Сначала зимой 1499 года были взяты под стражу князь Семен Иванович Ряполовский и его тесть Иван Юрьевич Патрикеев с двумя сыновьями, обвинявшиеся в заговоре против великой княгини. Князя Ряполовского обезглавили на льду Москвы-реки 5 февраля того же года, а его сродников Патрикеевых понудили принять монашеский постриг. Тогда же из-под стражи был освобожден князь Василий Иванович, а Софья Фоминична вернулась к супругу. Придворная партия и круг «жидовствующих» с каждым днем теряли людей и влияние, а увенчалось это полным разгромом противников «гречанки»: 11 апреля 1502 года вышло распоряжение великого князя не поминать князя Дмитрия в ектиньях; его и княгиню Елену Стефановну взяли под стражу. Спустя три дня — 14 апреля — регалии великого княжения были торжественно возложены на князя Василия Ивановича.
После столь значительных политических изменений в расстановке политических сил высшая власть, словно прозрев, обрушилась на еретиков со всей возможной силой и жестокостью. Теперь инициатором их преследования выступал сам великий князь Иван. По его настойчивому желанию в 1504 году был созван «собор на жидовствующих», но сам князь от участия в его работе уклонился, препоручив ведущую роль объявленному наследником великому князю Василию Ивановичу.
Постановлением собора, как уличенные в лютой ереси, были приговорены к сожжению в срубах дьяк Иван-Волк Курицын, Иван Максимов и Дмитрий Пустоселов. Еще одного еретика — Некраса Рукавова — по урезании языка отправили в Новгород и уже там сожгли вместе с юрьевским архимандритом Кассианом, его братом Иваном Самочерновым, Никитой Рукавовым и некоторыми другими. Часть новгородских «жидовствующих» успела скрыться в Литве, где в 1503 году, готовясь к очередной войне с Московским княжеством, сильно нуждавшийся в деньгах Александр Яггелон отменил свой указ об изгнании евреев, изданный за семь лет до этого. Евреям разрешили вернуться и жить во владениях князя, где пожелают, открывать синагоги, иметь свои кладбища. За эти милости иудеи должны были платить большой налог и, кроме того, содержать на свой счет отряд из тысячи всадников. Бежавшие в Литву «жидовствующие», формально приняв иудаизм, стали членами литовской общины, утратив в словосочетании «русские евреи» прилагательное «русские», став просто евреями, или, как их называли теперь, «литваками».
Годом позже после казней «жидовствующих» в Москве и Новгороде в своей темнице от тяжкой болезни скончалась покровительствовавшая еретикам великая княгиня Елена Стефановна Волшанка. Ее сын Дмитрий Иванович, которого постоянно держали под контролем, после смерти деда, князя Ивана, наследовавший княжеский венец Василий Иванович приказал заточить в темницу, где и держал его до самой смерти, последовавшей 14 февраля 1509 года.
Борьба с ересью «жидовствующих» кардинально изменила отношение православных к евреям. Если прежние правители никогда не были антисемитами, то наследовавший престол внук великого князя Ивана, первый русский царь Иван Васильевич по прозвищу Грозный, проявил себя как отчаянный юдофоб. Он запретил евреям въезд в свои владения и строго следил за исполнением этого правила. Когда в 1550 году польский король Сигизмунд-Август попытался вступиться за диаспору, прося разрешения евреям привозить товары и вести коммерческие дела в русских городах, напомнив о том, что отец и дед Грозного разрешали купцам-иудеям вести дела, так же как и мусульманам и христианам, московский царь ответил ему резко. Он тоже привел пример из недавней истории: «Жиды людей от христианства отводили (намек на проповедь “жидовствующих”) и отравныя зелья в наше государство привозили (память о неудаче “мистро Леона” при лечении великого князя Ивана Молодого). И ты бы, брат наш, вперед о жидах нам не писал!»
Имея перед глазами образец Московского Кремля, возведенного отцом, великий князь Василий III пожелал возвести цепь аналогичных твердынь на границах Московского княжества. Этот тип крепостей характерен для Ломбардии, столицей которой является славный град Милан, откуда на службу русским князьям приехало немало мастеров и разного рода умельцев. В 1508 году были начаты работы в Нижнем Новгороде, где под руководством архитектора Пьетро Франческо к 1515 году была возведена мощная крепость с тринадцатью боевыми башнями. В 1521 году было закончено строительство кремля в Туле, а четырьмя годами позже начались работы в Коломне. Как предполагают, строительством коломенской крепости распоряжалась команда итальянских мастеров, которыми руководил опытный зодчий Алевиз Фрязин, которого звали Алевиз Новый, так как до его приезда в Москве работал миланский архитектор Алевиз де Каризано, прибывший сюда еще в 1494 году.
