В результате присоединения к СССР Эстонской и Латвийской республик, а также подписания мирного договора с Финляндией, КБФ получил ряд портов, выдвинутых к устью Финского залива и на побережье Балтийского моря — Либава, Виндава, Рига, Ханко, Палдиски, Таллин, Выборг. Получение этих портов и перенос базирования отдельных соединений коренным образом изменили положение на театре.
Флот получил открытые выходы в Балтийское море, отпала необходимость под непосредственной и непрерывной угрозой с обоих берегов и островов форсировать узкий Финский залив, проделывая 240-мильный путь от Кронштадта до выхода в Балтийское море.
Однако наряду с этими положительными сторонами новой обстановки на театре существовали и отрицательные, имевшие весьма существенное значение. Фланговые базы — Либава, Ханко, Выборг — находились в непосредственной близости к государственной границе и при отсутствии надлежащей организации обороны могли оказаться уязвимыми участками в системе базирования флота.
Почти все северное побережье от советско-финской границы до Ханко оставалось под контролем Финляндии, союзницы Германии. Оно изобиловало большим количеством выходов из шхер, соединенных продольными шхерными фарватерами, позволяющими скрытую рокировку легких сил и подводных лодок противника. Финское побережье имело ряд сильно укрепленных районов, вооруженных дальнобойной артиллерией, простреливавшей акватории до середины Финского залива и даже северные подходы к главной базе — Таллину. Поэтому все судоходство в первые месяцы войны пришлось осуществлять вдоль южного побережья по малым глубинам, для затруднения действий подводных лодок противника.
Линия наблюдательных постов и сеть финских аэродромов давала противнику возможность непрерывного наблюдения за нашими перевозками, особенно в светлое время суток. Таким образом, на всем протяжении наша основная коммуникация Кронштадт — Таллин — Ханко была в районе досягаемости противника.
Новые ВМБ были совершенно не приспособлены для базирования военного флота. По существу, кроме акваторий и ограниченного причального фронта, почти ничего не было, ремонтные базы существовали только в Либаве и Таллине. Гавани, оставшиеся без изменений еще от царской России, а местами пришедшие в ветхость, не были рассчитаны на базирование таких кораблей, как эсминцы, не говоря уже о более крупных. Необходимо было выполнить большой объем строительных работ по созданию инфраструктур баз флота.
Увеличение протяженности береговой черты, количество портов и рейдов, удаленность новых ВМБ на большом расстоянии друг от друга (Либава, Таллин, Ханко, Рига) и, в особенности от тыловой базы Кронштадта, для поддержания морских сообщений и рейдовой службы требовали наличия многочисленного вспомогательного флота. Но его не хватало даже до 1940 г., в условиях мирного времени. Например, нефтеналивных судов имелось всего четыре, водоналивных — два. Подавляющее число вспомогательных судов имело за плечами не один десяток лет службы. Нехватка вспомогательного флота приводила к перебоям в своевременном подвозе необходимых видов снабжения и ставила готовность соединений КБФ в зависимость от наличия свободного тоннажа. Между тем слабо развитая промышленность Прибалтийских республик, недостаточно развитая железнодорожная сеть, а также отсутствие возможности создавать в базах необходимые запасы (из-за отсутствия складов), начатое большое оборонительное строительство требовало постоянного и весьма оживленного морского сообщения между новыми базами и тылом КБФ.
ВМБ Ханко, но существу, имела связь с остальными базами только морским путем, т.к. железнодорожная связь была обусловлена специальным договором с Финляндией, и перевозки секретными быть не могли.
Большое увеличение протяженности морской границы требовало развертывания береговой обороны в новых районах базирования флота. Такие пункты, как Либава, Виндава, Ирбенский пролив, острова Моонзундского архипелага, Ханко, Биорке, совершенно не имели обороны с моря.
К началу войны программа строительства береговой обороны не была закончена. Ряд батарей заканчивался строительством в ходе войны. Круговая оборона островов и батарей, которая понадобилась во время войны, не была предусмотрена.
