Не меньшие беды ожидали летчиков-бамовцев и в 1940 году. На Байкале погиб самолет, которым управлял Евгений Павлович Ефимов. Вместе с пилотом погибли ученый-мерзлотовед ЛИИЖТ И. И. Орябинский и жена начальника авиабазы Каплан с ребенком. Захоронены в Нижнеангарске. 25 октября 1940 года в районе Иркутска погиб инженер-рекогносцировщик Матвей Борисович Хейн-Хейфец. И еще одна катастрофа была в этом году, но уже на восточном участке, у Тынды. При взлете с косы реки Гилюй в 12 километрах от Тынды разбился самолет с пилотом Василием Михайловым, бортмехаником И. А. Ермолаевым и начальником гидропорта Нюкжа Наумовым. Комсомольцы Тынды из группы «Поиск» при Бюро ЦК ВЛКСМ разыскали могилу погибших и взяли ее под свою охрану.
В 1940 году в связи с досъемкой горного массива, лежащего между Байкалом и долиной реки Муикан, а также и всей территории между Байкалом и Тындой встал вопрос, а затем и выявилась возможность начать аэрогеодезические работы на самой западной части магистрали — от Тайшета до Байкала. После многолетних наземных изыскательских работ на участке Тайшет — Усть-Кут к этому времени было уже закончено составление технического проекта, а на участке Усть-Кут — Нижнеангарск — проектного задания. Аэрогеодезические работы были предприняты здесь с целью проверки качества выполненных проектно-изыскательских работ на протяжении 1100 километров.
От Тайшета до Ключевской работы выполнялись Ангарской экспедицией в 1940–1941 годах, от Ключевской до Нижнеангарска в 1940-м — Ирканской экспедицией. Начальником Ангарской экспедиции, размещавшейся в Братске, был И. Д. Корсаков, главным инженером А. А. Давыдов. Съемку производили пилоты Э. Г. Гептнер, К. М. Кудряшов, штурманы Д. Д. Авдеев, В. Н. Дзюбенко и М. П. Чугункин. В результате были составлены жарты крупного масштаба.
В 1939 году наземные Норская и Селемджинская экспедиции БАМпроекта производили окончательные изыскания на участке Зея — Нора — Усть-Ниман. Для повышения качества этих изысканий и ускорения их в 1939 году на место работ была послана Зейская летно-съемочная партия, которая выполнила аэрофотосъемку трассы БАМа к востоку от Тынды до реки Норы и в районе пересечения трассой магистрали рек Зеи, Норы, Селемджи, Бурей и составила карты. Аэросъемочные работы на этом участке были продолжены в 1940 году Ирканской экспедицией. Начальником Зейской партии и штурманом-аэрофотосъемщиком был П. С. Станкевич.
В августе 1942 года 32 летчика, штурмана, оператора авиаотряда подали заявления с просьбой послать их на фронт. Их желание было удовлетворено. Все они храбро сражались на фронтах. Г. А. Иванов, П. С. Станкевич, Э. Г. Гептнер, В. И. Дончук, А. П. Дворников, К. И. Стуйте, Д. С. Жигалов, В. Н. Дзюбенко и Г. С. Голембиовский погибли в боях за Родину. Э. Г. Гептнеру, В. И. Дончуку, М. М. Кириллову, К. М. Кудряшову, Ф. С. Румянцеву, В. В. Софронову и И. Г. Шеманову было присвоено высокое звание Героя Советского Союза. Герой Советского Союза В. А. Борисов пришел на БАМ в 1946 году. Пилот С. А. Ульяновский во время войны стал генерал-майором, командиром 15-й гвардейской Гомельской авиационной дивизии дальней авиации. Герои Советского Союза М. М. Кириллов и Ф. С. Румянцев участвовали в боях за освобождение Югославии и награждены югославскими орденами. Ф С. Румянцев после войны в течение нескольких лет был военно-воздушным атташе СССР в ряде стран, в частности в Канаде. Многие радисты БАМа принимали участие в партизанском движении.
После Великой Отечественной войны БАМ продолжал строиться; продолжали нести свою вахту в небе на необходимых участках магистрали и летчики авиаотряда БАМа. В связи с тем, что в титул «Байкало-Амурская магистраль» потребовалось внести еще некоторые доработки для решения ряда принципиальных вопросов, на головном участке Тайшет — Усть-Кут в 1946–1948 годах одновременно со строительством железной дороги были произведены изыскания с обследованием ряда вариантов, с широким освещением перевала Чуна — Ангара крупномасштабной аэрофотосъемкой.
Организованная в 1947–1948 годах аэросъемочная Лено-Витимская экспедиция уточняла трассу. В числе соединительных линий БАМа с существующей железной дорогой проектировалась линия Чита — Верхнеангарск в необжитом горно-таежном районе, где некоторые участки оказались непроходимыми даже для. вьючного транспорта. Начальником Читинской экспедиции был Г. Н. Шелепугин, летчиками и аэрофотосъемщиками — B. Т. Ганзумов, Г. М. Бережной и Д. Д. Авдеев, C. С. Титов.
