В отношении чехов, добавил Гейдрих, было бы мудро проявить определенный такт теперь, когда им продемонстрировали сильную руку СС. «Лично я, например, — говорил он, — буду поддерживать приятные общественные отношения с этими чехами, но буду осторожен, чтобы не переступить определенный барьер». Он завершил свою речь осторожной ссылкой на «окончательное решение», предупредив своих слушателей о секретности; он сказал, что ему понадобится полный расовый портрет чешского народа, полученный под различными предлогами список всего населения:
«С людьми хорошей расы, имеющими добрые намерения, все ясно — они будут германизированы. От других — людей низшего расового происхождения, настроенных враждебно, — я должен буду избавиться. На Востоке для них есть масса места… За короткое время, которое я здесь пробуду, я смогу положить много камней в основу процветания нации».
Гейдрих менее чем через неделю после своего назначения уже говорил как признанный нацистский лидер. Хотя идеи, которые он провозглашал, были достаточно знакомы из мифологии Гиммлера, Гейдрих теперь говорил от первого лица. В конце сообщения, которое он 27 сентября передал по телетайпу в штаб-квартиру Гитлера в России, чтобы известить о своем приезде в Прагу, Гейдрих ясно дал понять, что «все его политические отчеты и письма будет передавать рейхсфюрер Борман». Больше не было речи о том, что он будет общаться с фюрером через Гиммлера; по словам Шелленберга, которого Гейдрих пригласил отпраздновать свое новое назначение за бутылкой шампанского, Борман сказал Гейдриху, что в запасе у фюрера есть для него еще более высокий пост, который он займет в случае успешных действий в Чехословакии. Поэтому Гейдрих полагал, что не надолго задержится в Чехословакии, о чем и сказал на секретной конференции в Праге. В конце концов, он все еще был главой РСХА и не собирался прерывать связи с Берлином. Чтобы везти его в Германию и обратно, всегда был наготове самолет, но жену и детей он перевез в Прагу и поселил в прекрасном и роскошном поместье, предназначенном для протектора, в двадцати милях от столицы. В качестве поощрения за хорошее поведение он увеличил пайки чешских рабочих и, когда окончилась первая политическая чистка, принял роль друга Чехословакии, пытаясь в то же время повысить производительность промышленности страны на благо Германии. Несмотря на его непрерывную работу, регулярные поездки в Берлин, частые визиты к Гитлеру на Украину, он считал обязательным для себя выступать в роли покровителя искусств в Праге и субсидировал представления немецкой оперы.
Гиммлер все время поддерживал связь с Гейдрихом, и именно Гейдрих, а не Гиммлер осуществлял контроль за конференцией, организованной Эйхманом 20 января 1942 года в Ваннси, где с обычным циничным бюрократизмом обсуждались различные фазы «окончательного решения». Для 11 миллионов евреев и полукровок, проживавших, по оценкам Гейдриха, в Европе, обсуждались различные виды умерщвления перегрузками, депортация, стерилизация и уничтожение. Единственные евреи, которых временно освобождали от этих мер, были те, кто был занят на военных работах по срочному заказу министерства Геринга. Все присутствующие, как лидеры СС, так и правительственные чиновники, заверяли, что поддержат все вышеназванные акции, а Тирак, министр юстиции, официально благословил предложения и передал СС все полномочия, касающиеся еврейского вопроса. Подали коньяк, и докладчики заговорили громче и веселее. Затем Гейдрих, который, согласно показаниям, данным Эйхманом в 1961 году в Иерусалиме, созвал конференцию лишь из тщеславия и желания укрепить свою власть над судьбой евреев, уехал в Прагу, где 4 февраля провел другую секретную конференцию со своими помощниками с целью объяснить свой долгосрочный план для Чехословакии, заключавшийся в массовой депортации миллионов людей, которые не были отобраны для германизации. Под прикрытием общенациональной проверки заболеваемости туберкулезом, проводимой расовыми специалистами, были совершены первые шаги в национальном расовом исследовании.