При объявлении оперативной готовности № 1 (полная) боевое ядро находилось в часовой готовности к выходу в море, а весь остальной состав флота — в четырехчасовой готовности к ведению боевых действий. Форсированно заканчивался ремонт кораблей, зенитная артиллерия и средства ПВО кораблей изготавливались к бою, развертывались воинские тылы, подводные лодки рассредоточивались и готовились к немедленному выходу в море, усиливалась дозорная служба и силы воздушной разведки.
1 сентября 1939 г. Германия напала на Польшу, началась Вторая мировая война. Осенью 1939 г. но предложению советского правительства были заключены пакты о взаимопомощи с Литвой, Латвией и Эстонией. В соответствии с ними Балтийский флот получил возможность пользоваться базами на территориях Эстонии и Латвии и вышел, наконец, за пределы «Маркизовой лужи». 15 октября 1939 г. нарком ВМФ Н.Г. Кузнецов утвердил «Базирование кораблей КБФ на порты Эстонии и Латвии на 1939 — 1940 гг.».
Уже 11 октября 1939 г. в Таллин пришли первые советские корабли — лидер «Минск», эсминцы «Гордый» и «Сметливый». Два дня спустя в Палдиски прибыли плавбаза «Кронштадт» и дивизион подводных лодок. 15 октября в Таллин пришла эскадра КБФ в составе линкора «Октябрьская Революция», крейсера «Киров», эсминцев «Гневный», «Грозящий» и «Стремительный», четырех сторожевых кораблей и др., всего 12 вымпелов. 22 октября по приказу наркома ВМФ крейсер «Киров», в сопровождении эсминцев «Сметливый» и «Стремительный», перешел в Либаву.
Серьезную проверку КБФ прошел во время зимней войны с Финляндией. В соответствии с директивой наркома ВМФ флагмана 1-го ранга Н.Г. Кузнецова от 3 ноября 1939 г. на Балтийский флот возлагались следующие задачи: прикрытие своих сил от возможного нападения шведского флота; блокирование побережья противника, захват островов в восточной части Финского залива; высадка оперативного и тактического десантов; оказание огневой поддержки войскам Красной Армии.
30 ноября были взяты острова Сейскари и Лавенсари, 1 декабря — острова Нсрви и Сомсри, 2 декабря — остров Сур-Тютярсари, 3 декабря — остров Суурсари (Гогланд). Таким образом, в течение первых четырех дней военных действий силы флота овладели островами в восточной части Финского залива.
Левофланговые части 7-й армии, наступавшие вдоль побережья Финского залива, поддерживал огнем дивизион канонерских лодок (3 единицы).
Для подавления 254-мм батареи Сааренпя на о-ве Биоркэ эскадра КБФ совершила 4 выхода. 10 и 18 декабря линейный корабль «Октябрьская Революция» под флагом командующего эскадрой КБФ флагмана 2-го ранга Н.Н. Несвицкого в сопровождении эсминцев, сторожевых кораблей и тральщиков выходил для обстрела батареи Сааренпя. Линкор выпустил соответственно 60 (10 декабря) и 206 (18 декабря) 305-мм снарядов. Финны отвечали, выпустив 58 снарядов, но попаданий в корабли не добились.
Поскольку батарея Сааренпя не была окончательно подавлена, на следующий день, 19 декабря, операция была повторена, но вместо «Октябрьской Революции» выходил «Марат» под флагом заместителя наркома ВМФ И.С. Исакова. Линкор произвел 37 залпов, выпустив 136 снарядов. В результате было повреждено одно из орудий финской батареи.
Последний раз эскадра во главе с линкором «Октябрьская Революция» вышла из Кронштадта 30 декабря с помощью трех ледоколов. Однако, пробиться через тяжелые льды корабли не смогли, и 2 января 1940 г. Военный совет КБФ приказал кораблям возвращаться в базы. Для действий на морских коммуникациях противника в средней части Балтийского моря и устье Финского залива с началом войны были развернуты базировавшиеся в портах Эстонии и Латвии 1-я и 2-я бригады подводных лодок и корабли отряда легких сил
30 ноября «Киров» под флагом командира ОЛС капитана 1-го ранга Б.П. Птохова и эсминцы «Сметливый» и «Стремительный» вышли из Либавы. 1 декабря «Киров», в сопровождении эсминцев, подойдя к острову Руссарэ, обстрелял финскую береговую батарею, выпустив 35 снарядов. Батарея в свою очередь обстреляла крейсер 15 снарядами.
14 декабря эсминцы провели разведывательную операцию, обстреляв финскую батарею на острове Утэ.
