В Москве Ксенофонтову с женой и сыном выделили небольшую комнату на втором этаже 1-го Дома Советов (гостиница „Националы)). Из окна открывался вид на Тверскую. По улице с лязганьем двигались трамваи, проносились редкие автомобили, мчались извозчики, непрерывным потоком шли люди. Отсюда было рукой подать и до Лубянки, и до Центрального Комитета партии на Воздвиженке, и до Кремля. На службу Иван Ксенофонтович выходил рано утром, а домой возвращался далеко за полночь.
Обстановка внутри ВЧК после переезда в Москву сильно осложнилась. Дружной, слаженной работы с левыми эсерами не получалось. Удавалось добиться единогласного решения только при рассмотрении дел о бандитах и спекулянтах. Но как только на заседании коллегии речь заходила о строгом наказании политических преступников, вставших на путь вооруженной борьбы против Советской власти, левые эсеры срывали принятие постановлений, ссылались на запрещающие директивы своего ЦК. Разногласия приняли особенно острый характер после ареста участников савинковского "Союза защиты родины и свободы". Дзержинский, Ксенофонтов, Петере, Лацис убеждали левых эсеров в необходимости расстрела наиболее активных членов этой крупнейшей военно-заговорщической организации, но все было тщетно. Александрович и его товарищи применяли право вето, мешали развертыванию борьбы с контрреволюцией.
В июне 1918 года была созвана 1-я Всероссийская конференция ЧК. Ее председателем избрали Ф.Э. Дзержинского, однако он не смог присутствовать на заседаниях. Феликс Эдмундович в эти дни вел расследование по делу эсеров и меньшевиков — организаторов антисоветских сборищ, так называемых "собраний уполномоченных фабрик и заводов Москвы". Конференцией фактически руководили И.Н. Полукаров, И.К. Ксенофонтов, Д.Г. Евсеев.
В клубе ВЧК, где проходили заседания конференции, с утра и до позднего вечера не утихали споры. Не было ни одного вопроса, по которому не возникало бы резких разногласий с левыми эсерами. Их было меньшинство, но они использовали любой повод для нападок на большевиков. Особенно бурная дискуссия развернулась о принципах организации ЧК. Ксенофонтов и другие большевики говорили, что ВЧК должна быть строго централизованным учреждением, объединяющим ЧК всей страны. Вместе с тем они считали нужным сохранить подчинение ЧК местной власти, которая должна координировать работу всех органов, боровшихся с контрреволюцией на территории губернии. Левые эсеры категорически выступали против централизации чрезвычайных комиссий, поскольку она якобы противоречит демократии, «самодеятельности масс». Они заявляли, что ЧК должны подчиняться только местным Советам. Однако конференция отвергла полуанархистские предложения левых эсеров и утвердила принцип двойного подчинения чрезвычайных комиссий.
И.К. Ксенофонтов активно участвовал и в обсуждении проблемы создания контрольных коллегий при ЧК. В состав контрольно-ревизионного органа, считал он, следует включать члена коллегии ЧК и двух представителей партийного комитета. Цель такого органа — следить за тем, как сотрудники выполняют постановления чрезвычайной комиссии, не нарушают ли они прав граждан. Саму же комиссию могут контролировать другие учреждения, имеющие на то право, — исполкомы Советов, партийные комитеты.
Делегаты поддержали предложение Ксенофонтова. Оно вошло в принятое конференцией Положение о чрезвычайных комиссиях на местах.
Вскоре при всех губернских и уездных ЧК стали создаваться контрольно-ревизионные коллегии с участием представителей губернских и уездных комитетов партии. Они проверяли постановку следствия в чрезвычайных комиссиях, накладывали вето на те приговоры ЧК, которые были недостаточно обоснованы, принимали жалобы от населения. Эти коллегии являлись одним из эффективных средств партийного контроля за работой сотрудников ЧК.
Летом 1918 года классовая борьба в Советской России достигла небывалой остроты. С востока и запада, с севера и юга наступали интервенты, белогвардейские войска и армии возникших на окраинах эсеро-меныпевистских правительств. Республика оказалась в огненном кольце фронтов. В глубоком подполье действовали заговорщические контрреволюционные организации — «Национальный центр», «Союз возрождения России», филиалы савинковского «Союза защиты родины и свободы». В ряде городов им удалось поднять мятежи. По всей республике полыхало пламя кулацких восстаний. Начался белый террор.
