В 1099 году братство иоаннитов было преобразовано в орден, первым начальником которого стал Жерар де Торн. 15 февраля 1113 года римский папа Пасхалий II официально признал орден госпитальеров – «Орден всадников госпиталя святого Иоанна Иерусалимского».
Сначала члены ордена ухаживали за больными и ранеными, а с первой половины XII века начали участвовать в войнах с мусульманскими государствами – Ливаном, Сирией, Палестиной и охранять паломников, прибывавших в Палестину двумя путями – по суше через Малую Азию и Византию или по Средиземному морю. Братство стало принимать в свои члены рыцарей, обязывая их защищать паломников в пути. В 1136 году граф Раймунд Триполийский поручил иоаннитским рыцарям оборону крепости Бетгемлин, прикрывавшей подступы к портовому городу Асколон на юге Палестины. Рыцари успешно выдержали испытание и граф Раймунд передал иоаннитам еще несколько своих крепостей.
Уже через несколько лет в ордене иоаннитов было около полутысячи членов, которые успешно обороняли только в Леванте более пятидесяти крепостей, в которых рыцари, как правило, всегда строили вторую линию укреплений.
Во многих приморских городах Востока, Византии и Западной Европы иоанниты открыли странноприимные дома – госпитали. Иоаннитские крепости располагались почти на всех дорогах паломников, в Акре, Сайде, Тортозе, Антиохии – от Эдессы до Синая. Главными крепостями иоаннитов стали Крак де Шевалье и Маргат.
Крепость Крак де Шевалье, находившаяся на склоне Ливанских гор, имела построенные рыцарями мощные двойные стены с высокими башнями и рвом, пробитым в скалах. Внутреннее пространство крепости площадью около трех гектаров имело жилые здания, казармы, палату великого магистра, амбары для зерна, мельницу, пекарню, маслобойню, конюшни. В крепость был проложен акведук, по которому постоянно поступала питьевая вода, достаточная для двухтысячного гарнизона.
Крепость Маргат располагалась к югу от Антиохии, в тридцати пяти километрах от моря, и была построена из скального базальта с двойными стенами и большими башнями. Внутри крепости находилось большое подземное водохранилище, а запасы крепости позволяли тысячному гарнизону выдержать пятилетнюю осаду.
Паломники из Европы обеспечивались лечением, жильем и едой, судами и охраной для путешествия к Святым местам, иоанниты хоронили умерших и помогали освобождать крестоносцев из плена. Одной из главных задач иоаннитов была также оборона государств крестоносцев, образованных на Востоке.
В 1120 году римский папа Каллист II утвердил «правила ордена иоаннитов», составленные первым магистром ордена Раймондом де Пюи. В герб, печать и знамя ордена было включено изображение белого восьмиконечного креста на красном поле, символизировавшие целомудрие членов ордена и восемь добродетелей, ожидавших праведников в раю. На знамени – штандарте ордена, утвержденном в 1130 году римским папой Иннокентием II, был вышит белый восьмиконечный крест на красном фоне. На орденской печати был изображен лежащий больной с крестом в изголовье и со свечой в ногах. Черная суконная одежда иоаннитов была сделана по примеру одежды Иоанна Крестителя, сделанной из верблюжьей шерсти, узкие рукава которой символизировали отречение от светской жизни, а полотняный белый восьмиконечный крест на груди символизировал их целомудрие. Четыре направления креста говорили о главных христианских добродетелях – благоразумии, справедливости, силе духа и воздержании, а восемь концов означали восемь благ, которые были обещаны Христом всем праведникам в раю в Нагорной проповеди. «Правила Ордена святого Иоанна Иерусалимского» через тысячелетие дошли до нашего времени:
«Каждый брат за веру Христианскую да стоит твердо; да придерживается всегда справедливости; обиженным да помогает; угнетенных да защищает и освобождает; язычников, неверных да гонит по примеру Маккавеев, которые гнали врагов народа Божия; да прилежит всем христианским добродетелям; да печется о вдовах и сиротах.
Нарушители сего правила да подвергаются временному и вечному наказанию».
Военно-духовный орден иоаннитов был полностью независимым от какой-либо власти и поэтому стал называться державным и обладал светскими правами, мог обмениваться послами и заключать договоры с другими государствами.