В ноябре 1917 года Иван Ксенофонтович был избран членом Учредительного собрания по Западному фронту, Минскому и Могилевскому избирательным округам. Вскоре после этого он выехал в Минск для участия в работе 2-го съезда Западного фронта. Делегаты съезда избрали его членом ВЦИК второго созыва. В конце ноября Центральный Комитет РСДРП (б) вызвал И.К. Ксенофонтова в Петроград в распоряжение председателя ВЦИК Я.М. Свердлова.
Петроград, куда прибыл Иван Ксенофонтович, переживал тревожные дни. Против молодой, еще не окрепшей Советской власти единым фронтом выступили кадеты, эсеры, меньшевики. Свыше месяца бастовали служащие бывших министерств, Государственного банка, казначейства, продовольственных и топливных органов городской управы. В результате остались без пенсий и пособий вдовы, сироты, пенсионеры, на некоторых предприятиях прекратилась выдача жалованья рабочим. Оказались без средств к существованию раненые и больные солдаты, а также инвалиды. Возникли трудности со снабжением предприятий топливом, создалась угроза остановки фабрик и заводов. Центр саботажников — „Союз союзов служащих государственных учреждений“ — принял решение объявить всеобщую политическую забастовку по всей России,
Положение осложнялось пьяными погромами, захлестнувшими Петроград. Неизвестные лица собирали на улицах толпы деклассированных элементов, несознательных рабочих и солдат, подбивали их на разгром винных складов, магазинов, лавок и аптек. Контрреволюционеры распространяли среди погромщиков листовки с призывом к аресту членов Совнаркома, „агентов Вильгельма“. В стихии пьяных погромов враги намеревались потопить революцию.
6 декабря Совет Народных Комиссаров принял решение создать особую комиссию во главе с Ф.Э. Дзержинским для принятия мер в борьбе с готовившейся всероссийской забастовкой служащих государственных учреждений.
На следующий день утром И.К. Ксенофонтова вызвал Я.М. Свердлов. Он сообщил о решении Совнаркома образовать комиссию по борьбе с контрреволюцией и саботажем и предложил Ивану Ксенофонтовичу войти в нее.
— Я согласен, Яков Михайлович, — ответил Ксенофонтов.
— В таком случае, — сказал Свердлов, — свяжитесь, пожалуйста, с Феликсом Эдмундовичем. Дело срочное. Комиссия, вероятно, соберется уже сегодня.
Дзержинского Иван Ксенофонтович увидел в одном из коридоров Смольного. Он разговаривал с Я.X. Петерсом.
— Здравствуйте, товарищ Ксенофонтов, — обратился Дзержинский к подошедшему Ивану Ксенофонтовичу. — Товарищ Свердлов рекомендует вас в комиссию по борьбе с контрреволюцией. Встречаемся сегодня вечером, около восьми часов, в его кабинете.
В назначенный час в комнате № 39 на втором этаже Смольного собрались Ф.Э. Дзержинский, И.К. Ксенофонтов, В.К. Аверин, Г.К. Орджоникидзе, Я.X. Петерс, К.А. Петерсон, Д.Г. Евсеев и В.А. Трифонов. Все они были профессиональными революционерами, которых партия послала на передний край борьбы с врагами Советской власти. Некоторых из пришедших Иван Ксенофонтович знал по работе во ВЦИК, иных видел впервые.
Ф.Э. Дзержинский коротко рассказал о решении Совнаркома, принятом накануне, о полученной записке В. И. Ленина, в которой ставилась задача принять экстренные меры по защите революции. Феликс Эдмундович предложил назвать создаваемый орган Всероссийской чрезвычайной комиссией по борьбе с контрреволюцией и саботажем при Совете Народных Комиссаров.
— Задачи комиссии, — говорил Дзержинский, — пресекать преступные действия не только в Петрограде, но и по всей России. Мы должны выработать меры борьбы с контрреволюционерами и саботажниками. Комиссия будет наблюдать за антисоветской печатью, за кадетами и эсерами, за саботирующими чиновниками, а также за лицами, проникающими с преступными целями в советские учреждения. На нее возлагается предварительное расследование, а затем все дела и арестованные должны передаваться в Ревтрибунал.
Прений почти не было. Дзержинский торопился — он опаздывал на заседание Совнаркома, на котором должно было быть принято решение об утверждении состава комиссии. Договорились собраться на следующий день в 3 часа и решить организационные вопросы.