В своих дискуссиях с членами Реввоенсовета Республики но принципиальным вопросам создания военной контрразведки М.С. Кедров исходил из того, что идею образования этих органов на основе объединения армейских чрезвычайных комиссий и Военного контроля полностью одобрил Ф.Э. Дзержинский. Феликс Эдмундович считал при этом, что необходимо установить двойное подчинение военной контрразведки: по линии Реввоенсовета Республики (соответственно реввоенсоветов фронтов и армии) и Всероссийской чрезвычайной комиссии.
13 декабря 1918 года в Серпухове, где в тот период находилась ставка Главкома, состоялось заседание Реввоенсовета Республики, созванное, как сообщалось, «для окончательного рассмотрения вопроса о военной контрразведке РВСР», на которое был приглашен М.С. Кедров.
К заседанию был подготовлен работниками Военного контроля и РВСР еще один проект положения о военной контрразведке. В нем намечалось: органы Военного контроля переименовать в особые отделы; Военный отдел ВЧК, фронтовые, армейские и пограничные ЧК должны были слиться с органами Военного контроля; общее руководство контрразведкой предполагалось возложить на члена РВСР, входящего постоянным членом с правом решающего голоса в коллегию ВЧК; непосредственное руководство всеми сухопутными и морскими особыми отделами предполагалось сосредоточить в управлении особого отдела при РВСР.
Проект являлся не просто отражением продолжавшейся борьбы мнений о подчиненности органов военной контрразведки, он свидетельствовал о стремлении некоторых его составителей не допустить организационной связи военной контрразведки с ВЧК.
Центральный Комитет РКП (б) пристально следил за ходом работы, связанной с рождением военной контрразведки. 19 декабря 1918 года вопрос о создании военной контрразведки в Красной Армии рассматривался на заседании Бюро ЦК РКП (б) под председательством В.И. Ленина. В протоколе этого заседания было записано: «Слушали: 2. Военный контроль. Постановили: 2. По вопросу об объединении деятельности ВЧК и Военного контроля решено согласиться с положением, выработанным при Реввоенсовете. Заведующим Военным контролем назначить т. Кедрова, если не встретится возражений со стороны Реввоенсовета…»
Это постановление положило конец трудным поискам организационной формы, места и роли советской военной контрразведки, ибо Центральный Комитет Коммунистической партии фактически закрепил принципиальное положение о том, что военная контрразведка Красной Армии — это прежде всего боевой орган диктатуры пролетариата в системе его военной организации, призванный во взаимодействии с ВЧК обеспечить государственную безопасность вооруженных сил Страны Советов.
Для Кедрова принятие постановления Бюро ЦК РКП (б) от 19 декабря 1918 года стало началом большой организаторской работы по созданию системы особых отделов в Красной Армии и на Флоте.
Понадобилось некоторое время, чтобы подготовить закрепление этого акта в правовых документах, определить конкретные задачи, функции и права нового государственного органа, разработать его структуру.
С участием М.С. Кедрова был подготовлен проект постановления Реввоенсовета Республики и ВЧК, подписанного 1 января 1919 года, которым во исполнение постановления Бюро ЦК РКП (б) вместо Военного контроля Реввоенсовета и Военного отдела ВЧК был образован Особый отдел республики.
Это постановление оставило открытым вопрос о подчиненности и характере взаимоотношений Особого отдела (с 15 января 1919 года — Управления особого отдела) как с ВЧК, так и Реввоенсоветом. На первых порах этот орган формально был автономным и независимым от них ведомством, которое могло самостоятельно давать директивы на места.
Однако начальник Особого отдела М.С. Кедров вполне осознавал, что практическая оперативная деятельность военной контрразведки немыслима без непосредственной связи с ВЧК и ее органами на местах, нельзя было также обеспечить эффективность борьбы с военным шпионажем, саботажем и преступлениями по должности в Красной Армии без постоянной помощи командования, военных комиссаров, политических органов, армейских партийных организаций.
