Эпохе был нужен талантливый администратор и реформатор наподобие Томаса Кромвеля при Генрихе VIII, но такого человека не было. Требовались новые формы принятия политических решений и проведения политики. Совет был слишком многочисленным и плохо организованным для эффективной работы; решения слишком часто принимались на собраниях, устроенных ad hoc в покоях короля, и на таких же собраниях отменялись. Это приводило к полной неопределенности, а подчас даже к панике по поводу того, кто будет держать ответ. Когда Совет был лишен власти, проведение политики предоставили отдельным министрам и ведомствам при отсутствии соответствующей координации между ними. Назначение на должности производилось хаотически. Работа Парламента в равной степени была неэффективной, его представители предъявляли все больше необоснованных требований. Карл, понимая, что парламентарии, избранные в 1661 г., были верными роялистами и оправдывали его доверие, оставлял «кавалерский» Парламент в том же составе в течение восемнадцати лет, созывая его почти ежегодно. Отчасти его неэффективность была обусловлена растущим соперничеством между двумя палатами, особенно из-за требования Палаты лордов взять на себя полномочия упраздненных судов примирительного производства; на ряде заседаний они занимались только этим вопросом. Отчасти причиной плохой работы Парламента было отсутствие программы. Этот орган власти, включавший в себя несколько сотен человек, среди которых не было признанного лидера, в основном проводил время, решая, какие же вопросы выносить на обсуждение. Шестидесятые и семидесятые годы XVII в. ознаменовались борьбой главных министров из числа Палаты лордов за главенство в суде и были отмечены застоем в деятельности обеих палат. Положению Карла ничто не угрожало, ни на родине, ни за границей. Эйфория первых лет правления сменилась своего рода политической депрессией, когда эпидемия чумы, унизительное голландское вторжение, проникшее вплоть до Медуэя во время второй голландской войны (1665-1667) и Большой пожар в Лондоне (1666) подорвали уверенность 1660-1661 гг. в том, что Бог благословит землю, которая взялась за ум.
На политической арене было много неудач: не удалась главная попытка ввести веротерпимость (1672-1673), задерживалась выплата процентов с займов (1672), в Парламенте имелись серьезные разногласия, когда члены «кабального» правительства обвиняли друг друга за их совместный провал (1674-1675). Единственный раз угроза власти короля возникла во время кризиса в 1678-1681 гг. Это началось с разоблачительных показаний Титуса Оутса, Израэля Тонга и других авантюристов относительно папистского заговора с целью убийства Карла и приглашения на трон Якова, его брата-католика. Это была наиболее правдоподобная из множества историй, но в то же время в ней было много придуманного. Таинственная смерть судьи, ведущего это дело, и находка тайной переписки личного секретаря Якова добавили напряжения. В итоге Парламент предпринял полномасштабную попытку провести в связи с этим парламентские слушания о возможности наследования Яковом престола, поколебав таким образом идею Карла о божественном праве короля.
В действительности политические лидеры «движения за Исключение» стремились по меньшей мере подрезать крылья как Карлу, так и Якову. В течение первого года их целью был не Яков, а главный министр Карла, кавалер-англиканин граф Дэнби. Как это ни странно, но очевидно, что граф Шефтсбери, лидер оппозиции, видел в политике Дэнби такую же угрозу вольностям, как и в Якове. Принципы Дэнби были прямо противоположны принципам Шефтсбери. Он разработал новые методы управления Парламентом, централизовал контроль над финансами, нарушил равновесие интересов в органах местного управления в пользу кавалеров-англикан, по всей видимости, был не прочь создать постоянную армию для мирного времени и вступил в союз с голландцами против французов. Шефтсбери, перебежчик во время гражданской войны, член Бербонского парламента, член кромвелевского Государственного совета, а затем служивший при Карле в качестве канцлера казначейства и лорд-канцлера, постоянно выступал за свободу Парламента, децентрализацию, веротерпимость, против постоянной армии и голландцев. Политика Дэнби обеспечивала Карлу II спокойную жизнь, Шефтсбери смотрел на это как на зарождающийся абсолютизм. По сей день существует мнение, что папство и автократическое правление неразрывно связаны, а Дэнби может быть представлен как тайный агент папистов, несмотря на то что он был безупречным англиканином. Только когда Дэнби был заключен в Тауэр, Шефтсбери обратился к «движению за Исключение», пытаясь решить этим все вопросы. В его намерения входило подвергнуть сомнению теоретическое основание божественного права короля и создать условия для активной политической деятельности и согласия (сохранение «движения за Исключение» после смерти Карла, готовность к тому, что Яков не примет его без борьбы). Чтобы сохранить Исключение, Шефтсбери организовал первую политическую партию в истории Англии. Его «виги» занимались массовой пропагандой, подавали петиции, организовывали демонстрации, координировали кампании во время трех подряд всеобщих выборов (1679-1681).
