Поворотной точкой стало убийство голландского лидера, Вильгельма Оранского (10 июля 1584 г.). Это вызвало панику среди английских политиков, опасавшихся, что и Елизавета может стать такой же жертвой. В мае 1585 г. Филипп почувствовал себя достаточно уверенным, для того чтобы захватить английские корабли в иберийских портах; Елизавета ответила, предоставив свободу действий графу Лестерскому, вступив в союз с голландскими Генеральными штатами в августе, и отправив графа в Голландию с армией. Но миссия графа провалилась; он умер вскоре после своего бесславного возвращения, в декабре 1587 г. Только сэру Фрэнсису Дрейку и прочим флибустьерам сопутствовал успех. Открытая война началась вслед за казнью Марии Стюарт в феврале 1587 г. Дело в том, что новые католические заговоры, по крайней мере один из которых предполагал убийство Елизаветы, ужесточили позицию Таиного совета. Елизавета оставалась нерешительной и бездеятельной; Мария предстала перед судом и была осуждена, но в ее жилах текла королевская кровь. Однако Совет больше не мог ждать: приговор был приведен в исполнение. Шотландия метала громы и молнии, но двадцатиоднолетнего Якова VI задобрили субсидиями и ставшей реальной перспективой величайшего из заманчивых призов — восшествия на английский престол. (В любом случае Яков не питал иллюзий относительно испанской поддержки шотландской Реформации.)
Непобедимая армада покинула берега островов Силли 19 июля 1588 г.; ее целью было завоевание Англии, которое само по себе обеспечило бы отвоевание Нидерландов. План Филиппа состоял в том, чтобы добиться контроля над Ла-Маншем, встретиться с герцогом Пармским у побережья Голландии и переправить ударные силы фландрской армии Филиппа в Англию. Основной флот должен был прикрывать переправу герцога, а затем силы, которые перевозила сама Армада, должны были объединиться с его войсками в совместном завоевании Англии. Армадой командовал герцог Медина Сидония; английский флот возглавлял лорд Говард Эффингем, а вторым по рангу был Дрейк. Эффингэм вышел в море на «Королевском ковчеге», построенном в 1581 г. для сэра Уолтера Рэли; Дрейк был капитаном «Возмездия» введенного в строй в 1575 г. В Англии были мобилизованы местные ополчения; отмечены возможные места высадки, а их укрепления усилены. Но, если бы герцог Пармский высадился, его армия уничтожила бы сопротивление англичан: эффективность английских морских сил была решающим фактором.
Разгром Армады произошел почти так, как это представляет традиционная легенда, за исключением романтической истории об игре в шары. Ключом к победе оказалась артиллерия: Армада несла только 19 или 20 больших пушек, а ее 173 пушки средне-крупного и среднего калибра были неэффективными, более того, некоторые из них взорвались при использовании; можно предположить, что их не испытывали. В то время как испанцы имели только 21 кулеврину (железные пушки с большой дальностью действия), у англичан их было 153; у испанцев была 151 полукулеврина, а у англичан — 344. Короче говоря, Эффингем и Дрейк превзошли своих противников в маневренности и пушечной мощи. Разгромленная Армада отплыла на север, к заливу Ферт-оф-Форт, а затем пробралась обратно в Испанию мимо Оркнейских островов и западного побережья Ирландии. В августе 1588 г. протестантская Англия праздновала избавление молитвами и публичным благодарением, Но спасение не было окончательным; никогда впоследствии Елизавета не отправляла в сражение весь свой флот одновременно. Однако хотя последующие поколения похвалялись, что она удерживала Испанию на привязи минимальной ценой, за счет того, что избегала внешних союзов и полагалась на королевский флот и корабли частных лиц, охотившихся за вражескими кораблями, но превосходство морских сражений над войнами на континенте было мифом. Война на море была лишь частью сражения, охватившего всю Западную Европу, — сражения, главными событиями которого были гражданская война во Франции и восстание в Нидерландах. Так как у Елизаветы не было сухопутной армии, денег и человеческих ресурсов, то, чтобы соперничать с Испанией, она должна была помогать Генриху Наваррскому и голландцам. Католическая лига укрепилась в Пикардии, Нормандии и Бретани; эти регионы вместе с Нидерландами стали почти постоянной зоной военных действий. В 1589–1595 гг. Елизавета ежегодно отправляла вспомогательные силы во Францию и в Нидерланды; денежные субсидии, не считая стоимости оснащения и оплаты этих войск, обошлись ей более чем в 1 млн фунтов. По сравнению с этим английские морские операции были героическими эпизодами сомнительной стратегической значимости.
