8 декабря члены ВЧК собрались, как было условлено. Из присутствовавших на прошлом заседании не было только Серго — он получил другое назначение и в работе ВЧК больше не участвовал. Зато комиссия пополнилась новыми людьми. Избрали президиум из пяти человек во главе с Ф.Э. Дзержинским. И.К. Ксенофонтов и Я.X. Петере стали секретарями комиссии. Установили ежедневное дежурство в ВЧК — по очереди. Определили, что все распоряжения комиссии и ордера на обыски и аресты должны иметь подпись председателя ВЧК или его заместителя и одного из секретарей.
Так началась работа И.К. Ксенофонтова в ВЧК. Первое время приходилось заниматься всем — вести делопроизводство, ходить на обыски и аресты, производить дознание. Уже 9 декабря Ивану Ксенофонтовичу поручили арестовать ярого черносотенца, бывшего обер-прокурора синода Саблера. На следующий день, 10 декабря, в ВЧК поступило из Комитета по борьбе с погромами сообщение о том, что помощник командующего обороной Петрограда штабс-капитан Казанцев и комиссар гражданского отделения Петроградского военного округа левый эсер Фаерман занимаются шантажом и вымогательством. Коллегия ВЧК поручила Ксенофонтову расследовать это дело. Фаерман, Казанцев и их сообщники были арестованы. В ходе следствия, проведенного Ф.Э. Дзержинским и И.К. Ксенофонтовым, выяснилось, что Казанцев и Фаерман терроризировали владельцев вечерних кафе и клубов. Угрожая закрыть заведения, они требовали от хозяев „откуп“. Шантажисты выдавали фальшивые документы на производство обысков и арестов. Клубу литературного общества „Вешние воды“, по существу представлявшему собой игорный дом, они за крупную взятку разрешили принимать посетителей до четырех часов утра, несмотря на то, что ресторанам, кафе и клубам города запрещалось работать после 23 часов. Дело Казанцева и Фаермана было передано в следственную комиссию Петроградского ревтрибунала.
Много времени уходило у Ксенофонтова на дежурства. Секретари ВЧК обязаны были постоянно находиться в ВЧК, в том числе и в ночное время. Ведь в ВЧК, помещавшуюся на Гороховой, 2, в здании бывшего градоначальства, непрерывно шли посетители. Они рассказывали о собраниях контрреволюционеров, готовящихся террористических актах, о фактах спекуляции золотом и платиной, распространении контрреволюционной литературы. Много сообщений поступало по телефону — как днем, так и ночью.
18 декабря Дзержинский и Ксенофонтов узнали о том, что контрреволюционный „Союз защиты Учредительного собрания“ созывает в здании Вольно-Экономического общества конференцию, в которой предполагается участие кадетов, эсеров, меньшевиков, представителей разных „демократических“ организаций. Враги Советской власти намеревались обсудить меры по скорейшему открытию Учредительного собрания, возможно, даже явочным порядком, без разрешения правительства.
Феликс Эдмундович немедленно вызвал комиссара ВЧК И.В. Успенского и выписал ордер на производство ареста и обыска тех, кто окажется в помещении общества. Ордер вместе с Дзержинским подписал Ксенофонтов. В тот же вечер чекисты арестовали всех явившихся на конференцию.
В декабре 1917 года было заключено соглашение между большевиками и левыми эсерами о вхождении последних в Совнарком. Войдя в правительство, левые эсеры потребовали включения своих представителей во Всероссийскую чрезвычайную комиссию, причем без утверждения предложенных кандидатур Советом Народных Комиссаров. Ф.Э. Дзержинский выступил решительно против такого порядка пополнения ВЧК. 8 января 1918 года Совнарком принял решение ввести в состав ВЧК левых эсеров, членов ВЦИК, но с обязательным утверждением кандидатов в Совете Народных Комиссаров. Левый эсер В. А. Александрович стал первым заместителем председателя ВЧК.
К весне 1918 года в ВЧК уже работало около 120 сотрудников. Две трети из них составляли большевики, остальные — левые эсеры. Кроме того, было несколько анархистов. В связи с увеличением аппарата ВЧК Ксенофонтов почти целиком сосредоточил свое внимание на организационной работе.
В марте 1918 года ВЧК вместе с Советским правительством переехала в Москву. Вначале она разместилась в доме на Поварской улице, а в апреле в ее распоряжение передали здание на Большой Лубянке, 11, где ранее находилось страховое общество „Якорь“.
