашествию монголов. Впрочем, предотвратить это нашествие он не смог, а уже после появления монголов на Яве, когда Кертанагара пал жертвой очередного заговора, его наследник Виджайя сумел ловко использовать монгольские отряды для победы над соперниками, после чего уничтожил часть их, вынудив остальных убраться восвояси.
Виджайя создал новое государство Маджапахит (1293–1520) и стал его первым правителем. С этого времени центром, политического могущества Индонезии становится Ява. Справедливости ради стоит заметить, что эта тенденция начала проявлять себя еще в XIII в., когда стала слабеть суматранская Шривиджайя. Удары со стороны южноиндийского государства Чолов подорвали ее могущество еще в XI в., а в конце XII в. ряд суматранских княжеств, бывших до того вассалами Шривиджайи, стали самостоятельными, как, например, Джамби. В XIII в. под ударами с севера, со стороны Сукотаи, и с востока, со стороны яванского правителя Кертанагары, Шривиджайя распалась. Вот в этих-то условиях значительная часть ее наследства на Суматре и попала под власть яванского Маджапахита.
Маджапахит был крупнейшим государством в истории Индонезии. Хотя некоторые специалисты сомневаются подчас в том, что его правитель реально контролировал все те земли, которые считались вассальными по отношению к нему, факт остается фактом: владения Маджапахита распространялись на всю Яву, Суматру, Калимантан, даже Сулавеси, а также на многочисленные мелкие острова архипелага. Наивысшего развития государство достигло в те годы, когда им управлял всесильный первый министр Гаджа Мада (20–60-е годы XIV в.). Этот выдающийся политический деятель не только много сделал для собирания земель, но и умело управлял обширной и весьма разнородной империей, как ее подчас именуют.
Созданный им свод законов закрепил социально-политическую организацию государства. Во главе Маджапахита стоял махараджа, личные потребности двора которого удовлетворялись за счет доходов с земель, считавшихся его доменом. Остальные территории находились под управлением наместников, чаще всего из числа родственников правителя и знатных аристократов, а реальную власть на местах осуществляли многочисленные чиновники, получавшие за это от казны служебные наделы. Основной производственной и хозяйственной единицей была община, напоминавшая индийскую, хотя и без кастового неравенства. Налоги с общинников шли в казну, и за счет редистрибуции этого дохода существовал весь аппарат власти. Немалое место в обществе занимали индуистские (прежде всего шиваиты) и буддийские жрецы и монахи. Большого развития достигла культура. Внимание уделялось архитектуре, литературе и особенно театру (театр марионеток ваянг – национальная гордость индонезийцев по сей день).
После смерти Гаджи Мады в 1364 г. Маджапахит стал понемногу клониться к упадку. Вассальные князья в разных частях обширного государства то и дело стремились освободиться от опеки центра и добиться укрепления своих владений за счет более слабых соседей. Слабеющие правители государства, нередко ведшие изнурительные войны с претендентами на их престол, заботились лишь о том, чтобы сохранить хотя бы видимость власти, для чего они нередко обращались за дипломатической поддержкой к третьим странам, в частности к минскому Китаю, чьи миссии (флот адмирала Чжэн Хэ) в начале XV в. посещали Индонезию. Вообще следует заметить, что с XV в. в городах Индонезии появляются китайские мигранты, преимущественно ремесленники и торговцы, число которых со временем все возрастало, пока они, получившие ныне сводное наименование хуацяо, не стали играть весьма заметную роль в экономике Индонезии. Правда, это случилось не сразу. До этого Индонезия подверглась натиску иноземцев другого рода. Речь об ее исламизации.