Вместе с тем находящийся в «глубоком подполье» член Союзного комитета не спешит с проявлением доверия молодому нелегалу, и возможно, что в отношении его проводилась негласная проверка. Условия подпольной деятельности не располагали к беспечному благодушию. «На одном из следующих свиданий, — продолжал Цхакая, — познакомил его с характером принятых 2-м съездом программы и устава, а равно с произошедшим расколом
партии на меньшинство и большинство <...> Я его попросил написать свое credo... Он это сделал через несколько дней. Я посоветовал ему <...> написать статью, хотя бы по параграфу 9 программы партии по национальному вопросу... Через месяц он принес довольно объемистую тетрадь <...> через другой месяц я отправил т. Сосо в Кутаисский район в Имеретино-Мингрельский комитет».
Его своеобразный отпуск не прошел бессмысленно. Написанная им в это время статья, опубликованная в 1904 году на страницах газеты «Борьба пролетариата», сразу же привлекла внимание Ленина. Впоследствии новое обращение к этой теме закрепит за ним характеристику специалиста по национальному вопросу. Это произойдет значительно позже, а лето 1904 года ознаменовало для Иосифа новый период революционной деятельности.
Участник большевистского подполья в Грузии, сын майора армейской пехоты, Сергей Иванович Кавтарадзе вспоминал, что Иосиф Джугашвили появился в Кутаиси в конце июня как представитель Кавказского союзного комитета. С этого времени его постоянной партийной кличкой на долгое время стало имя «Коба», что означало «неукротимый».
Политическая линия Кобы была подчинена главной цели: приближению революции. Как профессиональный солдат революции, он уже прочно усвоил ее законы — действенность, неукротимость, активность в мобилизации сил партии. Свою деятельность в Кутаиси он начал с реорганизации руководства. В новый состав Комитета РСДРП вошли Иосиф Джугашвили, Сергей Кавтарадзе, Н. Карцивладзе, Б. Бибинейшвили, С. Киладзе, Александр Цуклидзе и Михаил Окуджава. Практическая деятельность нового актива организации началась с создания типографии, разместившейся в доме Васо Гогиладзе, где она находилась до февраля 1906 г.
Активность нового руководителя быстро дала результаты. Член Имеретино-мингрельского комитета Б. Бибинейшвили свидетельствовал, что когда «для руководства работой к нам приехал товарищ Сталин», то во второй половине 1904 года началась организационная работа по деревням, и вскоре «вся Кутаисская губерния покрылась революционными нелегальными организациями».
Однако нелегальная деятельность для ее участников была подобна пребыванию на войне и неизбежно была сопряжена с опасностью. Летом 1904 года власти активизировали репрессии против подпольщиков, прокатившиеся волной массовых арестов. И уже вскоре Джугашвили поднялся еще на одну ступень в партийной иерархии. Он стал членом высшего партийного органа — Кавказского союзного комитета.
«После одного из моих подпольных объездов России (Баку, Смоленск, Орел — места тогдашних общепартийных центров), — вспоминал Миха Цхакая, — вернувшись в Тифлис, я оказался единственным (оставшимся) членом краевого комитета, — все члены комитета оказались за решеткой. Тогда я один кооптировал немедленно моих близких соратников, которым доверял <...> В числе них были т. Коба и т. Каменев».
Конечно, новое положение в руководстве партией создавало новые опасности и для Джугашвили. Они были неизбежным следствием его образа жизни. Впрочем, с момента вступления его на путь борьбы с самодержавием охота за ним не прекращалась. В начале августа 1904 года при посещении Тифлиса он тоже чуть не оказался арестованным. Г. Бередзеношвили, поселившийся в тот период на Михайловском проспекте, вспоминал, что в квартиру напротив, где жил Иосиф Джугашвили, «нагрянули жандармы и, не застав его, оставили в комнате засаду. Казалось, что арест был неизбежен».
Однако заметившие жандармов соседи дали ему «предупреждающий знак», и при возвращении домой он вовремя повернул обратно, сумев ускользнуть от преследования. После этого случая Н. Аладжанова отвела его на Авчальскую улицу, 29, в дом к учителю Ашоту Туманяну. То, что ему удалось избежать ареста, не было просто везением, случайной удачей. Скорее это было закономерностью. Он знал правила борьбы и никогда не пренебрегал предусмотрительностью и осторожностью.