В этот раз царь, видя подписи лично ему известных духовных особ, отдал прямое распоряжение голове московских стрельцов Осипу Васильевичу Костяеву: отправиться в Коломну со следствием, называвшимся тогда «повальным обыском», и опросить всех подписавшихся поименно. Было приказано также расспрашивать всех посадских людей, претерпевших от солдат обиды и поношения, выяснить, какие кому чинились обиды; какие товары были пограблены; кого водили в подклет и там мучили; кого ограбили и убили на улицах и про прочие бесчинства. Велено было все это описать и за подписями духовных особ и «людей обысканных», а также его, Костяева, подписью и печатью в Москву к государю доставить, а копию обыскных листов передать в Иноземный приказ, боярину Илье Даниловичу Милославскому и его дьякам.
Как разрешилось дело, что сталось с виновниками несчастий коломичей майором Цеем, его офицерами и солдатами, не известно; никаких следов на этот счет не сохранилось, а предполагать можно все, что угодно. Но, судя по тому, что лет тридцать спустя после этих событий, уже в конце XVII века, всеми иноземными частями, воевавшими в Малороссии, командовал сынок лихого майора, Андрей Андреевич Цей, карьера его батюшки из-за «коломенских шалостей» не прервалась.
Приключившаяся в Коломне история вовсе не была исключением — столкновения со служилыми иностранцами происходили повсеместно, а так как молодой государь Алексей Михайлович звал на службу все новых и новых иноземцев, неизбежно возникало недовольство среди подданных, на настроения которых кроме всего прочего оказывала влияние церковь. После того как в 1652 году патриарший престол занял новгородский митрополит Никон, ратовавший за чистоту православия, он настоял на выселении иноверцев за пределы городской черты. Прислушивавшийся к мнению патриарха царь издал указ, по которому: «Афанасий Иванов и Богдан Арефьев строили Новую Иноземную слободу за Покровскими воротами, за земляным городом подле Яузы-реки, где были впредь всего немецкие дворы при прежних великих государях».
Ново-Немецкая слобода возникла как совершенно обособленная колония, подведомственная сразу нескольким учреждениям Русского царства — Земскому, Пушкарскому и Иноземному приказам. В сущности, с места, где была раньше — вблизи ручья Кукуя, — слобода не сдвинулась, но изменилось ее качество — если прежде там жили главным образом этнические немцы, выходцы из Прибалтики, то теперь туда переселились и остальные московские европейцы, которых русские всех скопом называли «немцами», производя эту кличку от слова «немые» или «немтыри» — не умеющие говорить «по-человечески», не знающие русского языка вовсе или плохо на нем говорящие. Там иностранцам разрешали жить своим мирком, даже строить собственные храмы и молитвенные дома; при переходе в русское подданство, однако, иноземцы обязаны были принять крещение по православному обряду.
По исповеданию московские «немцы» в большинстве своем принадлежали к протестантам, однако и среди них были последователи разных течений; поэтому на берегах Кукуя во второй половине XVII столетия появились две лютеранские кирхи — «старая», в которой пастором был Иоганн Яко-би, и «новая», пастора Валтасара Фадемрехта, где молились главным образом выходцы из разных германских государств, а также реформатская кирха пастора Кравинкеля, к которому приходили кальвинисты, в основном голландцы, английские пуритане и французы-гугеноты, как называли эту ветвь протестантизма в разных странах. Единые в общей ненависти к католикам, прихожане протестантских храмов расходились во взаимной вражде, и это было вовсе не шуточное противоречие. Лютеране говорили, что «лучше католик, чем кальвинист»; лютеранские кирхи не имели никаких официальных сношений с реформатским храмом. Католики, жившие в слободе, так и вовсе не имели своего храма — ближайший костел был где-нибудь в Литве или на польских землях. Это, а равно и отношение к католикам в Московии, часто становилось препятствием для тех, кто желал бы приехать на службу к русскому царю. Впрочем, католики, так или иначе добравшиеся до Москвы, изыскивали нелегальные способы исправления своих духовных потребностей — с купеческими караванами в Москву тайно прибывали католические священники, большей частью принадлежавшие к ордену иезуитов, которые, соблюдая приличествующую конспирацию, отправляли все необходимые требы в частных домах.