Эсминцы ОЛСа крейсировали в районах от Ирбенского пролива до Гогланда, досматривая иностранные суда. Они же конвоировали свои суда в этом районе. В результате блокады противник вынужден был отказаться от использования коммуникаций в открытом море и ходить только внутренними шхерными фарватерами. Кораблям приходилось действовать в исключительно сложных погодных условиях — в январе мороз достигал — 20°, а сила ветра — 9 баллов.
Наступление сухопутных войск поддерживали крупнокалиберные железнодорожные батареи флота. В январе 1940 г. в Ораниенбауме из добровольцев с кораблей и частей был сформирован Береговой отряд сопровождения, обеспечивающий действия войск на приморском направлении. По опыту применения отряда в составе КБФ была создана 1-я бригада морской пехоты.
Авиация КБФ подавляла береговые батареи противника на островах Койвисто, Тиуринсари, Пуккионсари и др., наносила бомбардировочные удары по военно-морской базе Котка, портам, аэродромам противника и его коммуникациям и прикрывала свои военно-морские базы.
Во время боевых действий были вскрыты серьезные недостатки в комплектовании и подготовке соединений флота. В составе флота не хватало тральщиков. По этой причине не было проведено минной разведки района маневрирования кораблей ОЛС у побережья противника.
Не было специальных десантных кораблей. При взятии островов войска высаживались с транспортов и кораблей с помощью баркасов и шлюпок, а техника переправлялась на берег на плотах.
Одной из причин крайне неудовлетворительного знания обороны противника и оборудования театра военных действий в целом являлась плохая работа морской разведки, которой за два десятка лет не удалось добыть сколько-нибудь полных сведений о финских береговых батареях. Как следствие перед началом операций по их подавлению, эсминцы, рискуя быть потопленными, маневрировали, вызывая огонь на себя, чтобы засечь выстрелы финских орудий. Даже после проведения разведки боем у командиров кораблей и соединений оставалось весьма смутное представление о той цели, которую они обстреливали. Во всех случаях корабли стреляли по площадям практически вслепую, располагая лишь приблизительными координатами целей. Линкоры, обрушившие на финскую батарею более четырех сотен снарядов, так и не смогли ее подавить, поскольку не было точно известно расположение финских орудий.
Кроме того, полностью отсутствовала информация о финских минных заграждениях. Крейсер «Киров», выйдя на первую операцию, едва не погиб, пройдя вплотную от кромки минного заграждения (об этом стало известно после окончания войны, когда в руки советских моряков попали финские карты).
Корабельные зенитчики слабо знали силуэты самолетов и не могли отличить свои от противника. 21 декабря огнем эсминца «Сметливый» был сбит самолет МБР-2. В свою очередь летчики флотской авиации не знали силуэты не только кораблей противника, но и своих. Так, например, 30 ноября у острова Сейскари самолет СБ атаковал наши эсминцы, которые открыли по нему зенитный огонь. Были случаи, когда свои истребители по ошибке атаковали свои же бомбардировщики, сбив два из них. С первого дня войны флотские бомбардировщики охотились за финскими броненосцами береговой обороны, вылетая крупными группами — так, 2 марта 1940 г. на их бомбежку вылетели 30 самолетов. Всего на броненосцы была сброшена 221 бомба (63 т), но результат был нулевой, ни одна бомба не попала в финские корабли.
ВВС КБФ потеряли 80 самолетов, при этом от зенитного огня и истребителей противника были потеряны 25 машин, остальные разбились при взлете и посадке и по другим причинам из-за неопытности экипажа.
К сожалению, сделать выводы из уроков финской войны и устранить недостатки до начала Великой Отечественной не успели.
После принятия в июле 1940 г. Эстонской и Латвийской республик в состав Советского Союза небольшие по своей численности флоты этих государств были включены в состав Краснознаменного Балтийского флота. Пополнение состояло из 4 подводных лодок («Калев», «Лембит», «Ронис» и «Спидола»), 3 тральщиков, 4 минных заградителей, 5 посыльных судов.
