На должности начальников особых отделов фронтов и армий назначались на первое время начальники отделов Военного контроля фронтов и армий. Начальники особых отделов военных округов и губерний назначались по согласованию чрезвычайных комиссий с соответствующим партийным комитетом и утверждались в должности начальником Особого отдела республики. Начальники особых отделов являлись в то же время членами ЧК.
Самостоятельные следственные части при особых отделах не создавались. Все уголовные дела после производства предварительного опроса предлагалось передавать в следственные части чрезвычайных комиссий. На фронтах производство следствия передавалось революционным военным трибуналам. Аресты и обыски разрешалось производить как по ордерам следственных частей ЧК, так и по ордерам начальников особых отделов. При этом каждый раз должно было составляться мотивированное постановление.
В пограничных железнодорожных и шоссейных пунктах предлагалось организовать пропускные пункты особых отделов, возложив на них обязанность по досмотру лиц, следующих через границу или демаркационную линию.
Приказ М.С. Кедрова № 1 сыграл большую организующую роль. Он определил общее направление деятельности и принципиальную организационную структуру особых отделов, сохранявшиеся в своей основе довольно длительное время.
Михаил Сергеевич остро осознавал свою личную ответственность перед Центральным Комитетом партии за создание в кратчайший срок стройного, работоспособного боевого чекистского аппарата в армии и на флоте как одного из условий укрепления Красной Армии и подготовки ее к длительной и напряженной гражданской войне. Чтобы избежать ошибок, Кедров в максимальной мере опирался в решении практических вопросов на опыт ВЧК и помощь Реввоенсовета Республики, а с середины января 1919 года работа особых отделов осуществлялась под непосредственным руководством ВЧК.
При живейшем участии Кедрова были разработаны организационная структура и штаты аппаратов особых отделов сверху донизу, определены функциональные обязанности основных должностных лиц, порядок финансирования и денежной отчетности. По всем этим вопросам были подготовлены разъяснения, которые уже в середине января 1919 года были направлены на места,
18 января 1919 года М.С. Кедров сделал доклад на яседании коллегии ВЧК о ходе работы по формированию особых отделов фронтов, армий и губчека. Коллегия Побрила сделанное и поручила Кедрову и заместителю председателя ВЧК Лацису разработать окончательный проект положения об особых отделах и представить его на рассмотрение и утверждение.
Этот проект разрабатывался в обстановке вновь возобновившейся в январе 1919 года дискуссии о ВЧК, когда некоторыми партийными, советскими и военными работниками снова ставился вопрос об упразднении этого учреждения. Сторонники этой точки зрения ошибочно полагали, что наиболее тяжелый период гражданской войны уже миновал, и недооценивали возраставший размах и остроту тайной подрывной деятельности контрреволюции, которая усиливалась по мере укрепления органов Советской власти на местах и развертывания Красной Армии. В числе таких сторонников были и некоторые военные комиссары, что порождало кое-где ненужные трения при создании особых отделов. Их преодолению мешала негативная позиция Троцкого.
Несмотря на все эти трудности, проект положения все же был подготовлен и согласован с заинтересованными органами военного ведомства, в аппарате Совета Народных Комиссаров и в ЦК партии. В этом проекте получили воплощение принципиальные установки, выработанные Ф.Э. Дзержинским и М.С. Кедровым. В нем четко формулировалось, что военная контрразведка Красной Армии представляет собой политическое, партийное учреждение, замыкающееся на ВЧК. В проекте указывалось, что Особый отдел входит в состав ВЧК, что общее руководство борьбой с контрреволюцией и шпионажем в армии и на флоте возлагается на Всероссийскую чрезвычайную комиссию, которая через свой Особый отдел руководит работой местных особых отделов, что заведующим Особым отделом назначается один из членов коллегии ВЧК но согласованию с Революционным Военным Советом Республики.
