А железную дорогу в основном строили заключенные и ссыльные. Вот свидетельство исследователя истории каторги в Сибири. Еще в 1894 году на строительство Сибирской железной дороги из Александровского централа было послано сначала 100 человек, затем еще 421 человек, которые забивали сваи, расчищали трассу. К. этому следует прибавить еще 400 заключенных, работавших на Николаевском железоделательном заводе, где они были заняты на изготовлении рельсов. «Летом 1907 года из Александровского централа были отправлены две партии заключенных на строительство Амурской железной дороги. Эта железная дорога, которую строили исключительно каторжане, была полита кровью и потом десятков тысяч людей. В первую очередь из тюрьмы были отправлены политические заключенные, осужденные пожизненно или на длительный срок… Летом 1907 года на строительстве Средне-Сибирской ж. д. было занято 500 заключенных. За все они заработали 12 023 руб., а на питание, одежду и другие расходы заключенных было истрачено только 6647 руб. Остальные деньги пошли в доход казны и на другие тюремные расходы».
В разгар строительства Сибирской магистрали ее в какой-то мере коснулись события 1905 года, которые прогремели и в Сибири, и даже на Дальнем Востоке. В ноябре 1905 года в Чите возникла Читинская республика. Совет республики наладил выпуск газеты «Забайкальский рабочий», издающейся по сие время, осуществил на деле свободу слова, собраний. Были освобождены политические заключенные, а специальный отряд под руководством В. Н. Курнатовского с оружием в руках освободил из Акатуйской каторжной тюрьмы матросов Черноморского флота — участников восстания на военном транспорте «Прут».
И все-таки, несмотря на трудности, хищническую эксплуатацию, несмотря на применение в основном ручного труда и отсутствие механизации, величайшая в мире железная дорога была построена в очень короткие сроки. В. И. Ленин писал по этому поводу: «…«Великая Сибирская дорога» (великая не только по своей длине, но и по безмерному грабежу строителями казенных денег, по безмерной эксплуатации строивших ее рабочих) открывала Сибирь…»
В ходе проектирования и строительства Великой Сибирской магистрали возник и еще один вопрос, который получает свое разрешение только в наше время, — вопрос о сооружении железной дороги к северу от озера Байкал с самостоятельным выходом к Тихому океану севернее Владивостока. Возник северный вариант транссибирской трассы.
Начало этого вопроса связано с обсуждением направления восточной части Сибирской магистрали. Кроме южного направления, выдвигалось северное направление. К 1887 году относится принятие решения о строительстве Великой Сибирской магистрали. Тогда же были организованы три экспедиции по изысканию железнодорожного пути: среднесибирская, забайкальская и южноуссурийская. Тогда же и началась дискуссия о направлениях. В этом году генерал-майор А. П. Проценко предложил производить постройку пути по кратчайшему (с точки зрения геодезии) направлению: Красноярск, Братский острог — северная оконечность Байкала — далее по реке Верхняя Ангара — через реку Витим — по рекам Зее и Бурее к Амуру в район Хабаровска, а оттуда к Владивостоку.
Прочитавший записку А. П. Проценко начальник Томско-Иркутской экспедиции Н. П. Меженинов, поддерживая северный вариант дороги, «доказывал не только то, что она будет на 550 верст короче, но и то, что она сравнительно с линией по южному направлению пойдет по местности более удобной, пересечет меньшее число хребтов, при лучших технических условиях и при меньшем количестве земляных работ». Шесть партий Н. П. Меженинова, закончив изыскания по южному направлению, выехали в Петербург, где занялись составлением проекта, а изыскательские работы от северной оконечности Байкала до Амура министерством путей сообщения по ходатайству генерал-губернаторов А. Н. Корфа и Н. П. Игнатьева были поручены инженеру путей сообщения Прохаско.
В это же время полковник генерального штаба Н. А. Волошинов провел с 16 июля по 24 сентября 1889 года глазомерную съемку и барометрическое нивелирование по маршрутам Ангара — Лена и между Ангарой и долиной реки Муи на расстоянии около 1200 верст. А инженер Прохаско вел обследование маршрута между рекой Муей и рекой Черный Урюм. Судьба подлинных материалов Волошинова не выяснена, но результаты проведенной «железнодорожной разведки», основные полученные выводы приведены в цитированном выше его докладе на заседании Восточно-Сибирского отдела ИРГО 19 октября 1889 года. Маршрут Волошинова проходил от Ангары через Усть-Кут до Нижнеангарска, а затем Кумора-Делакоры — Яксай, Катеро-Янчуйский перевал через Северо-Муйский хребет в долину реки Муя.
