Когда к власти в Саксонии пришли кальвинисты, Ноланцу пришлось покинуть Виттенберг. В прощальной речи 8 марта 1588 г. он вновь подтвердил свою верность принципам новой философии. Прибыв осенью того же года в Прагу, Бруно опубликовал там «Сто шестьдесят тезисов против математиков и философов нашего времени», в которых намечался переход к новому этапу ноланской философии, связанному с усилением математических интересов и разработкой атомистического учения.
В январе 1589 г. Бруно начал преподавать в Гельмштедтском университете. Старый герцог Юлий Брауншвейгский, враг церковников и богословов, покровительствовал Ноланцу. После смерти герцога (памяти которого философ посвятил «Утешительную речь») Бруно был отлучен от церкви местной лютеранской консисторией. Положение его в Гельмштедте стало крайне неустойчивым. Постоянных заработков не было. Приходилось кормиться частными уроками и врачеванием. Денег не хватало даже на то, чтобы нанять возницу для отъезда из города.
Но впервые за многие годы Ноланец был не одинок. Рядом с ним Иероним Бесслер — ученик, секретарь, слуга, верный друг и помощник. Он сопровождал учителя в трудных странствиях по дорогам Германии, пытаясь оградить его от мелочных забот, а главное — переписывал его сочинения. В эти последние годы на воле, как бы предчувствуя близкую катастрофу, Бруно работал особенно много и напряженно. Он готовил новые философские труды, которые должны были возвестить «философию рассвета» европейскому ученому миру. К осени 1590 г. философская трилогия была завершена.
Бруно спешил во Франкфурт. Тамошние издатели Вехель и Фишер взялись печатать его сочинения; они должны были содержать автора и предоставлять ему жилье на время подготовки издания — это была единственная форма гонорара. Ноланец целые дни проводил в типографии, он был и корректором, и гравером, сам резал медные доски для изображений и чертежей. Сохранился (в составе «Московского кодекса») автограф Бруно этого времени — черновик прошения, поданного во франкфуртский сенат. Семь строчек, обычная деловая бумага. Написанный в спешке черновик передает то состояние нервной напряженности, в котором находился Бруно. Перечеркнутые слова, переписанные фразы; можно разобрать лишь отдельные выражения: «Джордано… настоятельно просит… на несколько недель… в доме печатника Вехеля… для напечатания неких трактатов… по каковой причине… признает себя много обязанным». Это похоже на найденную в бутылке полуистлевшую записку потерпевшего кораблекрушение… Отцы города отказали, и здесь сыграла свою роль репутация человека «без всякой религии».
Пришлось переехать в Цюрих, пользуясь гостеприимством учеников — Иоганна Генриха Гайнцеля и Рафаэля Эглина. Италия, Швейцария, Франция, Англия, снова Франция, Германия, снова Швейцария — круг замкнулся. И пока во Франкфурте в отсутствие автора выходят из-под печатного станка поэмы «О монаде, числе и фигуре», «О безмерном и неисчислимых», «О тройном наименьшем и мере», у Бруно летом 1591 г. созревает план возвращения в Италию.
«Поразительно! Поразительно!» — писал немецкий гуманист Ацидалий, услышав о возвращении Ноланца на родину, «откуда он некогда, как сам признавался, спасался бегством» (15, стр. XX). Не менее загадочным казался этот поступок и позднейшим исследователям. Возвращение Бруно в Италию объясняли и тоской по родине, и кознями инквизиции, и намерением покаяться и добиться прощения от папы, и планами религиозной реформы.
В действительности поступок Ноланца отнюдь не был жестом отчаянного безрассудства. Политическая обстановка в Европе менялась. Благодаря победам Генриха Наваррского усиливались позиции тех кругов, которые выступали за прекращение религиозных войн, за веротерпимость, против фанатизма католиков и кальвинистов. Положение Венеции, правители которой вели независимую от папства внешнюю и внутреннюю политику, казалось, гарантировало безопасность от римской инквизиции.
В это время Бруно через книгопродавца Чотто получил приглашение от венецианского аристократа Джованни Мочениго, просившего обучить его искусству памяти и иным наукам. Но главной целью Бруно была не сама Венеция, а расположенный в Венецианской области знаменитый Падуанский университет — один из последних очагов итальянского свободомыслия. Там уже в течение ряда лет пустовала кафедра математики. В Падуе с лета 1591 г. находился, возможно поехавший туда по поручению Бруно, Иероним Бесслер, избранный там председателем германского студенческого землячества. Бруно направился в Падую, где некоторое время частным образом преподавал в небольшом кружке немецких студентов. К этому времени относится и большинство сохранившихся рукописей сочинений Бруно (несколько его черновиков и копии, сделанные Бесслером); в эти годы он работал над проблемами так называемой естественной магии. Недавно были обнаружены записи, связанные с падуанскими лекциями Бруно; они посвящены математическим и философским вопросам.