Назначенный действующим начальником службы внешней разведки СД 22 июня 1941 года, в день вторжения в Россию, Шелленберг следующие два месяца провел за подготовкой меморандума для тайной политической службы за границей, который по окончании работы над ним произвел такое впечатление на рейхсфюрера СС, что он даже представил его руководству СС и партии в форме приказа, «действуя таким образом как пропагандист идей» Шелленберга, по собственному выражению последнего. За последующие четыре года Шелленберг очень сблизился с Гиммлером и, прикрываясь маской особого советника, старался заставить рейхсфюрера принять политику и способы действий, созревшие в его хитром уме.
Он наслаждался плодами службы в таких формах, которые могут показаться преувеличенными для секретного агента американского триллера. С нарастающим возбуждением описывает он роскошные ковры в своем кабинете, передвижной столик с телефонами, напрямую соединявшими его с Гитлером, микрофоны, спрятанные повсюду: в стенах, лампах, под столом, сигнализацию на фотоэлементах, большой письменный стол со встроенными автоматами, которые могли изрешетить комнату пулями. Одним нажатием кнопки можно было собрать охрану, окружить здание и блокировать выход; автомобиль Шелленберга был оборудован коротковолновым передатчиком, по которому он мог связаться с офисом и диктовать распоряжения своему секретарю. Даже он сам был готов к внезапной смерти: когда ему поручили миссию за рубежом, он носил искусственный зуб, в котором содержалось достаточно яда, чтобы убить его за 30 секунд.
Летом 1941 года, начиная с июля, Гиммлер довольно много времени провел на русском фронте. Он основал свой штаб в Житомире на Украине — на сто миль севернее штаба Гитлера в Виннице, известного как «Вервольф». Из Житомира Гиммлер поддерживал связь с айнзацкомандами, полицией и, хотя не так тесно, с Ваффен СС, четыре известные дивизии которых («Адольф Гитлер» — ранее «Лейбштандарт», «Рейх», «Мертвая голова» и «Викинг») блестяще сражались, пока зимние морозы не привели к серьезным потерям. Но Гиммлер был в первую очередь озабочен работой айнзацкоманд позади линии фронта; едва пленники попадали в их руки, они начинали бойню евреев, цыган и коммунистов.
Гейдрих тем временем делил свое внимание между обязанностями в Берлине и в Праге, где после короткого периода террора и карательных акций, направленных против движения Сопротивления, он расчистил путь марионеточному правительству президента Гачи, который, по его мнению, был максимально готов к сотрудничеству с Германией. Намерения Гейдриха относительно Чехословакии соответствовали политике Гиммлера в Восточной Европе: уничтожение нежелательных расовых элементов и германизация остальных чехов и их территории; такая политика была принята в 1940 году, за год до назначения Гейдриха, одобрена Гитлером и согласована с Карлом Германом Франком, эсэсовским комендантом Праги. 2 октября Гейдрих в общих чертах обрисовал свои планы на тайной конференции нацистской администрации в Праге. Богемия по праву была немецкой территорией и на ней должны были снова поселиться немцы; чехов с хорошими расовыми признаками следовало германизировать, а остальных уничтожить или стерилизовать. Гейдрих изложил долговременный расовый план для Европы, согласно которому народы германского происхождения объединялись под управлением Германии: «Совершенно очевидно, что мы должны применять абсолютно новый способ обращения с этими народами, отличный от того, какой мы применяем к другим расам: славянам и т. п. Немецкой расой надо управлять жестко, но справедливо; их следует гуманно вести по тому же пути, что и наших людей, если мы хотим навсегда сохранить их в Рейхе и слиться с ними».
В этом плане Гейдрих вторил мыслям Гиммлера. Продвигаясь на восток, говорил он, немецкая армия превратит низшие расы, которые не уничтожит, в армии рабов, которые протянутся от атлантического побережья до Уральских гор, чтобы защитить Великий Рейх от народов Азии. Восток с помощью своей рабской рабочей силы будет производить продукты питания для арийского Запада.
