В итоге Карл оставил попытки создать всеобщую церковь и подписал Акт о единообразии (Act of Uniformity), который возвращал, целиком и полностью, старую Церковь и обязывал духовенство соблюдать строгие правила. Как следствие, к концу 1662 г. каждый пятый представитель духовенства был изгнан из Церкви, и многие из них стали организовывать тайные религиозные собрания вне Церкви. Карл терпимо относился к тем, кто не исповедовал англиканскую веру. Хотя в январe 1663 г. его первая попытка не увенчалась успехом, он мог утешиться тем, что изменил традиционные роли. До войны пуритане искали поддержки Парламента против короля, новые же нонконформисты должны были искать поддержки короля против Парламента, что в течение пятнадцати лет укрепляло политическое положение Карла. Тем не менее это было единственным слабым местом в проведении Реставрации. Всеобъемлющее политическое соглашение оказалось противопоставлено нетолерантному религиозному соглашению, касавшемуся узких кругов. Лишь немногие представители местной власти являлись диссентерами, но многие им сочувствовали и не хотели содействовать исполнению обвинительных законов, которые издавал Парламент против их религиозных собраний.
В целом у Карла возникли проблемы не из-за упомянутого установления, а из-за его предпочтений в проведении политики. В каком-то смысле он был ленивым королем. Его юность и ранняя молодость прошли в ожидании возможности взойти на престол, и, когда он вернулся из ссылки, все его цели были достигнуты. Он единственный из Стюартов, кого нельзя назвать мечтателем, он не вынашивал долгосрочных планов. Он мог с легкостью отступать, когда встречал сильное противодействие своей политике. Ему недоставало проницательности, и он не был лишен предубеждений и предпочтений. Он отличался рационализмом, вел светскую жизнь; у него было много любовниц и семнадцать признанных незаконнорожденных детей; он был циником, считавшимся с человеческой природой, интеллектуалом, проявлявшим повышенный, порой даже слишком, интерес к делам Королевского общества, созданного при его вступлении на престол. Но к этому интеллектуальному эмпиризму прибавлялся эмоциональный и духовный мистицизм, унаследованный от родителей. Карл верил, что обладал почти божественными способностями и свойствами (ни один король не прикасался столь часто к больным «королевской болезнью», сопровождающейся отталкивающими опухолями желез и золотушными расстройствами, которые короли, как считалось, обладали способностью излечивать). Помимо этого он был сторонником Римско-католической церкви. Его мать, жена, брат и любимая сестра были католиками, и хотя его bonhomie (добродушие) помогало ему легко принимать многие вещи, по-настоящему он был предан только своей семье. Карл знал, что, пока будет в силе католицизм, будет сильна и монархия. Верность католиков своему покровителю не оставляла сомнений. Если король и принимал всерьез какие-либо религиозные установки, то это были законы католичества (что касается его любовниц, то Карл говорил, что он не верит, будто Бог проклянет человека только за то, что тот между делом позволит себе немного удовольствия). Он был сторонником католицизма и дважды проявил свое предпочтение (тайным договором с Францией в 1670 г. и принятием католичества перед смертью). Он был слишком благоразумным политиком, чтобы открыто заявлять о своих убеждениях, кроме как на смертном ложе. Однако его веротерпимые взгляды были очевидны. По этим причинам, а также из-за нескрываемого восхищения короля перед своим кузеном, Людовиком XIV Французским, в Англии росло беспокойство.
В 1660-1661 гг. доходы Карла составляли очень крупную сумму (1,2 млн фунтов стерлингов в год); их источником являлось главным образом косвенное налогообложение. В начале правления ему было недостаточно этих средств из-за неумелого распоряжения деньгами, и в результате он не чувствовал себя свободно в финансовом отношении. У него не было возможности вводить дополнительные налоги, не обращаясь к Парламенту, и он сократил свои расходы. Таким образом, хотя Карл обладал абсолютным правом проведения внешней политики, объявления войны и заключения мира, Парламент мог отказать ему в выделении необходимых средств без объяснения причины.
