Религиозные меньшинства империи никогда не вернут себе прежних позиций. Map Ябалаха, к которому двор прежде так благоволил, умер почти в одиночестве, в полуопале. Новый министр Рашид ад-дин, человек довольно мерзкий, но великий администратор и гениальный историк, в руках которого с 1297 г. и до смерти находилась неограниченная власть, обратился в ислам и наглядно дал это понять, предприняв отвратительные гонения на бывших единоверцев — иудеев. Кончил он плохо: в 1318 г. его разрубили надвое. Христианство выжило, но было обречено на прозябание. Когда Монгольская империя рухнула, а вместе с ней и её политика терпимости, даже когда крестоносцы в 1291 г. покинули Святую землю, потомки мусульман, живших со времён зарождения ислама в довольно хороших отношениях с христианами, не простили последним ни поддержки монголов, ни самоуверенности, ни бесчинств, которым те иногда предавались, ни агрессии «франков».
Однако благодаря продолжению дипломатических отношений с Западом сохранилось множество миссий и даже было создано архиепископство Султании, возглавить которое, как мы видели, было в 1318 г. поручено Франкону Перузскому, а потом Иоанну из Кора; прибыло шесть новых епископов и в течение всего XIV в. основывались новые епископства, например, в 1356 г. в Нахичевани, в 1374 г. в Мараге; процветало около десятка францисканских и доминиканских монастырей в главных городах Иранской империи — в Тебризе, Султании, Мараге, Тифлисе, Эрзуруме. Так что, описывая ситуацию, в которой оказалось христианство, нам не следует слишком сгущать краски. Как отмечает Жан Ришар, libellus Иоанна Султанийского за 1404 г. не рисует по-настоящему пессимистичную картину положения церкви, хотя к тому времени по этим землям уже прошёл Тамерлан.
Мусульманская реакция, последовавшая за обращением Газана и победой ислама, выразилась не только в вспышках насилия, массовых убийствах, закрытии и разрушении церквей, храмов, пагод, но и в настоящем религиозном и, лучше сказать, духовном возрождении, о котором даёт понять создание в Согдиане ордена Накшбандии, основанного Баха ад-дином Накшбанди (1317-1389) и вооружённого персидской культурой, литературной и теологической, в трёх отношениях. Его доктрину можно было бы свести к фразе: шариат, весь шариат, ничего кроме шариата. В то же время, благодаря отчасти меценатству ильханов, отчасти — видных иранских семейств, пробудилось к жизни религиозное зодчество.
В первые десятилетия монгольского завоевания было построено очень немного памятников, но довольно скоро начали возводить первые мавзолеи. Они стали одними из самых примечательных строений эпохи ильханов, и среди них есть один шедевр — гробница султана Олджайту в Султании. С 1260 г. в Варамине находится прекрасная гробница имама Яхьи, а позже в том же городе появился Гунбад Ала ад-дина, башня высотой 25 м, очень строгая; в XIV в. в Исфахане построили мавзолей Джафара (1335), небольшую восьмигранную башню, ныне плохо отреставрированную, и мавзолей Баба-Касима (1340), в Ардебиле — мавзолей великого шейха Сефи ад-Дина, предка Сефевидов (1334), в Ургенче — мавзолей Турабек-хатун (ок. 1320-1330). Мавзолей Олджайту, к сожалению, сильно повреждённый (но его реставрируют), — одно из самых примечательных произведений мусульманской архитектуры. Он представляет собой массивное восьмигранное строение из кирпича со слегка наклонными стенами толщиной 7 м, окружающими зал 26 м в диаметре, который накрыт куполом, поднимающимся на 52 м. В его фасаде, строгом и подчёркнуто ритмизованном, проделано четыре монументальных двери, и над ним возвышалось несколько стройных минаретов, от которых сохранились только основания. Все архитектурные и декоративные элементы из штука и глазурованного кирпича, видимо, когда-то роскошные, встречаются и в других местах. Однако постройка выглядит очень новой, и смелость, мощь, устремлённость вверх вызывают здесь ассоциации с готическим искусством.
Расцвет строительства Великих мечетей произошёл не раньше XIV в. Одна из старейших — в Тебризе (1310), которая ныне почти исчезла, имевшая всего один большой
