Как только все, что связано с организацией и выполнением полетов, было в достаточной мере отлажено, SR-71 отправили на Окинаву, где в тот момент как раз завершали свою работу «цереушные» А-12. В период с 8 по 13 марта 1968 г. три SR-71A (сер. №№ 64-17978, 64-17979 и 64-17974) перелетели на базу Кадена, Эти самолеты вместе с летным и техническим составом образовали так называемое «Подразделение I» 9-го авиакрыла. В дальнейшем летный состав на Окинаве менялся каждые 70 дней. Японцы дали самолетам прозвище «Хабу» (Habu) – за тонкий силуэт, сходный, по их мнению, с местной ядовитой змеей хабу. Название пришлось по душе экипажам разведчиков и получило распространение даже среди личного состава 9-го крыла, никогда не бывавшего на Окинаве. Положение этого острова позволяло «Подразделению I» контролировать советский Дальний Восток, Китай, Вьетнам, Корею. Полеты в этих районах требовали не только использования всех выдающихся возможностей SR-71, но и применения систем радиоэлектронной борьбы, которые были установлены на самолеты в конце 1967 г,
21 марта м-ры Джером О'Малли (Jqrome O'Mailey) и Эдвард Пайн (Edward Payne) совершили с базы Кадена первый разведывательный полет на SR-71A (сер. №64-17976) над Северным Вьетнамом. В дальнейшем подобные рейды выполняли от одного до трех раз в неделю. Взлет обычно назначался на 10.00-14.00 ч местного времени в зависимости от погодных условий. Самолет набирал скорость, высоту и ложился на курс, оставляя Тайвань с правого борта, Лусон с левого, у острова Хайнань поворачивал на боевой курс, пересекал Тонкинский залив и входил в воздушное пространство Вьетнама в районе Хайфона. Дальше маршрут вел к Ханою и через территорию Лаоса в Таиланд. По пути SR-71А иногда непроизвольно забирались в воздушное пространство КНР – Вьетнам оказался маловат для разворотов столь скоростного самолета. Над Таиландом, в окрестностях авиабазы Карат, разведчик дозаправлялся от KC-135Q и ложился на обратный курс, нередко вновь пролетая над ДРВ и ведя фотосъемку. За один полет разведчик фотографировал несколько сотен объектов, от отдельных танков до лагерей военнопленных американцев. В частности, перед неудачной операцией «зеленых беретов» по освобождению пленных из лагеря Сон Тай «Черная птица» произвела фотосъемку предполагаемого места содержания заключенных.
Погодные условия не всегда позволяли самолетам лететь на оптимальной высоте порядка 23000 м. В сезон дождей летчикам зачастую приходилось «подныривать» под тучи. Вьетнамцы неизменно пользовались этим, пытаясь сбить разведчиков огнем ЗРК; по американским данным, по SR-71A было выпущено несколько сотен зенитных ракет, но безуспешно. Считается, что это результат эффективной работы установленной на SR-71 аппаратуры противодействия, ослеплявшей радиолокатор системы наведения основного вьетнамского ЗРК С-75. После каждого вылета на борту SR-71 появлялось белое изображение змейки хабу. Большинство экипажей из числа первых летавших с Окинавы удостоены креста «За летные заслуги».
Сильно осложнил боевую работу разведчиков новый Президент США Ричард Никсон, когда в 1972 г. запретил им вторгаться в воздушное пространство ДРВ. Теперь маршруты «Черных птиц» пролегали вдоль побережья, и провести инертный самолет на огромной скорости и высоте по довольно извилистому пути было невероятно сложно. В конечном итоге пришлось пойти на снижение рабочей высоты и скорости полета. SR-71 летали вдоль вьетнамского побережья даже после выхода США из войны, контролируя выполнение Парижских мирных соглашений.
Всего в рамках вьетнамской кампании SR-71 выполнили около 600 разведывательных рейдов при потере лишь двух самолетов. SR-71A (сер. № 64-17969) разбился 10 мая 1970 г. в Таиланде в районе базы Королевских тайских ВВС Корат (Korat), После дозаправки экипаж в составе Вильяма Лавсона (William Lawson) и Джила Мартинеза (Gil Martinez) встретил грозовой фронт. Пытаясь подняться над облаками, летчик вывел тяжелый самолет за пределы ограничений по углу атаки, в результате тяга двигателей резко упала, и машина свалилась в штопор. Экипаж спустился на землю недалеко от авиабазы на парашютах.
