Небольшое количество российских Ан-72 применялось в ходе боевых действий на Кавказе. Их использовали для эвакуации раненых, других перевозок, например, в июле 1994 г. прибывший из Чкаловской борт доставил в Буденовск группу спецназа МВД, которой предстояло принять участие в операции против банды Басаева, захватившей местный роддом. В сентябре 2004 г. после жуткого теракта в Беслане на Ан-72 в Москву доставили наиболее пострадавших детей.
Ан-72, приписанные к космическим войскам, задействовались в поисково-спасательных операциях во время возвращения с орбиты спускаемых аппаратов. Использовали их и как транспортные, причем порой возили весьма необычные грузы. Например, 12 июля 2005 г. «семьдесят вторая» доставила на Байконур японский космический аппарат INDEX и вспомогательное оборудование для него.
Насыщенной событиями выдалась служба российских Ан-72П, которые стали эффективным средством борьбы с пиратствующими в экономзоне страны браконьерами. Регулярно поступавшие с Дальнего Востока сообщения информагентств и газет напоминали сводки боевых действий. Вот лишь некоторые из них. 21-22 февраля 2001 г. несколько «семьдесят вторых», поочередно вылетавших из Елизово, вели вместе с пограничным кораблем долгое преследование приписанного к сахалинскому порту Холмск сейнера «Альбатрос-101», который обнаружили у о. Шиашкотан Северо-Курильской гряды. Когда предупредительная стрельба действия не возымела, был открыт огонь на поражение. От нескольких попаданий на палубе начался пожар, но живучий «Альбатрос» не прекращал попыток выйти за пределы исключительной экономзоны России. Сейнер гоняли еще более 17 ч, и в конце концов после очередного обстрела он затонул. Был убит капитан судна, остальные моряки спаслись на плотах. В мае 2002 г. взлетевший из Южно-Сахалинска самолет участвовал в преследовании и задержании браконьерского траулера «Рекин», экипаж которого захватил в заложники досмотровую группу.
В сентябре 2004 г в Охотском море пограничному кораблю более 12 ч не удавалось догнать и остановить судно без опознавательных знаков, пока прибывший на помощь воздушный патрульный не открыл предупредительный огонь, заставив капитана застопорить ход. Без пальбы не обошлось и задержание траулера «Дубно» в районе Северных Курил в ночь с 12 на 13 марта 2005 г. «Пограничники обстреляли судно неуправляемыми реактивными снарядами, – пишет корреспондент «Комсомольской правды» – Владивосток» Егор Приваленков. – Рубка судна была изрешечена осколками. Перебиты кабеля связи, вышел из строя радар. Больше всего пострадали жилые помещения, хотя обычно стреляют по корме, чтобы избежать жертв среди экипажа». В результате старпом получил осколочное ранение головы и ожог, а матрос гражданин Украины А. Кирицкий погиб. 21 июля 2007 г. над Охотским морем снова прозвучали пушечные очереди – только таким способом экипажу «семьдесят второй» удалось «уговорить» остановиться зарегистрированный в Панаме рыболовецкий траулер «Аделаид».
В Украине концепция применения Ан-72П не предполагает использования ору жия, поэтому в задачу воздушных «патрулей» входят обнаружение судов-нарушителей, а также наведение на них кораблей. По близкому сценарию действовал экипаж «семьдесят второго» и во время 10-х международных учений НАТО Cooperative Partner, которые прошли летом 2004 г. Самолет вылетел из Одессы, выполнил задачу у берегов Болгарии и вернулся на родную базу. Использовались украинские Ан-72П для оказания помощи терпящим бедствие в Черном море. Так, в ноябре 2005 г. экипаж «семьдесят второго» обнаружил пропавшую в районе Керчи российскую яхту и навел на нее ближайшее судно. Однако использовать для охраны относительно небольшой черноморской акватории пару Ан-72П оказалось слишком дорого. В результате сегодня машины простаивают из-за недостатка средств на работы по продлению ресурса отдельных систем.
В новейшие времена Ан-72 начали эксплуатировать различные гражданские структуры. Одним из первых приобщил самолет к цивильной жизни ракетно-космический центр «ЦСКБ-Прогресс» (Самара). Принадлежавший ему Ан-72-100Д (сер. № 15-03) применялся не только в качестве корпоративного лайнера, но и для доставки комплектующих от предприятий-смежников, в т.ч. находившихся в Западной Европе. Однако полеты в Старый Свет не стали главным делом демобилизованных «транспортников». Основным их «полем битвы» оказалась Африка, для условий которой неприхотливый самолет подошел как нельзя лучше. Там. вдали от глаз контролирующих авиационную безопасность служб, «семьдесят вторые» летали со значительными перегрузками, садились на совершенно разбитые грунтовые аэродромы, подвергались различным опасностям в зонах боевых действий. Впрочем, бывали и другие примеры. Так, один самолет молдавской авиакомпании RENAN, арендованный заирской компанией Air Excellence, находился в распоряжении Президента этой страны Мобуту и базировался в привилегированных условиях в столичном аэропорту Киншаса-Ндоло. До произошедшего в 1997 г. государственного переворота он использовался в интересах как самого Мобуту, так и его семьи, например, для доставки автомобилей.