Христианизированные и испанизированные части архипелага в принципе мало чем отличались от латинизированной теми же испанцами приблизительно в то же время Америки. Те же наместники короля и губернаторы провинций, опиравшиеся на аппарат чиновников и богатые слои испанских колонизаторов. Та же всесильная католическая церковь с ее неистовыми монахами-миссионерами различных орденов и в целом весьма послушная им паства. Правда, методы завоевания и поддержания порядка здесь были менее жестокими: на Филиппинах не было золота, столь разжигавшего страсти конкистадоров. А для освоения страны нужны были люди, которых следовало беречь (в XVII в. население архипелага составляло около 500 тыс. человек, из них около 1% испанцев).
Система управления на первых порах тоже формировалась по общему для латиноамериканских колоний образцу: на Филиппинах было создано около 270 участков, переданных в энкомиенду (своего рода опека) испанским колонистам, как частным лицам из числа влиятельных землевладельцев, так и монашеским орденам либо короне. Попечитель-энкомендеро обычно собирал с вверенного его опеке населения при посредстве старост общин фиксированный налог, трибуто, и требовал от крестьян выполнения различных повинностей. Возглавляемое старейшинами-касиками население подчас бунтовало против новых порядков, но безуспешно. В начале XVII в. по настоянию католической церкви система энкомиенд была отменена и заменена сбором трибуто и иных налогов непосредственно в пользу королевской казны.
Торговля между Филиппинами и Испанией была ограниченной, зато в азиатской торговле архипелаг занимал все более заметное место, прежде всего благодаря китайским мигрантам-хуацяо, число которых все возрастало (в конце XVI в. их колония в Маниле насчитывала 10 тыс., в начале XVII в. уже 25 тыс. человек). Китайцы со временем фактически почти монополизировали всю азиатскую торговлю, что и неудивительно: богатые испанцы были к этому делу высокомерно равнодушны, а местное население недостаточно для этого подготовлено. Следует, однако, заметить, что китайских торговцев не любили ни те, ни другие, хотя обойтись без их посредничества уже не могли. Налоги и пошлины китайцы обычно платили вдвое большие, чем другие торговцы.
В XVII в. сложные международные обстоятельства, в том числе войны в Европе, оказали свое воздействие на судьбы Филиппин, подвергавшихся вторжению со стороны то голландцев, то англичан. Заметное ослабление Испании по сравнению с другими колониальными державами вело и к замедленным темпам развития архипелага. Колониальный режим не нес стране даже того, что было в некоторых других колониях, как например в Индии, – пусть мучительного, но все же достаточно быстрого экономического развития. Напротив, усиливалась примитивная докапиталистическая эксплуатация населения: на государственной барщине каждый обязан был отработать 40 дней в году.
Пытаясь как-то реализовать свои колониальные потенции в условиях энергично развивавшегося мирового колониального хозяйства, испанцы стали вводить на Филиппинах плантационную монокультуру табака, выращивание и торговля которым были государственной монополией (на этих-то плантациях в порядке отбывания повинностей и трудились местные жители). Правда, одновременно несколько усилились и частные торговые связи архипелага с метрополией. Однако вплоть до конца XVIII в. это не вело к сколько-нибудь заметному экономическому развитию Филиппин. Практически только с начала XIX в., когда в Испании появилась своя энергичная буржуазия и правительство более уже не могло противостоять экономическому вторжению на архипелаг капитала из других стран, королевская монополия на табак и торговлю были отменены и стало развиваться частнокапиталистическое колониальное хозяйство. На Филиппинах начали выращивать сахарный тростник, пеньку, индиго. Стала постепенно формироваться собственная национальная буржуазия, в основном из китайцев и метисов китайского происхождения. Начало формироваться и национальное самосознание филиппинцев, проявлявшееся в их стремлении добиться формального равенства в правах с испанцами.
