Эйхман тоже с большим рвением приступил к работе. 6 марта он провел совещание с целью разрешить сложную транспортную проблему, связанную с эвакуацией евреев на восток, и обсудить проблему организованной стерилизации евреев, находящихся в смешанном браке, и их потомства. Гейдрих, вынужденный теперь дольше оставаться в Праге, оставил дела РСХА на Эйхмана и его штаб. Весной, во время визита к нему Шелленберга, Гейдрих был обеспокоен больше обычного. По его словам, Гитлер «все больше и больше полагался на Гиммлера, который… мог использовать свое влияние на Фюрера». Он, казалось, больше не хочет слышать советов Гейдриха, а Борман — Гейдрих чувствовал это — теперь завидовал ему и злился. «Конечно, между ним и Гиммлером, который тоже начинал завидовать, были разногласия». Но и Борман, и Гиммлер обижались на то, что Гитлер был готов совещаться только с Гейдрихом, и Гейдрих теперь был уверен, что Борман, его бывший сторонник, затеял против него интригу.
И при таком положении дел Гейдрих, который очень небрежно относился к собственной безопасности, покинул свой замок и поехал в аэропорт 27 мая, чуть позже 2 часов утра. У крутого поворота его уже поджидали два наемных британских агента, которых высадили с парашютами в Чехии еще в декабре, и ждали приказа об убийстве Гейдриха. У одного был автомат, у другого специальная граната. В решающий момент автомат заклинило, и второй агент швырнул гранату в автомобиль. Гейдрих, который, казалось, не пострадал, выпрыгнул из машины и бросился за своими противниками, паля из револьвера, а они пытались спрятаться от пуль за двумя остановившимися автомобилями. Внезапно Гейдрих упал; у него было внутреннее повреждение основания позвоночника в результате взрыва гранаты. Прибыла чешская полиция и спешно повезла страдавшего от страшной боли Гейдриха в больницу. Оба агента в это время скрылись, но они погибли через три недели, оказав сопротивление при аресте.
Гитлер и Гиммлер были каждый в своем штабе в Восточной Пруссии, когда Франк известил их о том, что Гейдрих тяжело ранен. По словам Вольфа, который был тогда с Гиммлером, рейхсфюрер разразился слезами, а затем поехал вместе с Вольфом к Гитлеру в Растенбург, находящийся на расстоянии 30 миль. Одержимые желанием спасти Гейдриха, они решили сразу отправить своих личных врачей на самолете в Прагу. Но никто из них не смог спасти Гейдриха от гангрены, которая у него началась от ран, и через неделю он умер, окруженный врачами. Гебхарт на «Процессе врачей» описывал следующую сцену:
«Я прилетел слишком поздно. Операцию уже проводили два ведущих пражских хирурга. Все, что я мог сделать, — это пронаблюдать за последующим лечением. В страшном волнении и нервном напряжении, которое только усиливали звонки от Гитлера и Гиммлера с просьбой об информации, делалось много предложений. Мне приказали пригласить… личного врача фюрера Морелля, который хотел вмешаться с собственными методами и лекарствами… Двое пражских врачей уже провели операцию… они первоклассно выполнили свою работу, а также назначили сульфонамид. Я думал, если что-то и подвергает пациента опасности, так это нервное напряжение вокруг него и присутствие слишком большого числа врачей. Я отказался вызвать других врачей, даже Морелля… Через 14 дней Гейдрих умер. Затем мне пришлось позаботиться о его личных делах».
Тем временем на чехов обрушилась страшная месть Гиммлера, исполнителем которой был Франк. 27 мая в городе была остановлена всякая жизнь и движение, за информацию, ведущую к аресту злоумышленников, была предложена награда в миллион крон. Были взяты заложники (это уже стало «доброй традицией» нацистов), которые воспользовались случаем, чтобы избавиться от людей, которых они считали врагами; сотни людей были убиты, тысячи арестованы. Гиммлер по телетайпу передавал Франку указания: «Поскольку интеллигенты — наши главные враги, расстреляйте сотню сегодня ночью».
6 июня состоялась первая из церемоний похорон, на которых присутствовал Гиммлер, скорбевший больше всех и взявший под личную опеку двух сыновей Гейдриха, сопровождавших его в этот день. Фрау Гейдрих, которая была беременна, осталась в своем замке. Тело под охраной перевезли на поезде в Берлин, в штаб-квартиру РСХА. 8 июня в 3 часа Гиммлер проводил Гитлера, который открыл погребальный обряд в канцлерском дворце — последнем месте, где был выставлен гроб. Гитлер возложил венок из орхидей к телу человека, который, по его словам, «был одним из величайших защитников нашего великого германского идеала… человека с железным сердцем». После этого он погладил по головкам двух мальчиков, которых Гиммлер держал за руки. Оркестр Берлинской филармонии заиграл похоронный марш Вагнера, и Гиммлер произнес длинную финальную речь о карьере Гейдриха, а затем тело унесли на кладбище Инвалидов для погребения.
