Осенью 2003 г. в Одессе начался суд при чрезвычайно драматических обстоятельствах: тяжело заболел юный Серёжа Бердюгин (в результате травм, полученных во время следствия, у него развился скоротечный рак). На первое заседание суда несчастного внесли на руках… Последние недели жизни он провёл в больнице, прикованный наручниками к кровати и с полицейским охранником у изголовья. Серёжа умер 1 ноября 2003 г. По инициативе украинских коммунистов ему были устроены грандиозные похороны, на заседании Верховной Рады была объявлена минута молчания.
Суд между тем продолжался. Судья Тополев практически не скрывал своей ангажированности. Обвинительный уклон процесса был очевиден: все протесты и ходатайства подсудимых неизменно отклонялись, заключённые были по-прежнему лишены возможности общаться с окружающим миром. Права на переписку (всего одно письмо в месяц!) им удалось добиться лишь путём длительной голодовки И. Романова и А. Смирнова. В деле И. Данилова имелось официальное медицинское заключение о травмах, полученных им в результате пыток, однако суд его нагло проигнорировал.
Первоначально суд считал лидерами группы Андрея Яковенко и Анатолия Плево. Но Плево не выдержал испытаний. Запуганный пытками и угрозами на следствии, он оговорил себя и товарищей, позже под влиянием подсылаемых к нему в камеру попов сказался (или стал) набожным и отказался от коммунистических убеждений. Возможно, некие службы напомнили ему о судьбе Бердюгина. Так или иначе, Плево единственный стал активно сотрудничать с судом и дал оговаривающие показания против остальных.
В последние дни суда Данилов и несколько его товарищей, возмущённых открыто заказным характером процесса, объявили голодовку. Это не помешало привести их, ослабевших от голода, в зал суда и… предоставить им последнее слово. Они потребовали дать им время на подготовку, но в этом было отказано. Последнее слово Данилова, состоявшее всего из нескольких фраз, было предельно смелым. «Вы судите нас сегодня, а мы будем судить вас завтра!» - гордо заявил он прислужникам буржуазии…
Приговор был жесток и несправедлив. Он ясно показывал, что суд руководствовался не столько тяжестью предполагаемых «преступлений», сколько степенью «раскаяния» и покорности «преступников». В результате Андрей Яковенко, признанный руководителем «группы», и героический Игорь Данилов получили по 14 лет лишения свободы особого режима, Олег Алексеев – 13, Богдан Зинченко – 12, Александр Герасимов – 11, Илья Романов – 10, Александр Смирнов – 8 лет. А. Плево, новообращённый христианин, публично отрёкшийся от коммунистических идеалов, несмотря на тяжесть предъявлявшихся ему обвинений получил самый небольшой срок – 6 лет, Семёнов и Польская были осуждены условно.
На протяжении всего процесса коммунисты и красная правозащита России, в том числе движение «В защиту политузников-борцов за социализм» (ВДЗП), а также Украины и Приднестровья активно поддерживали одесских политзаключённых. Зал судебных заседаний всегда был полон, и не только жителями Одессы; возле посольства Украины в Москве, представительств в других городах проводились митинги и пикеты в поддержку одесских политзаключенных.
Несмотря на тяжесть пребывания в застенках А. Яковенко, И. Данилов, А. Герасимов, И. Романов, А. Смирнов, находясь уже в местах отбытия наказания, продолжали борьбу с несправедливостью, против буржуазных властей. Их материалы, публиковавшиеся в коммунистической и правозащитной печати, поражают своей смелостью. Илья Романов не побоялся даже – с риском для собственного здоровья, а, может быть, и жизни - выступить с открытым разоблачением конкретных незаконных махинаций «своей» тюремной администрации, что привело к смене зарвавшихся начальников, хотя и стоило ему длительного содержания в штрафном изоляторе. Несколько позднее письма и статьи стал присылать и О. Алексеев, раскаявшийся в своей слабости и прощённый товарищами.
По прошествии шести лет, в конце 2008 года, на свободу вышел А. Плево. Предавший единожды, он подтвердил свои «признательные» показания, в том числе и по якобы имевшему место московскому эпизоду, в котором якобы участвовали некоторые фигуранты Одесского дела. Весной 2009 года стало известно, что готовится новый процесс – в Москве в связи с показанием Плево о якобы имевшем там место случае экспроприации. Этот вопрос поднимался и раньше. В 2003 году из Москвы в Одессу приезжала следственная группа, чтобы допросить ряд «одесских» товарищей (причём дело тоже не обошлось без избиений) в связи с открытым в Москве уголовным делом. По-видимому еще тогда спецслужбы России и Украины в этом вопросе работали в контакте… По закону, «московский эпизод» должен был рассматриваться именно как один из эпизодов в ходе суда в Одессе, тогда бы он (даже если бы посчитался доказанным) не мог значительно повлиять на определённые приговором сроки. Теперь же он превратился в отдельное дело, рассматривавшееся уже в Москве в 2009-2010 гг. В результате Данилов получил по «московскому делу» 13 лет заключения, Смирнов – 9 лет, Плево, единственный давший признательные и оговаривающие показания и единственный же подтвердивший свое участие в этом эпизоде, получил условный срок… Комментарии, по-видимому, излишни.