Повышенная сложность решения стоявших в повестке дня вопросов вызывалась тем, что Троцкий, бывший в тот период председателем Реввоенсовета Республики, всячески препятствовал не только прямому подчинению Особого отдела Всероссийской чрезвычайной комиссии, но даже совместному решению ими некоторых конкретных частных вопросов.
В выработке и реализации правильной, подлинно большевистской линии в этом и без того не простом, но внезапно усложнившемся деле большую помощь М.С. Кедрову оказывали постоянное общение с Ф.Э. Дзержинским, его советы и поддержка.
— Прежде всего, — говорил Феликс Эдмундович, — военная контрразведка Красной Армии предназначена для защиты революции, диктатуры пролетариата, ее детища — первой в мире подлинно народной вооруженной организации пролетарского государства. Военные контрразведки буржуазных армий представляют собой наиболее реакционное звено этих армий и государств, стоят на защите враждебной народу вооруженной силы господствующего класса.
Военная контрразведка Красной Армии призвана вести борьбу со всеми формами подрывной деятельности классового противника, прежде всего буржуазно-помещичьей контрреволюции и ее агентуры, направленной против красных войск, причем проводимой тайно и от этого являющейся особо опасной. А поскольку замаскированные контрреволюционные элементы и тайные шпионы, проникшие в армию, как правило, связаны в своей подрывной работе с тайными контрреволюционными организациями и заговорщиками, орудующими среди населения, то отсюда вытекает, что военная контрразведка Красной Армии может успешно решать свои задачи только в тесной связи с органом защиты диктатуры пролетариата, каким является ВЧК. Создаваемая нами военная контрразведка будет коренным образом отличаться от органов военной контрразведки любой буржуазной армии, которые выполняют задачи подавления в армейских условиях прогрессивных, революционных, демократических элементов и сочувствующих им народных масс, одетых в солдатские шинели. Это особенно ярко продемонстрировали в последние месяцы контрразведывательные службы оккупационных войск бывшей кайзеровской армии.
Мы должны создать такую военную контрразведку, — подчеркивал Дзержинский, — которая бы помогала большевистской партии, командованию, политическим органам в создании сильной кадровой армии, в укреплении ее звеньев, в решении поставленной Владимиром Ильичей задачи иметь Красную Армию в три миллиона человек. Партия потому и осудила как в корне неверные рассуждения статьи Лациса в «Известиях» о том, что якобы ВЧК через особые отделы должна осуществлять надзор за армией. Такое толкование роли военной контрразведки в рабоче-крестьянской армии ошибочно. Оно ведет к противопоставлению одного органа власти пролетарской диктатуры другому. Военная контрразведка должна оказывать в пределах своих полномочий практическую помощь командованию, а не стоять над ним.
М.С. Кедров полностью разделял эти соображения.
— Я согласен с вами, Феликс Эдмундович, — говорил он Дзержинскому. — Хотел бы добавить, что наша военная контрразведка должна действовать рука об руку с военными комиссарами и политическими работниками, с партийными организациями в армии в работе по воспитанию красноармейских масс в духе классовой сознательности, преданности пролетарскому Отечеству, бдительности к проискам контрреволюции.
3 января 1919 года начальник Особого отдела республики М.С. Кедров подписал приказ № 1 об организации и задачах особых отделов. Он был адресован начальникам отделов Военного контроля и военкомам округов, председателям реввоенсоветов фронтов, фронтовым и армейским ЧК, губчека и губвоенкомам. Приказ определял основные задачи особых отделов: «Фронтовые и армейские отделы предназначаются для борьбы с контрреволюцией и шпионажем в частях и учреждениях, действующих на фронте. Окружные и губернские для той же работы — в тылу». Приказом предписывалось немедленно приступить как на фронте, так и в военных округах, в губерниях к слиянию отделов Военконтроля, фронтовых и армейских ЧК и военных отделов местных ЧК и организации на их основе особых отделов фронтов и армий, военных округов и губерний. При организации особых отделов рекомендовалось использовать лучшие силы коммунистов и сотрудников военных ЧК и Военного контроля.
